Carlos Mugica nació en Buenos Aires el 7 de octubre de 1930. Era uno de los siete hijos del matrimonio de Adolfo Mugica (hijo) (fundador del Partido Demócrata Nacional, por el cual fue diputado durante el período 1938-1942, y Ministro de Relaciones Exteriores del Gobierno de Arturo Frondizi en 1961) y de Carmen Echagüe (hija de terratenientes adinerados de Buenos Aires).
Cursó sus estudios secundarios en el Colegio Nacional de Buenos Aires, del que egresó en 1948.
Luego tuvo un paso fugaz por la Facultad de Derecho de la Universidad de Buenos Aires.
A los 21 años abandonó los estudios universitarios de Derecho para ingresar en el Seminario Metropolitano de Buenos Aires.
Mugica fue ordenado sacerdote por el cardenal Antonio Caggiano el 20 de diciembre de 1959 en la catedral de Buenos Aires. Junto con Mugica fue ordenado Luis H. Rivas, más tarde biblista reconocido que lo ayudaría trece años después en la elaboración de un documento de descargo.
Después de ser ordenado presbítero, Mugica desarrolló durante el año 1959 su trabajo pastoral con el obispo de la diócesis de Reconquista (y más tarde arzobispo de la arquidiócesis de Resistencia), monseñor Juan José Iriarte, en el Chaco santafecino.
El propio Mugica describió a Iriarte como una persona que «visitaba a la gente de la parroquia; no la esperaba, la iba a buscar».
Luego fue designado vicario cooperador de la parroquia Nuestra Señora del Socorro, con funciones en la secretaría del cardenal Antonio Caggiano, mientras actuaba como asesor de jóvenes universitarios (ver más adelante) y profesor de Teología en la Universidad del Salvador.
En 1954 comenzó a trabajar con fervor en la asistencia de familias empobrecidas desde la parroquia de Santa Rosa de Lima, en la ciudad de Buenos Aires, se acercó cada vez más al movimiento político denominado peronismo y a algunas ideas de Ernesto Che Guevara, Camilo Torres y Hélder Câmara, a quienes mencionaría más tarde como «profetas de nuestro tiempo».
Además de su tarea pastoral en la entonces Villa del Puerto que ocupaba los terrenos linderos al ferrocarril que rodeaban el edificio de depósito del Correo, en la década del 60 Mugica era asesor espiritual de la Juventud Estudiantil Católica del Colegio Nacional de Buenos Aires y de la Juventud Universitaria Católica de la Facultad de Medicina.
En 1964, la JEC del Buenos Aires tomó fuerza con el ingreso de Carlos Gustavo Ramus, que llegó a ser su Presidente, incorporando a Mario Eduardo Firmenich, entre otros. Años más tarde, bajo la dirección de Fernando Abal Medina, éstos fundarían la célula primigenia de la organización armada Montoneros.
A su vez integraron a compañeros de lo que luego sería la promoción 1967, como el "Tala" Ventura y Miguel Talento, que ya en la Universidad conducirían la Juventud Universitaria Peronista, rama universitaria de la Tendencia Revolucionaria de la Juventud Peronista, y la conducción de Montoneros.
Mugica formó a esos jóvenes en la cosmovisión de Pierre Teilhard de Chardin, en el humanismo de Jacques Maritain, y en la doctrina del compromiso con el mundo de Emmanuel Mounier, Yves Congar, y Michel Quoist, teólogos de cabecera de las nuevas generaciones.
Fue uno de los 270 sacerdotes que el 31 de diciembre de 1967 adhirieron al Mensaje de los 18 Obispos del Tercer Mundo, número que meses después alcanzó 400 que desde abril de 1968 decidieron llamarse Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo y conformaron un Comité organizador.
En referencia al tema de la lucha armada, en el Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo —al que Mugica pertenecía— existía una gradación de posturas de los sacerdotes enrolados, desde las radicalizadas hasta las moderadas, situación que continuaría luego de la muerte de Juan Domingo Perón en 1974.
A diferencia de otros sacerdotes tercermundistas como el padre Alberto Carbone, asesor nacional de la Juventud de Estudiantes Católicos, que mantenían un contacto más cercano con las llamadas «formaciones especiales», Mugica se alejó de la justificación teológica de la violencia armada.
En 1969, durante el gobierno de Juan Carlos Onganía, se decretó el estado de sitio, se clausuró la Confederación General del Trabajo de los Argentinos y se produjo el arresto de Raimundo Ongaro y Agustín Tosco, entre otros. Carlos Mugica y Reinaldo Conforti, asesor nacional de Juventud Obrera Católica, declararon en nombre del Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo de Buenos Aires que se trataba de una situación de tiranía, y señalaron que el gobierno, que se decía católico, sería responsable de que un pueblo religioso y creyente se volcara por desesperanza al ateísmo y al materialismo.
El 6 de diciembre de 1972, a instancias de Carlos Mugica, sesenta integrantes del Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo fueron recibidos por Juan Domingo Perón en su residencia de Vicente López. Las respuestas de Perón, de tono generalista y ambiguo, no resultaron satisfactorias para muchos, pero el rumbo de la opción política asumida por la mayoría no se modificó.
En 1973, se publicó un libro titulado Peronismo y cristianismo, que contenía fragmentos de artículos escritos por Carlos Mugica para diversos medios gráficos durante la autodenominada Revolución Argentina; en tanto que el capítulo El rol del sacerdote era el texto de una disertación pronunciada en el Instituto de Psicología Integral, como parte del ciclo Ideología y Rol Profesional, que esa institución programara en 1971.
En la obra Entre dos fuegos. Vida y asesinato del padre Mugica se señala que se trata de un apócrifo realizado sin el consentimiento de Mugica.
Luego del retorno de Perón a la Argentina, Mugica tomó una postura crítica hacia la organización guerrillera Montoneros, en un creciente distanciamiento con su cúpula dirigente. El 7 de septiembre de 1973, expresó públicamente en una misa en conmemoración por la muerte de Fernando Abal Medina y Carlos Gustavo Ramus, dos de los fundadores de esa organización guerrillera:
«Como dice la Biblia, hay que dejar las armas para empuñar los arados.»
Su mensaje tuvo como contexto el ataque al Comando de Sanidad por parte del Ejército Revolucionario del Pueblo (ERP) el día anterior, en plena campaña electoral que llevaría a Juan Domingo Perón a su tercera presidencia.Así continuó el mismo padre Mugica:
Hechos como el de ayer, en momentos en que la Argentina expone su visión justicialista en Argel y el general Carcagno nos habla del ejército liberador y no opresor, resultan una provocación [...]
Y ante las banderas de "Montoneros" que se colgaron en el lugar, aseveró:
Es muy fácil gritar "¡Montoneros!", o salir en manifestación. Pero no es fácil matar el egoísmo que tenemos dentro.
Un día después, el 8 de octubre de 1973, el jefe montonero Mario Eduardo Firmenich dio a conocer su posición en una entrevista que le hiciera El Descamisado (número 17, del 11 de septiembre de 1973):
—¿Esto quiere decir que ustedes abandonan las armas?— le preguntaron.
—De ninguna manera (respondió Firmenich), el poder político brota de boca de un fusil.
En un programa radial realizado en Chivilcoy el 11 de noviembre de 1973, Carlos Mugica criticó a la organización montonera y le atribuyó el crimen de José Ignacio Rucci:
[...] En este momento, ¡para nada las armas! En este momento el problema es entre las armas que tienen los sindicatos, las armas que tiene el CdeO (Comando de Organización Peronista) y las armas que tiene la guerrilla, el Ejército no tiene que ver para nada. [...] para mí muchos de los guerrilleros tampoco son pueblo [...] son pequeñoburgueses intelectuales que aprenden la revolución en un libro y no en la realidad, ¡y juegan con el pueblo! ¡Juegan con el pueblo! ¡Le quitaron la alegría tremenda de experimentar a Perón presidente dos días después de habar sido elegido! Y crearon un clima imperdonable de miedo al pueblo [...] un error tremendo de la burocracia montonera, la nueva burocracia [...] ¿Quién mató a Rucci? ¡Los montoneros! No es que yo opino, ¡Lo sé! Los montoneros lo hicieron saber directamente.
Los ataques contra el padre Mugica recrudecieron, tanto desde la Derecha como desde la Izquierda. Luego de dejar su cargo de asesor ad honorem del Ministerio de Desarrollo Social el 29 de agosto de 1973, fue fustigado por El Caudillo, publicación muy cercana al ministro José López Rega el 7 de diciembre de 1973.3 (El ministro había intentado inculparlo burdamente de no presentar "comprobantes de pago" por los materiales entregados en las villas a lo que el padre Carlos respondió que no sólo había presentado todo, sino que él seguiría apoyando al inminente gobierno del general Perón.)
Tras el ataque del ERP a la Guarnición Militar de Azul (integrada por el Regimiento X de Caballería Blindada y el Grupo de Artillería Blindado 1) realizado el 19 de enero de 1974, Mugica aseveró:
[...] la violencia ejercida contra un regimiento del ejército, cuyo comandante en jefe es el Teniente General Perón, presidente plebiscitado por los argentinos, además de absurda, y antipueblo, es inhumana y anticristiana.
Carlos Mugica instó a la paz y a apoyar al gobierno constitucional de Perón. Se le atribuye un ascendente destacado sobre la juventud militante, y la participación en la conformación de la «JP Lealtad», la mayor escisión que experimentó la organización Montoneros en sus filas, y que tuviera al padre Jorge Galli —también sacerdote del Tercer Mundo— como uno de sus máximos referentes.25 En los primeros meses de 1974, entre el 30 y el 50% de los integrantes de Montoneros habrían dejado esa organización y pasado a formar parte de la JP Lealtad (así lo aseguró Alejandro Peyrú en el artículo La JP Lealtad, publicado en el anuario 2010 de la Revista Lucha Armada, y en una entrevista a J. M. Duarte, autor del libro Entregado por nosotros. Montoneros y el asesinato del Padre Mugica).
Como respuesta, la revista Militancia (Número 38, página 48), órgano oficioso de Montoneros, condenó a Carlos Mugica el 28 de marzo de 1974, 43 días antes de su asesinato. En la sección titulada «Cárcel del Pueblo», en la que regularmente se denunciaba a los «enemigos de la Revolución», se leía que Carlos Mugica trataba «de ser al mismo tiempo un conservador progresista, un oligarca popular, un cura humilde y bien publicitado, un revolucionario y defensor del Sistema», para concluir: «Por todo lo expuesto, quede Carlos Mugica preso en la Cárcel del Pueblo [...]»
La sola aparición en dicha sección, implicaba una velada amenaza de muerte por parte de esa organización armada.
En los días posteriores se plantearon dos hipótesis acerca de quiénes habían ejecutado el crimen. Oficialmente, la agencia Télam atribuyó el asesinato a los grupos que habían lanzado una "campaña de terror contra todas la instituciones de la República, cuyos efectos ya se hicieron sentir en relación al sindicalismo y las Fuerzas Armadas".
Martín De Biase señala que en ese momento la tendencia mayoritaria fue señalar a la organización Montoneros, atribuyendo el móvil a las diferencias políticas entre ellos.
Montoneros difundió de inmediato un comunicado, publicado en los periódicos del 13 de mayo de 1974 negando la autoría del hecho e imputaba el mismo a "las bandas armadas de derecha". Desde las páginas de medios de prensa enrolados en la posición de José López Rega, ministro de Bienestar Social, se insistió en esa versión y poco después el propio ministro bautizaba un barrio recién construido en Ciudadela con el nombre Presbítero Carlos Mugica.
Con el tiempo, la opinión mayoritaria se inclinó por imputar el crimen a la organización de derecha Alianza Anticomunista Argentina (La Triple A), orientada por el ministro José López Rega.
Algunos sindican a Rodolfo Eduardo Almirón, vinculado a la Triple A, como el autor material del crimen.30 Según versiones de testigos, el autor fue un individuo con bigotes: se sindicó a Rodolfo Eduardo Almirón, cabecilla de dicha organización. Mugica fue baleado con una ametralladora Ingram MAC-10. Los proyectiles le afectaron abdomen y tórax; trasladado al hospital, falleció a los pocos minutos. Ese modelo de arma era el utilizado en atentados por la Triple A. Según Miguel Bonasso, al conocerse la muerte del dirigente peronista, Arturo Sampay le dijo:
«[...] el asesinato del padre Mugica es la respuesta de Perón al retiro de ustedes en la Plaza. Es una operación maquiavélica, destinada a que los militantes de la Tendencia se maten entre sí. Demasiado inteligente para que se le haya ocurrido al animal de López Rega.»
En 2012 el entonces senador peronista Antonio Cafiero, en el programa de televisión Tiene la palabra, reveló por primera vez que el padre Mugica le había dicho dos días antes de morir que creía que podía ser asesinado por Montoneros.
El 12 de julio de 2012 el juez Norberto Oyarbide emitió una declaración en la que hizo público que «Rodolfo Eduardo Almirón fue el autor inmediato del homicidio de Carlos Francisco Sergio Mugica, en el marco del accionar delictivo de la Triple A». Fundó su decisión a fin de «declarar la verdad de lo que aconteció, y así brindar una respuesta a los familiares de la víctima y a la sociedad». En ese expediente resultaron centrales los testimonios de Carlos Capelli y Helena Goñi, amigos y colaboradores de Carlos Mugica.
La investigación relativa al asesinato de Carlos Mugica integra una megacausa sobre los delitos presuntamente cometidos por la Triple A, imprescriptibles por haber sido declarados de "lesa humanidad".
La causa estuvo en etapa de instrucción desde su reapertura en 2006, y en ella actúa como querellante la Liga Argentina por los Derechos del Hombre. Rodolfo Eduardo Almirón, sindicado como el autor material del asesinato de Mugica y jefe operativo de la Triple A, fue extraditado desde España y murió en la Argentina en 2009, tras haber pasado detenido en prisión un breve lapso y ser beneficiado con el arresto domiciliario.
El 19 de febrero de 2016 la jueza María Servini de Cubría condenó por el delito de asociación ilícita, por haber pertenecido a la Triple A, a Jorge Héctor Conti, Carlos Alejandro Gustavo Villone, Julio José Yessi, Norberto Cozzani y Rubén Arturo Pascuzzi. En el juicio quedó acreditado que esa organización parapolicial realizó el asesinato del padre Mugica.
En conexión con la causa por asociación ilícita citada en el párrafo anterior, en abril de 2016 el fiscal Eduardo Taiano, pidió a la jueza Servini de Cubría, que se condene a Jorge Conti, Carlos Villone, Julio José Yessi y Rubén Pascuzzi, por cuatro homicidios, privaciones ilegítimas de la libertad y lesiones graves. Uno de los cuatro homicidios es el de Carlos Mugica.
La Fiscalía dio a conocer el pedido de condena en estos términos:
El 11 de mayo de 1974, después de las 20, Eduardo Almirón, secundado por Miguel Ángel Rovira, disparó cinco veces contra Carlos Mugica a metros de la iglesia San Francisco Solano. Junto a él se encontraba Ricardo Rubens Capelli, que sufrió lesiones graves por balas provenientes desde adelante. Así lo determinó el Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional Federal N°5 el 12 de julio de 2012, en el marco del expediente 14.905/2009, a través del testimonio de al menos cuatro testigos del homicidio que vieron también cómo los atacantes escapaban a bordo de un Chevrolet de color verde claro, que luego se identificó como robado.
Con todo, las opiniones de diferentes historiadores y periodistas sobre los alcances de las responsabilidades en el crimen de Carlos Mugica distan de ser unánimes. Mientras Felipe Pigna, Eduardo Anguita y Martín Caparrós se posicionaron a favor de la tesis que sostiene una responsabilidad plena de la Alianza Anticomunista Argentina, Ceferino Reato y Marcelo Larraquy manifestaron sus reservas al respecto al sugerir que la organización Montoneros podría haber tenido algún tipo de vínculo con el hecho.
Ricardo Capelli dijo en el programa de Felipe Pigna de Radio Nacional 18/5/2014 que al llegar a la capilla de San Francisco Solano con Mugica, para dar misa, advirtió la presencia de Rodolfo Almirón - mano derecha de López Rega. Al salir, luego de dar la misa, se dirigían al auto Renault 4L para retirarse y alguien llama al padre Mugica. Este se vuelve. Los demás siguen caminando. Se escucha un fuerte insulto de Mugica ante algo que ve y a continuación el tableteo del arma con que le dispararon. Los disparos le llegan a Capelli. Uno le golpea en el hombro y lo tira. Al caer ve que Mugica está herido, deslizándose contra la pared hasta quedar sentado y ve claramente a Rodolfo Almirón con el arma en la mano. Es el arma que les disparó a ambos: Mugica y el propio Ricardo Capelli. Los que iban con el grupo del cura los cargan en el auto, que con 5 ocupantes no tenía fuerza para tomar mucha velocidad y lo llevan para ser atendido por médicos. (Fuente: Radio Nacional Argentina - Programa: Historias de Nuestra Historia - 18/5/2014)
Juan Manuel Duarte escribió que, más allá de quienes oficiaron como autores materiales del crimen, entre fines de 1973 y principios de 1974 Carlos Mugica recibió ataques, tanto de las filas de Montoneros como de los esbirros de José López Rega —líder de la Alianza Anticomunista Argentina—, «en una especie de pacto tácito».
En efecto, las publicaciones cercanas a estos dos grupos opuestos (Militancia y El caudillo) recriminaron al sacerdote su origen —ya que no provenía de las villas sino de una familia de clase alta—, su exposición mediática y su influencia entre los pobres y los jóvenes. Las respuestas de Mugica parecieron irritarles más todavía: el sacerdote señaló que los hermanos villeros jamás le habían cuestionado que hubiera crecido en Recoleta y que solo sus críticos lo veían como un problema.