Apenas asumida la presidencia, en diciembre de 1916, presentó Yrigoyen al Congreso un proyecto para que se autorizase al poder ejecutivo a lanzar un empréstito de cien millones de pesos con destino parcial a la adquisición de buques para la marina mercante nacional.
El proyecto no fue considerado siquiera, y en vista de esa negativa procedió por decreto a la formación de la marina mercante nacional; fue adquirido el buque alemán "Bahía Blanca", de 13.000 toneladas, y poco después otros cinco buques más con una capacidad de 32.000 toneladas; además se reacondicionaron buques radiados de la armada o en desuso, para incorporarlos a la flota comercial.
Proyectó igualmente la instalación de astilleros propios y trabajó en la organización de la navegación fluvial y costera, sin contar el planteo hecho para reconstruir canales de acceso a los puertos fluviales entre Rosario y Buenos Aires. A mediados de 1918 pidió al Congreso autorización para expropiar los buques de ultramar de matrícula nacional a fin de reforzar la flota comercial. Esta vez el Congreso se sintió obligado a facilitar esas iniciativas.
El 14 de enero de 1918 expuso al Congreso las líneas de un convenio comercial con Inglaterra, Francia e Italia, El gobierno había resuelto desde 1917 prohibir las exportaciones y controlar las nuevas compras y sus precios. En el convenio se fijaba un precio mínimo para el trigo y otros cereales, y los países mencionados se comprometían a adquirir en esas condiciones 2.500.000 toneladas a exportar antes del 19 de noviembre de 1918. En vista del silencio del Congreso, volvió a insistir sobre ese convenio el 31 de marzo de 1919, pidiendo su aprobación; tampoco obtuvo respuesta; finalmente aprobó el convenio la Cámara de diputados, pero el Senado rehusó la firma.
Respecto del alcance de ese convenio comercial, Gabriel del Mazo escribió (1957) :
"El convenio implicaba en plena guerra dos medidas de la mayor importancia: una, internacional —la ayuda con productos alimenticios a los pueblos en guerra, siguiendo la tesis Argentina triunfante en medio de la conflagración--, de que este género de comercio no podía, dada su índole, constituir nunca un contrabando de guerra; otra, en el orden nacional, llevando a los productores rurales una gran tranquilidad después de varios años de sinsabores, asegurando bodegas 'para el transporte y aumentando el comercio exterior en razón de que los barcos traerían mercaderías al venir a buscar nuestros productos cereales. A estas ventajas se agregaba que los Estados Unidos habían decidido permitir, en vista de aquella ayuda, a los países aliados, la exportación de carbón a nuestro país, que sufría los inconvenientes de la prohibición de guerra".
Con los mismos países se llegó a otro convenio similar. Se refería a la lana y a otros productos; pero el Senado desoyó las reiteradas recomendaciones de la presidencia de la Nación. Tampoco fue admitido un convenio de trueque de lana por repuestos ferroviarios que se había gestionado en 1921 con Alemania, Francia y Bélgica.