Dante Caputo era hijo de inmigrantes italianos provenientes de Viggianello en la región de Basilicata, .se licenció en Ciencias Políticas en la Universidad del Salvador de Buenos Aires en 1966. En 1967 finalizó sus estudios de posgrado en Relaciones Internacionales en la Fletcher School of Law and Diplomacy en Boston. En 1972 obtuvo el doctorado en sociología política en La Sorbona con su tesis Estado y alianzas políticas en Argentina 1930-1958, bajo la dirección de François Bourricaud y defendida ante un jurado integrado por Alain Touraine y Celso Furtado.
Entre 1968 y 1972, desempeñó varios cargos para la OEA. En julio de 1972 regresa a la Argentina y en 1973 recibió una plaza de investigador en el Instituto Di Tella, y dirigió durante seis años el Centro de Investigaciones Sociales sobre el Estado y la Administración (CISEA).
Ejerció como profesor de grado y de posgrado en las universidades de Buenos Aires, el Salvador, París, Quilmes y La Plata.
Caputo en 1972 conoce al dirigente radical Raúl Alfonsín a través de Jorge Roulet. El grupo de intelectuales del CISEA empieza a tener reuniones semanales con Alfonsín. En 1976, con el inicio de la dictadura militar, la militancia se intensifica y empezó a trabajar políticamente en la línea interna alfonsinista, dentro de la UCR. En 1982, durante la Guerra de las Malvinas fue el principal asesor de Alfonsín, junto a un grupo de intelectuales del CISEA como Jorge Sabato y Jorge Roulet, para que Alfonsín no apoyara la acción militar argentina. Este mismo grupo fue gravitante durante la campaña presidencial de Alfonsín y determinante en la decisión del candidato radical en no aceptar la ley de autoamnistía impulsada por la dictadura y de enjuiciar a los comandantes militares.
Entre 1983 y 1988 se desempeño como Ministro de Relaciones Exteriores de la Argentina en el gobierno de Raúl Alfonsín en ese período se logro la Firma del Tratado de Paz y Amistad entre Argentina y Chile, donde Caputo se encuentra junto a Juan Pablo II.
Dante Caputo fue el único de sus ministros que se desempeñó durante todo el mandato presidencia del gobierno de Raúl Alfonsín (1983-1989) ocupó el ministerio de Relaciones Exteriores de Argentina y las prioridades de su gestíon tfueron: fortalecer el sistema democrático en Argentina, evitar que la Guerra Fría regenerara la concepción de la seguridad nacional, impulsar el proceso de democratización regional, resolver las cuestiones limítrofes, generar mayor capacidad negociadora regional frente a las grandes potencias y promover la integración subregional.
Fue uno de los promotores del Grupo Cartagena con el fin de llevar adelante una acción conjunta de los países deudores frente a los acreedores de la deuda externa. Durante su ejercicio se concretaron los acuerdos con Uruguay y Brasil que constituyeron la base del Mercosur.
En 1984 firmó el Tratado de paz y amistad entre Argentina y Chile que dio fin al conflicto del Canal del Beagle, en cuyo curso mantuvo un histórico debate televisivo con el senador Vicente Saadi. El 21 de septiembre de 1988 fue electo presidente de la 43.ª Asamblea General de Naciones Unidas.
Lejos del ministerio en 1989 fue electo diputado nacional por la Unión Cívica Radical, y se desempeñó como vicepresidente de la Comisión de Relaciones Exteriores.
En 1992 representó a la OEA y la ONU en Haití, como enviado especial del Secretario General de las Naciones Unidas, Butros Butros-Ghali. Durante ese lapso gozó del cargo de Subsecretario General de Naciones Unidas. Como tal, negoció el Acuerdo de la Isla de los Gobernadores que posibilitaría la transición democrática en la isla caribeña.En 1995 es expulsado de la Unión Cívica Radical por su apoyo al Frente País Solidario (FREPASO) y crea el partido Nuevo Espacio, agrupación que se suma a la alianza y al año siguiente es nombrado vicepresidente del Frente País Solidario. Es electo nuevamente diputado nacional donde fue secretario de la Comisión de Relaciones Exteriores y miembro de la Comisión de Defensa puesto al que renuncia en 1999 .
En 1998 se afilia al Partido Socialista Popular y en 1999 fue precandidato a Jefe de Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires en las elecciones internas del Frepaso por el socialismo, obteniendo el 40 % de los votos.
En el año 2000 fue Secretario de Estado de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva de la Nación, renunciando en febrero de 2001 en desacuerdo con la política oficial.
Durante el segundo semestre del 2005, fue enviado especial de la OEA en Nicaragua para resolver la crisis política que amenazaba con quebrar la democracia en el país. Logró restablecer el diálogo entre el Gobierno, los liberales y los sandinistas de cara a las elecciones presidenciales del año siguiente. Fue condecorado por el presidente Enrique Bolaños con la orden «José de Marcoleta en el grado de Gran Cruz», máxima distinción que otorga el Estado a un diplomático.
De 2006 a 2009 fue Secretario para Asuntos Políticos de la OEA, desde 2009 a 2012 fue asesor especial del Secretario General de la OEA. Fue codirector del segundo informe sobre la democracia en América Latina, Nuestra democracia, cuya presentación se realizó en el Foro de la Democracia Latinoamericana, organizado por OEA, PNUD e IFE, del 12 al 14 de octubre 2010 en la ciudad de México5 y director del informe Política, dinero y poder: un dilema para las democracias.
Desde 2011 a 2013 fue columnista semanal en asuntos internacionales del Diario Perfil.
Fue miembro del Consejo de Presidencia de la Asamblea Permanente por los Derechos Humanos de Argentina.
En 2016, Caputo propuso suspender el reclamo de soberanía argentino sobre las islas Malvinas hasta 2033, año en que se cumplen 200 años de la ocupación británica del archipiélago. Según su fundamentación, «la vía multilateral ya no da más resultado».
Fallecio de cancer de pancreas en Buenos Aires el 20 de junio de 2018 a los 74 años