Cipolletti nació en Roma (Italia) el 30 de noviembre de 1846. Hizo estudios universitarios de ingeniería en su ciudad natal, especializándose en Hidráulica. Inició su formación en las obras de provisión de agua a las ciudades italianas de Vicenza, Padua y Milán. Dirigió luego las obras hidráulicas del canal Villoresi y el dique derivador del río Tesino. Éstas y otras obras hechas en su patria, en particular el invento de un módulo para medir y precisar las competencias de las aguas, le dieron prestigio internacional.
En 1888 fue contratado por el gobernador mendocino Tiburcio Benegas para diseñar y dirigir obras de riego en el río Mendoza y de desecado de terrenos pantanosos. Se estableció así, en 1889, en esa provincia donde desempeñó funciones directivas en la ejecución de obras públicas de aprovechamiento de aguas y protección contra aluviones en la ciudad capital (aguas corrientes) y varios departamentos de la provincia (irrigación).
Aunque las obras del río Mendoza permitieron la habilitación de miles de nuevas hectáreas de cultivos, Cipolletti señaló que las obras hechas eran temporarias, ya que se requerían importantes fondos adicionales para hacer las definitivas. La estructura del provisional dique construido fue dañado por crecidas del río a fines de 1899 y principio de 1900 que afectaron seriamente su estructura.
En base a sus diseños se hicieron posteriormente obras adicionales y se construyó un nuevo dique que todavía hoy presta sus invaluables servicios.
Proyectó y dirigió obras de aprovechamiento de los ríos San Juan (pcia. de San Juan) y Salí (pcia de Tucumán). En 1898 — siendo presidente de la Nación Julio Argentino Roca y ministro de Obras Públicaa Emilio Civit— el gobierno nacional le encomendó el diseño de las obras de los ríos Neuquén, Limay, Negro y Colorado, que completó el 6 de setiembre de 1899 con la colaboración de varios prestigiosos ingenieros. Como por diversas razones, incluidos los conflictos con Chile, las obras no se iniciaron,
Cipolletti viajó a Italia. En 1907 — siendo presidente de la Nación José Figuero Alcorta y ministro de Obras Públicaa Exequien Ramos Mejía—el gobierno nacional requerió nuevamente sus servicios para llevar a cabo las obras de riego que había diseñado para el Alto Valle del Río Negro y Neuquén, tarea que lamentablemente no pudo llevar a cabo. Entre las por él allí propuestas se cuenta el actual dique Ingeniero Ballester, crítico para la explotación frutícola de la zona.
Cuando embarcó en Génova el 19 de enero de 1908, acompañado por su esposa Ida Grossi y sus hijos, Pedro, Luis, Benedicto y Emilio, su estado de salud no era bueno. Durante el viaje se agravó su enfermedad, falleciendo el 25 de enero de 1908. Su cuerpo fue inicialmente sepultado en el Cementerio de la Recoleta de la ciudad de Buenos Aires y luego trasladado al panteón familiar del cementerio de la ciudad de Mendoza.
En 1946 se erigió en su memoria un monumento emplazado junto al dique del río Mendoza que lleva su nombre, en el departamento Luján de Cuyo. Allí, una escultura de Héctor Rocha representa al ingeniero bien erguido, con las botas de trabajo que usaba en las tareas de campaña, junto a un teodolito, con el brazo derecho en alto y mirando al río. Los restos del matrimonio Cipolletti fueron posteriormente depositados en la base del monumento, donde reposan en la actualidad.
En la provincia de Río Negro, como homenaje a sus valiosas contribuciones a la prosperidad del Alto Valle del Río Negro y Neuquén, fue bautizado con su nombre el asentamiento fundado en 1903 por Fernández Oro.