Ingresó en 1894 en el Colegio Militar de la Nación y tuvo su primera experiencia extracurricular en la Escuela de Tiro de Spandau, en Alemania. Desde entonces inició una carrera militar de más de cuarenta años, llegando al grado de Teniente General.
Luego de un tiempo de entrenamiento en el Destacamento de Montaña de Cuyo —actual Brigada de Montaña VIII—, en 1910 se convirtió en agregado militar en la Embajada Argentina en Alemania, puesto en el cual permaneció hasta 1918. La designación le permitió presenciar en persona la Primera Guerra Mundial (1914–1918). Basilio Pertiné estaba fascinado con la cultura y la fuerza militar alemana.
Siguió las operaciones desde el Cuartel General del Ejército alemán, y hasta llegó a presentar servicios en el Regimiento 81 de Francfort. La Alemania del Káiser Guillermo II y el mariscal Paul von Hindenburg fue derrotada por el ejército aliado de Francia y Gran Bretaña. Tras la caída alemana y la firma del Tratado de Versalles, Basilio Pertiné regresó a Argentina, donde escribió el primero de sus tres libros, denominado Algunos acontecimientos de la Gran Guerra 1914–1918.[cita requerida]
En 1930, cuando llegó el golpe de Estado que derrocó a Hipólito Yrigoyen, Basilio Pertiné apoyó pasivamente a sus camaradas. El nacionalismo conservador que convirtió a José Félix Uriburu en el primer presidente de facto de Argentina no lo tuvo en cuenta. Participó con entusiasmo del gobierno de Agustín Pedro Justo (1932-1938). En 1941 Pertiné, profundo admirador del fascismo, invitó a Jordan Bruno Genta a dar una conferencia junto con sectores del nacionalismo católico en el Círculo militar, dicha conferencia fue denunciada por la comisión investigadora de actividades nazis en Argentina.
En 1943 siendo designado por el dictador Pedro Pablo Ramírez, asumió como intendente de la Ciudad de Buenos Aires, duraría en el cargo hasta 1944.
En octubre de 1955 integró el tribunal de honor que juzgó al derrocado presidente Juan Domingo Perón. Falleció el 13 de diciembre de 1963 y sus restos descansan en la bóveda de la familia Botet, en el Cementerio de La Recoleta de esa ciudad.