Liniers envió una nota rechazando a la junta de Buenos Aires y entonces el gobernador convocó a una nueva reunión para tratar sobre los pliegos recibidos. La opinion del dean Funes en favor de reconocer a la Junta provocó una airada reacción de Liniers que motivó el retiro de Funes de la reunión y que no fuera invitado a otras reunions posteriors.
En esa reunión el gobernador aconsejó desconocer a la Junta y jurar el Consejo de Regencia de España e Indias, ya que contaba con el apoyo del vecindario y del ayuntamiento.
Desconoció Córdoba la autoridad de la Primera Junta el 20 de junio, cuando el Cabildo con la presencia del gobernador juró el Consejo de Regencia, aunque no lo hicieron constar en actas. Ese mismo día el deán Funes envió una comunicación a la Junta informando los detalles de las reuniones celebradas por los contrarrevolucionarios, indicando la opinión de cada uno de los concurrentes y el voto del Cabildo.
En Córdoba, Liniers y Juan Gutiérrez de la Concha alistaron milicias urbanas y varios cientos de milicianos reclutados en la campaña por el coronel Santiago Allende, armados con boleadoras y lanzas.
El 8 de julio Liniers escribió a Paula Sanz en el Alto Perú que contaba con 600 hombres armados, la mitad con fusiles y el resto con lanzas, además de artillería. Cuando la expedición se acercó a la ciudad, parte de los milicianos desertaron y los jefes con 300 o 400 hombres y 9 piezas de artillería, huyeron el 31 de julio en dirección al Alto Perú.
Ocupada Córdoba el 8 de agosto por el resto del ejército, fue reemplazado su cabildo y Juan Martín de Pueyrredón fue nombrado gobernador intendente, asumiendo a mediados de ese mes, luego la marcha siguió en dirección al Alto Perú, donde el general español José de Córdoba y Rojas estaba al mando de las tropas realistas.
El día 5 ingresó en Córdoba un destacamento de 300 hombres en busca de Liniers y los demás jefes, 225 soldados permanecieron en la ciudad y los otros 75 iniciaron la persecución, alcanzando a Liniers al día siguiente en el paraje Piedritas, luego de que estos se habían dispersado y escondido, abandonando los cañones y todo lo transportado. El día 7 fueron capturados Gutiérrez de la Concha, el obispo de Córdoba Rodrigo de Orellana, Allende, el asesor Rodríguez y el secretario Moreno.