Presidencia de facto
Luego del golpe, recién asumido como presidente, comunicaba a la población:
"Argentinos, he asumido el cargo de Presidente de la Nación que las Fuerzas Armadas han coincidido en conferirme, con brevedad de la circunstancia nacional que nos impone obligaciones inexcusables. Acepto ésta responsabilidad excepcional persuadido de que es menester producir en la República un cambio fundamental, una verdadera revolución que devuelva a nuestros argentinos su fe, su confianza y su orgullo".
Política económica
Onganía inicialmente nombró como su ministro de economía al demócrata-cristiano Jorge Néstor Salimei, aunque dentro de gobierno coexistían otras corrientes políticas (nacionalistas y liberales) pero el 3 de enero de 1967 lo reemplazó por el economista liberal Adalbert Krieger Vasena, quien revocó las medidas de nacionalización y control de capitales, y contuvo la inflación congelando los salarios y devaluando un 40% la moneda nacional.
Se alejó, sin embargo, de la ortodoxia liberal afrontando obras públicas, con lo que mantuvo el ritmo de la actividad industrial. La participación de los salarios en la renta nacional estuvo cercana al 43% durante el período 1967-1969.
Las exportaciones se mantuvieron altas, pero el sector agrario fue perjudicado por la devaluación y por el aumento de los porcentajes de retención a las exportaciones, así como por la supresión de las medidas de protección., durante su presidencia se sancionó el Decreto-Ley 18.188/1969 que creó una nueva moneda para el país, En lo laboral se sancionó una ley de arbitraje obligatorio, que condicionó la posibilidad de hacer huelga.
Durante su gobierno desarrolló la teoría de la necesidad de atender primero el 'tiempo económico' sobre el 'tiempo social' y el 'tiempo político'.
Onganía intentó mantener la participación de los distintos sectores del país en su gobierno mediante la formación de comités consultivos en áreas específicas de la política agraria, industrial y económica. Esta medida recibió fuertes críticas de los sectores más conservadores del ejército; sumado al disenso entre los generales, el asesinato del teniente general Pedro Eugenio Aramburu en 1970 terminó con los días de Onganía frente al Poder Ejecutivo.
La Noche de los Bastones Largos
Un mes después del golpe de estado, las universidades públicas argentinas estaban entonces organizadas de acuerdo a los principios de la Reforma Universitaria, que establecían la autonomía universitaria del poder político y el cogobierno tripartito de estudiantes, docentes y graduados.
El estallido ocurrió el 29 de julio de 1966 cuando estudiantes y docentes manifestaban en la Universidad, en contra de un intento por parte del nuevo gobierno de facto, de revocar la reforma universitaria. La represión fue particularmente violenta en las facultades de Ciencias Exactas y Naturales y de Filosofía y Letras de la Universidad de Buenos Aires.
La policía tenía órdenes de reprimir duramente. El nombre proviene de los bastones largos usados por la policía para golpear con dureza a las autoridades universitarias, los estudiantes, los profesores y los graduados, cuando los hicieron pasar por una doble fila al salir de los edificios, luego de ser detenidos.
Fueron detenidas 400 personas y destruidos laboratorios y bibliotecas universitarias. Como resultado de esta política represiva, cientos de científicos e investigadores se exiliaron, lo que constituyó una significativa "fuga de cerebros".
Censura artística
El gobierno de Onganía prohibió las representaciones del ballet El mandarín maravilloso de Béla Bartók, de La consagración de la primavera de Igor Stravinsky y posteriormente el estreno argentino en el Teatro Colón de la ópera de Alberto Ginastera y Manuel Mujica Láinez Bomarzo, que venía de estrenarse en Washington.8 La censura se extendió al cine con la prohibición de Blow Up de Michelangelo Antonioni y de espectáculos teatrales en el Instituto Di Tella entre otros.
El Cordobazo
El 29 de mayo de 1969 ocurrió en la ciudad industrial de Córdoba uno de los mayores levantamientos populares de masas de toda la historia argentina denominado como el Cordobazo.El estallido tuvo como antecedentes otras grandes movilizaciones estudiantiles, en algunos casos acompañadas por obreros, en Corrientes, Tucumán y Rosario. Todas ellas reprimidas con gran violencia por la dictadura militar, en la que ya habían muerto dos estudiantes. Para el día 30 de mayo, los CGT combativa de Córdoba, encabezada por Agustín Tosco, había convocado un paro general en toda la nación. El gobierno militar estableció el toque de queda en Rosario y Córdoba. Los puntos de la convocatoria fueron:
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Repudio a los asesinatos de la dictadura y en homenaje a las víctimas.
- Aumento general de salarios del 40%.
- Funcionamiento de las comisiones paritarias para renovar los convenios colectivos.
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Defensa de las fuentes de trabajo.
- Establecimiento de las libertades democráticas y sindicales.
Ya desde el 28 de mayo el clima de efervescencia había motivado un inmenso despliegue policial en toda la capital cordobesa.
Pero el 29 por iniciativa de Tosco, Secretario General del gremio de Luz y Fuerza, se resolvió un paro activo: los obreros dejaron sus puestos de trabajo y marcharon al centro de la ciudad. A los de Luz y Fuerza se unieron miles de trabajadores que provenían de grandes fábricas metalúrgicas, como Renault, FIAT, Perkins y otras. También columnas numerosas de estudiantes universitarios.
Estas columnas de obreros y estudiantes hicieron retroceder a los destacamentos policiales y tomaron el control del centro de la ciudad, algunos barrios y las principales radios y comisarías barriales. A las cinco de la tarde, el ejército se hace cargo de la situación y reprime violentamente a los ciudadanos.
Los tanques del ejército, aviones y diversos batallones de gendarmería se despliegan por la ciudad, disparando armas de fuego contra los manifestantes, contra techos y viviendas. En respuesta, y a pesar del toque de queda y del despliegue militar, la resistencia popular incendió el casino de suboficiales de la aeronáutica y se atacaron comisarías y puestos policiales.
Aparecen francotiradores en los techos de los edificios más altos: sus balas se llevan también un número indeterminado de miembros de las fuerzas policiales y militares. Finalmente, durante la noche el ejército logra controlar la capital de Córdoba.
En las capitales de todas las provincias argentinas se habían efectuado, también, manifestaciones y concentraciones. La sucesión de revueltas populares, obreras y estudiantiles, son consideradas por algunos historiadores como la verdadera causa de la posterior caída del gobierno de Juan Carlos Onganía.
Últimos momentos de gobierno
En junio de 1969 renunció el gabinete en pleno, el nuevo ministro de economía convocó a paritarias para descomprimir la presión laboral, pero las aguas siguieron revueltas.
Conflictos gremiales, paros activos, y puebladas como el Cordobazo se manifestaban en todo el país.
También empezaban a surgir las guerrillas urbanas como el ERP y Montoneros.
En una reunión con los altos mandos castrenses fue consultado por los plazos estimados para la concreción de su mandato y el general respondió:
«Es un proceso muy largo. No se puede reestructurar la sociedad en 10 o 20 años».
Muchos hicieron cuentas rápidas y pensaron en 1990, pero Onganía fue más lejos diciendo:
«Si es preciso se debe modificar la constitución, se debía pensar en un período transcurrido entre la Revolución de Mayo y la sanción de la constitución Argentina, lo que es equivalentes a 43 años para 2013».
El secuestro y muerte del general Pedro Eugenio Aramburu por parte de la guerrilla Montoneros, que tuvo lugar el 29 de mayo de 1970, terminó de debilitar su gobierno y el 8 de junio los 3 comandantes depusieron al general.
Debió renunciar de modo humillante al dejar su renuncia de forma personal en la sede del Estado Mayor Conjunto de las Fuerzas Armadas.