El 28 de julio la Junta decidió el fusilamiento de los cabecillas; sólo Manuel Alberti, por ser sacerdote, se abstuvo de firmar la orden sin embargo, debido a que trascendiera la medida, una comisión formada por el deán Funes, el Cabildo, el clero, damas y otras personas, rogó a Ortiz de Ocampo para que suspendiera la medida.
La orden llegó a Córdoba entre el 4 y el 5 de agosto. Ortiz de Ocampo mandó inmediatamente a ejecutarla; sin embargo, debido a que trascendiera la medida, una comisión formada por el deán Funes, el Cabildo, el clero, damas y otras personas, rogó a Ortiz de Ocampo para que suspendiera la medida hasta tanto Funes y su hermano escribieran a la Junta para lograr retrotraerla y cambiarla por una pena menos cruel. Funes habló en nombre de todos.
Tres horas después de mandar ejecutar la sentencia, Ortiz de Ocampo accedió y despachó un mensajero a González Balcarce para suspender la ejecución. Pesaba también el hecho de haber sido ambos compañeros de armas de Liniers durante las Invasiones Inglesas, entonces Ortiz de Ocampo decidió enviar a los prisioneros a Buenos Aires, escribiendo a la Junta el 10 de agosto.
Entre el 11 y el 12 de agosto, González Balcarce recibió en el Totoral la orden de Ortiz de Ocampo de remitir a los prisioneros con una escolta a Buenos Aires sin pasar por Córdoba. Esa escolta de cincuenta hombres quedó al mando del capitán José María Urien, pero el 19 de agosto lo reemplazó el capitán Manuel Garayo, debido al extremo rigor con que Urien trataba a los prisioneros.
Francisco Ortiz de Ocampo se negó a ejecutar a los prisioneros, como le había ordenado la Junta por iniciativa del secretario Mariano Moreno, no sólo los cordobeses le pidieron clemencia, sino que los mismos Liniers y Gutiérrez de la Concha eran sus amigos y compañeros de luchas desde 1806. Desobedeciendo órdenes de la Junta, envió los prisioneros a Buenos Aires Alarmada por el posible efecto del todavía muy popular Liniers en la capital, la Junta envió rápidamente a Juan José Castelli a hacerse cargo de las ejecuciones y a Antonio González Balcarce a reemplazar a Ocampo como jefe del Ejército.
Los miembros de la Junta se alarmaron, ya que el resultado del cambio de órdenes era enviar a Liniers a la ciudad que lo tenía por un héroe.
Liniers se trataba del héroe de la Reconquista, quien durante las Invasiones Inglesas de 1806 y 1807 se había ganado el afecto de los habitantes de Buenos Aires, y se convirtió en el único virrey elegido localmente.
En julio de 1809, la Junta Suprema de Sevilla designó virrey a Baltasar Hidalgo de Cisneros y Liniers se trasladó a su finca de Alta Gracia, en Córdoba
Esta suspensión de la orden podía suponer un gran peligro para la revolución. Castelli escribió a Chiclana el 17 de agosto.
El 18 de agosto la Junta apercibió a la Comisión de la expedición, reiterando la sentencia y expresando que la ejecución inmediata de los reos era el único medio de desvanecer la desobediencia a la orden:
Castelli les leyó la sentencia de muerte, que se haría efectiva cuatro horas después: como resultado de la misma, fueron fusilados Liniers, Gutiérrez de la Concha, el teniente gobernador Victorio Rodríguez, Santiago Alejo de Allende y Joaquín Moreno, perdonándose al obispo Orellana, quien fue enviado preso a Luján. A French le tocó dar el tiro de gracia al militar francés.
Castelli ordenó enterrar los cadáveres en una zanja al costado de la cercana iglesia de Cruz Alta. Sin embargo, cuando al día siguiente se retiraron los enviados de la Junta, el teniente cura de la capilla los exhumó y enterró separadamente, individualizándolos con una cruz en la que se escribió L.R.C.M.A., iniciales de los sepultados según el orden en que se hallaban.
Castelli regresó de inmediato a Buenos Aires y se reunió con Moreno el 6 de septiembre, recibiendo las instrucciones secretas para comandar el proyecto revolucionario en el Alto Perú.
En Cabeza de Tigre, en Córdoba, el doctor Juan José Castelli fue el encargado de hacer cumplir la orden de la Junta en donde fueron fusilados Santiago de Liniers, Juan Gutiérrez de la Concha, Santiago de Allende, Victorino Rodríguez y Joaquín Moreno.