Yrigoyen propició la nacionalización de los ferrocarriles y el control de las tarifas del transporte ferroviario.
El 2 de mayo de 1917 decretó caducas las concesiones ferroviarias con plazos vencidos; otro decreto fijó el capital en explotación de las empresas y por otro más estableció las tarifas de transporte.
En marzo de 1920 propuso el presidente al Congreso un plan de construcciones que comprendía el trazado de un ferrocarril de Orán a Yacuiba y la salida de las provincias del noroeste al Pacífico, y, a través de Bolivia, hacia la cuenca del Amazonas.
El Congreso sancionó el 30 de noviembre del mismo año una ley que alteraba el proyecto del poder ejecutivo y entregaba los ferrocarriles a una empresa extranjera con el nombre de Ferrocarriles nacionales. Yrigoyen objetó esa ley que "nos llevaría fatal e inevitablemente a perder, no sólo el dominio de los ferrocarriles del Estado, sin compensación alguna, sino el contralor de las tarifas de las empresas particulares, defensivo del país, tan necesario para el desenvolvimiento de sus riquezas".
Fijaba así la política ferroviaria del gobierno:
"Afirma así el poder ejecutivo, como fundamental al desenvolvimiento social, político y económico de la Nación, el principio del dominio de los ferrocarriles del Estado y la extensión de sus líneas. Esa orientación del gobierno es la única que responde a los grandes sacrificios realizados por la Nación, para constituir y conservar su red ferroviaria, y cualquier combinación que nos llevara a fusionar nuestro sistema actual, haciendo partícipe a cualquier otra compañía como asociada del Estado, resultaría siempre en beneficio exclusivo de la compañía particular. . . En consecuencia el poder ejecutivo juzga que la ley sancionada por Vuestra Honorabilidad entraña un verdadero despojo de uno de los principales factores de prosperidad del país, como son los ferrocarriles, e implica el recargo y acaso el malogramiento del propósito determinante del gobierno, en el sentido de llevar, lo más rápida y efectivamente posible, todos los beneficios de los ferrocarriles a los pueblos y zonas de la República, donde sus riquezas permanecen estancadas sin perspectivas de que se las incorpore al desenvolvimiento general de la Nación. El poder ejecutivo considera que la sanción de V. H. comportaría un verdadero desastre para la seguridad de los bienes del Estado y el desarrollo progresivo del país, acusando en todo sentido la prolongación de los procedimientos del pasado, en vez de la renovación reparadora del presente, por lo que incita a V. H. a reflexionar sobre los graves daños que causaría la ley".
En consecuencia, vetó la ley sancionada.
En un mensaje al Congreso en favor de una ley para iniciar una línea férrea a Huaytiquina, en 1920, hacía Yrigoyen estas consideraciones:
"Las provincias del norte y centro han carecido de una amplia puerta de salida, con un ferrocarril de capacidad y suficiencia económica, hacia los inmediatos puertos del Pacífico: rumbo determinado por la naturaleza misma, ruta preestablecida por el tráfico histórico para el intercambio de nuestras regiones del norte, que el más rudimentario conocimiento de la geografía de esta parte de América imponía al sentido común. Han sido, pues, aquellas y no otras las causas verdaderas del porqué nuestro extenso país, en progresiva transformación interior, ha conservado hasta nuestros días, en su estructura interna, la forma primitiva del solar colonial: un frente, el del Atlántico, y una sola gran puerta exterior: Buenos Aires, con un larguísimo fondo que llega hasta proximidades del mar Pacífico y del Amazonas, sin salida alguna hacia ellos —en cuanto a tráfico comercial se refiere—, y desde cuya vecindad las provincias de Salta y Jujuy, situadas a setecientos kilómetros del Pacífico, se ven obligadas, para exportar sus frutos, a hacerlos recorrer mil seiscientos kilómetros de ferrocarril a través de zonas de producción similar, con fletes casi prohibitivos, en demanda de los mismos mercados de venta de los productos del litoral, acreciendo así en perjuicio de la producción nacional el exceso de oferta de los mismos productos sobre los mismos mercados".
El Congreso demoró la sanción de la ley, y, en vista de esa oposición, decidió por decreto del 12 de marzo de 1921, iniciar la construcción del ferrocarril proyectado, aunque la Contaduría general de la Nación hizo observaciones de carácter financiero.
Una década más tarde, Benjamín Villafañe, encarnizado adversario de Yrigoyen, opinaba así de la idea del transandino del norte: "la unión de un puerto del norte del Pacífico con la línea ya construida por Salta hasta la frontera de Chile, importa, más que un suceso local, un acontecimiento suramericano de tal magnitud casi como la apertura del istmo de Panamá, obra de la cual en mucha parte vendrá a ser un complemento". Y razonaba de este modo sobre la riqueza de las regiones tropical y subtropical:
"Toda esta riqueza hoy muerta, tendría salida por el Pacífico para los países de Oriente y suramericanos. En poco tiempo el puerto de Antofagasta se convertiría en el más poderoso centro industrial del continente suramericano en las costas del Pacífico. No se limitaría a ser puerto de tránsito, sino centro de transformación de la materia prima de su inmensa zona de influencia, lugar obligado para el establecimiento de frigoríficos, de refinerías de azúcar, de fábricas de tejidos, de muebles, de calzados, de vidrios, de aceites, de frutas en conservas y de cuanto reclaman para sus necesidades los pueblos del Pacífico y del Oriente, con la notoria ventaja sobre la producción norteamericana, de la mano de obra chilena tres o cinco veces más barata. Chile vería repentinamente florecer su industria minera y estaría en pocos años en condiciones de proveer a nuestro país de cuanto reclama la industria siderúrgica"...
Y anticipaba: "los intereses que habría de crear para estas naciones del continente, serían de tal magnitud que habrían de asegurar la paz, lo que a su vez tendría como consecuencia el desarme de ambos paises". .