Es recordado principalmente por ser el promotor del proyecto y ejecutor del puerto de Buenos Aires que lleva su nombre: Puerto Madero. Presentó 3 proyectos para realizar el puerto, siendo el último (1881) el aprobado por el presidente Julio Argentino Roca, siendo el diseñador el ingeniero John Hawkshaw.
La Avenida Eduardo Madero lleva su nombre. Su residencia se ubicaba en la esquina de las actuales avenidas Corrientes y Alem, donde luego funcionó el Gran Hotel Nacional, y posteriormente el actual Edificio Comega.
Su tío era Francisco Bernabé Madero, vicepresidente de la Argentina (1880-1886) y fundador de Maipú (Buenos Aires).
Madero escribió el libro Historia del puerto de Buenos Aires del cual se publicó solamente el tomo 1 titulado Descubrimiento del Río de la Plata y de sus principales afluentes y fundación de las más antiguas ciudades en sus márgenes, publicado en Buenos Aires, en 1892, y considerado como un aporte importante a la historiografía argentina. Trabajó durante 12 años en su elaboración para lo cual recorrió los archivos de Madrid y el de Indias, en Sevilla, entre los años 1886 y 1887. En este último archivo encontró una copia de la copia del original del famoso Plan de operaciones que envió a su amigo Bartolomé Mitre con quien discutía y se consultaban sobre temas históricos. Las publicaciones de Madero se imprimían en las prensas del diario La Nación de los Mitre.