La segunda quincena de agosto de 1868, el marqués de Caxias, con sus 35.000 hombres, resolvió iniciar las nuevas operaciones que debían destruir los últimos obstáculos para llegar a Asunción.
Los paraguayos abandonaron la línea de Tebicuary por causa de la insalubridad de la zona y porque se hallaban al alcance de la artillería de los barcos de guerra brasileños a cambio de esa línea, se organizó otra sobre el arroyo Pikiciry, cerrando desde ella el camino hacia el norte, sin embargo los aliados no dieron tiempo al mariscal López para mejorar de modo notable su posición.
Como había tropas paraguayas en la margen derecha del Tebicuary y se habían construido obras de defensa a orillas del rito Paraguay, creyeron los aliados que esa posición sería defendida y marcharon sobre ella, calculando que el enemigo tendría allí de 12.000 a 16.000 hombres, sin contar los 4.000 de Timbó. El marqués de Caxias dejó en Humaitá el segundo cuerpo de ejército brasileño, al mando de Argollo, una parte de la artillería y cinco batallones argentinos; el resto de las tropas argentinas quedó a las órdenes del general Gelly y Obes para su transporte por el río Paraguay.
Iniciaron los aliados el avance el 17 de agosto, abriendo la marcha el tercer cuerpo de ejército brasileño al mando del barón del Triunfo, que encontró un destacamento paraguayo de 200 jinetes en observación en la confluencia del arroyo del paso del Tebicuary, donde había un reducto artillado y guarnecido por 400 hombres. El barón del Triunfo dispuso el asalto con el empleo de fuerzas muy numerosas. Los defensores comprendieron después de iniciada la lucha que era inútil toda resistencia y trataron de llegar a las barrancas del río para pasarlo a nado, siendo muertos muchos de ellos.
Juan Andrés Gelly y Obes participó en la batalla de Tuyú Cué. el presidente Sarmiento lo nombró comandante del ejército argentino en el Paraguay, participando en la Campaña de Pikysyry, aunque renunció por un fuerte altercado con el presidente poco antes del saqueo de Asunción.El heroísmo de los paraguayos fue altamente reconocido y admirado por los militares argentinos. "Lo que hacen los paraguayos no es fácil que lo haga nadie en el mundo" —escribió Gelly y Obes. En el parlamento no faltaron voces clamando por el fin de la guerra, como la de Manuel Quintana, la de Nicasio Oroño y otros.
El mariscal López ordenó la evacuación de la línea del Tebicuary, que estaba ante el peligro de los desembarcos en su flanco derecho. Formó en cambio una nueva línea en el Pikiciry, protegida por la fortificación y los cañones de grueso calibre de Angostura, aunque esa línea se hallaba muy al norte y dejaba un vasto territorio a merced del enemigo.
El 1 de setiembre el ejército brasileño pasó al Tebicuary sin obstáculos; exploró hasta San Fernando y halló abandonado el vivac enemigo; él y todas las fuerzas aliadas se hallaban al norte de esa línea, abandonada por los paraguayos nueve días antes. Las tropas argentinas al mando del coronel Álvarez partieron de Taré Cué, a 8 km al norte de Tuyú Cué, y siguieron al marqués de Caxias; el resto de las fuerzas argentinas, al mando de Gelly y Obes, quedaron en Humaitá y fueron embarcadas el 7 de setiembre, siguiendo por agua a las fuerzas brasileñas.
La escuadra que había facilitado el pasaje del río Tebicuary hizo un reconocimiento sobre Angostura, 30 km al sur de Asunción, y comprobó que los aliados debían vencer una nueva posición enemiga en el arroyo de Pikiciry, 200 km al norte de Humaitá.
Las lluvias hacían penoso el avance de las tropas y además el terreno estaba cortado a menudo por bañados y esteros. Pero el 22 de setiembre la vanguardia del barón del Triunfo alcanzó un punto al este del arroyo Surubí-hi, próximo a Paso Laguna.
Dueños de esa posición sobre el Surubí-hi, los brasileños se establecieron entre ese punto y Palmas; el general Gelly y Obes desembarcó en Villafranca con fuerzas argentinas y avanzó por tierra, formando el ala izquierda, cuyo centro y derecha los formaban los uruguayos y los brasileños.