Mario Cafiero se graduó como ingeniero industrial pero ―al igual que su padre―, ha desarrollado una extensa carrera política.
Su primer cargo público fue como asesor de la vicepresidencia segunda de la Cámara de Diputados, entre los años 1985 y 1987. Entre 1987 y 1991 se desempeñó como secretario general de la gobernación de la provincia de Buenos Aires, y luego fue presidente del Ente de Administración y Explotación de la Zona Franca La Plata (1994-1997).
En 1997 se presentó en las internas del Partido Justicialista bonaerense,2 partido con el que participó de las elecciones legislativas de ese año.
En las elecciones de 2001, Cafiero se presentó como candidato a diputado por Buenos Aires por el ARI que encabezaba Elisa Carrió.3 Durante su mandato como legislador Cafiero denunció la fuga de capitales que se dio en las entidades bancarias durante el corralito, que fue negado por la Asociación de Bancos de la Argentina (ABA), aunque esta asociación como defensora de los mismos bancos estaba comprometida en la situación.
Los lazos de Cafiero con Eduardo Duhalde fueron históricamente muy estrechos, al punto que entre 1987 y 1991 fue secretario general de la gobernación de la provincia de Buenos Aires. También de la mano del PJ de esa provincia llegó a su primer mandato como diputado nacional, entre 1997 y 2001,
En las elecciones legislativas de 2005 fue candidato a senador por el frente MST-UNITE, pero obtuvo poco más del 1 % de los votos por sus ideas contrarias a los métodos anticonceptivos y al aborto.[cita requerida]
Fue candidato a gobernador de la provincia de Buenos Aires por el partido Proyecto Sur para las elecciones de 2011.
Libros e investigaciones realizadas junto a Javier Llorens: