Primeros años
Marcó del Pont nació en Vigo, Galicia, España, hijo de Buenaventura Marcó del Pont y Porí y de Juana Ángel Díaz y Méndez. Comenzó una brillante carrera militar.
Carrera militar en España
Inició su carrera militar como cadete en el Regimiento de Infantería de Zaragoza en 1784. Estuvo en la guarnición de Orán en 1789. En 1802 estaba en el regimiento Tarragona. Durante el sitio de Zaragoza, el brigadier Marcó del Pont fue hecho prisionero y llevado a Francia, donde consiguió su traslado al castillo de Valençay, prisión de Carlos IV y Fernando VII. Tras la restauración, regresó a Madrid, donde a poco, su influencia en la corte le otorgó el gobierno de Chile; sin embargo este nombramiento se hizo contra el parecer del Consejo de Indias. El nombramiento de Marcó del Pont como gobernador de Chile culminó una brillante trayectoria militar que incluso Napoleón alabó concediéndole la Orden de la Flor de Lis y que tanto el general José de Palafox como el general José de San Martín alabaron en su día.
Gobierno de Chile
A fines de 1815, vía Panamá, y su posterior paso por Lima, arribó a Valparaíso. Su recepción en Santiago fue inicialmente favorable, sustituyendo en la jefatura de gobierno a Mariano Osorio, identificado con la austeridad del periodo de reconquista militar. Marcó del Pont pretendía una reconciliación a través de actos demagógicos, sin embargo el ambiente de desconfianza y prebendas le llevó a copar de europeos y criollos limeños los puestos clave y dar a la restauración un carácter represivo. El capitán Vicente San Bruno, venido con el regimiento Talavera de la Reina, encargado de la actividad policial, pero llevando sus funciones más allá de la delincuencia común, montó un tribunal político cuya desorientación y arbitrariedad le llevó el descrédito y animosidad. Marcó del Pont erró su política de gobierno al incumplir las políticas de reconciliación venidas directamente de la corte de España, como el indulto general a los patriotas del 12 de febrero de 1816. Además su estado de permanente alarma agotó los recursos empleados en la defensa del mar y la cordillera de Chile. Envió varios espías a Cuyo para que recabaran información sobre el Ejército Libertador de los Andes.
Está ampliamente demostrado que las medidas que tomó Marcó del Pont para reprimir a los insurgentes estaban ampliamente aceptadas en su día como el toque de queda o el secuestro de armas para garantizar la seguridad en la población civil.
De otro lado cumplió correctamente su papel administrador, acreditando su lealtad, posponiendo sus sueldos a las posibilidades del estado. Entre sus obras urbanísticas están la mejora del paseo de Tajamar o la Alameda, reparó el Teatro y coliseo, construyó el canal de Maipú. Se dice que todo induce a pensar que Marcó del Pont llegó a Chile con muy buenas intenciones, y podría haber sido de beneficio en un país normal, pero el estado de revolución exigía un talento, energía y experiencia de los que carecía Marcó del Pont para llevar adelante en un gobierno convulsionado. Puso precio a la cabeza de Manuel Rodríguez.
Fin de gobierno
San Martín encomendó a su armero José Antonio Álvarez Condarco, en misión de espionaje, que fuese a entrevistarse con Marcó del Pont, debiendo reconocer y memorizar en su viaje los accidentes del terreno. Marcó del Pont le expulsó del país anotando en el pasaporte del armero una expresión que hace referencia a la traición de José de San Martín a la monarquía española: «Yo firmo con mano blanca y no como la de su general que es negra».
Huida y captura
Tras la caída del gobierno español de Santiago, Marcó del Pont huyó a Valparaíso dirigiedose primero a San Antonio a través de la Cuesta de Lo Prado creyendo que en su bahía se encontraba surto el buque San Miguel, pero este había zarpado horas antes. Se encontró en la disyuntiva de seguir el camino de la costa pero quedaría a merced de los montoneros de Ramón Freire por lo que se decidió a seguirlo hacia el norte, a través de las actuales localidades de Cartagena, El Tabo, El Quisco, descansando en El Totoral el 17 de febrero de 1817.
Desde esta posición envió un inquilino para que le avisará respecto de la situación en Valparaíso.
El hombre avisó a su jefe, el hacendado de Las Tablas el que se concertó con el Capitán José Aldao para rodear la quebrada el 15 de febrero.6 En la Quebrada del Totoral, se le encontró con todos los oficiales que le acompañaron en su salida de Santiago;6 el teniente coronel Fernando Cacho, el coronel Ramón González y el fiscal Prudencio Lazcano. Todos entregaron sus espadas salvo él que pidió entregarla a un jefe de su condición.
Enviado a Argentina y muerte
El 16 de abril de 1817 fue enviado a Mendoza. San Martín ordenó encarcelar a Marcó del Pont en San Luis junto con los prisioneros tomados en Chacabuco. Tras un motín en 1819, en el que no tomó parte pero fue igualmente acusado,6 se ordenó su traslado a la prisión de "La Estanzuela", después de la intervención de Bernardo de Monteagudo, más al interior de la provincia de San Luis. Sus días terminaron cuando fue trasladado a Luján, localidad cercana a Buenos Aires, donde murió en prisión el 19 de mayo de 1819, a la edad de 54 años.