Nacido en una familia de origen italiano, Pistarini ingresó en 1895 al Colegio Militar; pese al fuerte prejuicio imperante a la sazón en las clases superiores, de las que provenía la mayor parte de la oficialidad militar, contra las personas de este origen, se graduó entre los mejores alumnos de su clase. Estudió ingeniería en Europa, tras lo cual regresó a Argentina a proseguir la carrera militar. Juan Pistarini fue el tío del también Teniente General Pascual Pistarini.
Ascendido rápidamente, era ya mayor en 1921, cuando junto con otros destacados militares formó parte de la logia Centro General San Martín, que se opondría a la política de Hipólito Yrigoyen y lograría que Marcelo T. de Alvear nombrase ministro de Guerra a Agustín P. Justo. La logia se disolvió en 1928, cuando el triunfo de Yrigoyen le otorgó por segunda vez la presidencia de la Nación, pero durante ese período trabó estrechos lazos entre sus miembros, que protagonizarían varios de los episodios golpistas de los años siguientes.
Entre ellos se contaban Pedro Pablo Ramírez, Manuel A. Rodríguez, Benjamín Menéndez, Arturo Rawson y Rodolfo Márquez, además de su principal promotor, Luis J. García. De esa época data la estrecha amistad de Pistarini con Carlos von der Becke, con quien se reencontraría unos años más tarde en Europa, siendo éste condiscípulo de Rommel en la Academia Militar de Berlín.
Tras el Golpe de Estado de 1930 que precipitó la caída del presidente Hipólito Yrigoyen, Juan Pistarini pasó a conducir la Dirección General de Ingenieros del Ministerio de Guerra. Durante este período se realizaron obras de gran envergadura destinadas a las fuerzas armadas, como la sede del Ministerio de Guerra, el Hospital Militar Central, el Barrio de Suboficiales Sargento Cabral (Campo de Mayo), la Escuela Militar de Aviación (Córdoba) y el Barrio de Viviendas en Portada Covunco (Neuquén), entre otras.
Durante este período Pistarini también dictó cursos en la Escuela Superior de Guerra y en la Escuela Superior Técnica; y entre 1937 y 1939 viajó a Alemania para realizar compras de armamentos.
Adhirió al alzamiento del 4 de junio de 1943 y en 1944 fue nombrado nuevamente ministro. En ese cargo, ordenó grandes obras para paliar los efectos del Terremoto de San Juan de 1944; sus planes incluyeron también miles de kilómetros de rutas, además de las obras requeridas para adaptar la circulación —que el 6 de junio de 1945 pasó a efectuarse por la derecha—, miles de escuelas, cuarteles militares, barrios residenciales para la oficialidad basados en el modelo de la arquitectura colonial de California, y una gran cadena de hoteles de turismo ideada por el gobierno peronista.
Como tal, presentó el proyecto para la construcción del Aeropuerto Internacional de Ezeiza (hoy Ministro Pistarini), que fue aprobado por la Ley 12.285 el 30 de septiembre de 1935. Su obra como tal sería inmensa, acorde al estilo monumental de la política de inspiración mussoliniana que seguía el Ejército y el gobierno de la época, pero habría de esperar unos años, hasta ser nombrado de nuevo en el cargo por Edelmiro Farrel, para ejecutarla. Pistarini firmó numerosos contratos de obra con la firma alemana GEOPE y no ocultó sus simpatías por el régimen nazi por entonces ya en el poder.
Como ministro interino de Marina diseñó el proyecto de ampliación que haría de la flota fluvial argentina la mayor de Latinoamérica y la cuarta del mundo, y en 1945 pudo inaugurar las obras del aeropuerto de Ezeiza. Muchos de los contratos fueron ejecutados por la Compañía General de Construcciones de Ludwig Freude, íntimamente asociada con la red de espionaje nazi activa en Sudamérica por ese entonces;91011 Pistarini amenazó con renunciar cuando los aliados exigieron la deportación de Freude, cuya relación con el gobierno alemán se sospechaba.
Aunque formó parte del grupo de oficiales que el 9 de octubre de 1945 se plegó a los reclamos de los insurrectos de Campo de Mayo contra Perón, siguió formando parte del gobierno tras el masivo apoyo obrero que determinó la liberación de éste el 17 del mismo mes.
Durante el gobierno originado con la Revolución de 1943 que derrocó al presidente Ramón Castillo, Pistarini llegó a ocupar diversos roles como el de Vicepresidente de la Nación (1945) o el de director del Consejo Nacional de Posguerra, sin embargo en el cargo donde más se destacó fue como ministro de Obras Públicas, repartición más conocida por sus siglas M.O.P. Pistarini asumió la dirección del MOP en octubre de 1943 y se mantuvo en el cargo hasta 1952, siendo el único ministro que continuó tras la asunción de Juan Domingo Perón como Presidente de la Nación en 1946, año en el cual Pistarini decidió retirarse del servicio activo para volcarse exclusivamente a la dirección de su ministerio.
Pistarini buscó extender las áreas de acción del MOP e intentó imponer un estilo de gestión pragmático y enérgico que tendía a valorar la rapidéz y la eficiencia por sobre la burocracia, anulando o desconociendo las atribuciones de coordinación y control que ejercían diversos profesionales lo que le produjo varios enfrentamientos con los ingenieros del ministerio.
Durante su gestión se priorizaron las obras destinadas a la construcción del Aeropuerto Internacional de Ezeiza y las que favorecían a la naciente Flota Fluvial del Estado (creada en 1946), demostrando que su interés se centraba en los sectores donde el gobierno ocupaba un rol protagónico en la producción, en contraposición al tipo de obras realizadas principalmente en la década del ´30, donde el Estado sólo se limitaba a construir la infraestructura necesaria para beneficiar el desarrollo de la explotación privada. Pistarini también puso énfasis en los programas sociales del Gobierno, como viviendas, balnearios y colonias de vacaciones, obras que hasta ese entonces no formaban parte de la tradición del MOP. Su nacionalismo y su admiración por Alemania no le impedían afirmar que Estados Unidos se había convertido en el centro de la técnica moderna tras la Segunda Guerra Mundial y una de sus mayores preocupaciones era que los profesionales del ministerio viajaran al país del norte para interiorizarse en las nuevas técnicas.
Como forma de apoyo a la Flota Fluvial del Estado, una de las prioridades de Pistarini fue la de potenciar la explotación de los ríos como vías de transporte, siendo uno de los ejemplos en este sentido el proyecto para la construcción de un túnel subfluvial bajo el Riachuelo, entre Avellaneda y la Capital Federal, aprobado en 1948 como reemplazo del viejo Puente Pueyrredón. La opción más rápida y económica era la construcción de un nuevo puente, sin embargo, Pistarini no quería obstaculizar la navegación del Riachuelo. Las restricciones económicas impuestas en 1949 dejaron el proyecto del túnel en el olvido, hasta la década del ´60 cuando finalmente se levantó el Nuevo Puente Pueyrredón. La apuesta por desarrollar el transporte fluvial, aunque había sido largamente discutida y aún era apoyada por algunos profesionales, resultó carecer de futuro ante una red ferroviaria ya consolidada y ante el floreciente transporte automotor.
Por su parte, la realización de programas sociales provocó una desatención de las funciones que habían sido tradicionalmente centrales para el MOP como las obras hídricas o de la red vial. A su vez, el avance de la Fundación Eva Perón generó que gran parte de la estructura técnica del ministerio de Pistarini terminara siendo puesta a su disposición, llevándose la Fundación el crédito político de muchas de las obras que habían sido realizadas por el MOP. Desde el Ministerio de Obras Públicas, entre 1944 y 1952 construyó miles de kilómetros de rutas, realizó obras para el cambio de mano (a partir del 6 de junio de 1945, se comenzó a circular por la derecha); Hoteles de turismo en todas las Capitales de Provincia y Territorios Nacionales. Paso de los Libres, Bariloche, entre otras ciudades del interior, y complejos de Turismo Social en Chapadmalal y Embalse de Río Tercero, espacios de esparcimiento y balnearios populares como el de Costanera Norte. Siguió la prolífica tarea de Exequiel Bustillo de equipar a los Parques Nacionales. La Unidad Turística Embalse, en Córdoba que levantó entre 1946 y 1955, estaba compuesta por siete hoteles y 51 bungalows con una capacidad para albergar a 3000 personas.
La complejización del aparato estatal y la multiplicación de las obras de infraestructura llevó a un progresivo recorte de las funciones del ministerio de Pistarini, las cuales fueron transferidas a otros organismos.
El Aeropuerto de Ezeiza y la intervención del territorio circundante quedó como el gran legado de Pistarini, un proyecto que condensaba programas diversos como la propia construcción del aeropuerto, la autopista de acceso a la ciudad, gran cantidad de viviendas y servicios sociales y la forestación del entorno. El protagonismo indiscutido de Pistarini quedó plasmado en el nombre del propio aeropuerto que al inaugurarse en 1949 se lo llamó "Ministro Pistarini", un hecho poco frecuente para un ministro en funciones.
Entre 1944 y 1952 construyó miles de kilómetros de rutas, hoteles de turismo en San Luis, Paso de los Libres, Ushuaia, Bariloche, entre otras ciudades del interior, y complejos de turismo social en Chapadmalal y Embalse de Río Tercero, espacios de esparcimiento y balnearios populares como el de Costanera Norte; barrios inspirados en la construcción colonial de California. La Unidad Turística Embalse, en Córdoba que levantó entre 1946 y 1955.
Su designación como ministro de Obras Públicas en 1943 por parte del presidente Pedro Pablo Ramírez, cuando Pistarini ya contaba con 61 años de edad y su posterior confirmación en el cargo tras la asunción de Juan Domingo Perón en 1946, demuestra la valoración que tenían sus colegas sobre su capacidad de gestión. Si bien Perón había prometido mantenerlo para su segundo gobierno, a último momento decidió reemplazarlo por el ing. Roberto M. Dupeyrón, funcionario de la MCBA.
Pistarini fue detenido en 1955 tras el golpe de Estado que marcó el fin del segundo gobierno de Juan Domingo Perón, falleciendo al año siguiente en el Hospital Militar aún hallándose detenido y econtrándose inhibidos sus pocos bienes. Por aquel entonces, la Comisión de Investigaciones se hallaba analizando las múltiples irregularidades de gestión y proyecto que habían caracterizado a la operación territorial de Ezeiza, uno de los principales símbolos del gobierno depuesto.
Fue detenido tras el golpe de Estado al gobierno de Perón, y murió en prisión en el Hospital Militar al año siguiente, tras haber sido inhibidos sus pocos bienes. Sus restos descansan en la Parroquia Nuestra Señora de Loreto de la Ciudad de Embalse (Córdoba).