Dos meses permaneció el ejército expedicionario en Potosí, mientras Castelli y Balcarce se adelantaron a Chuquisaca y enviaban emisarios al Bajo Perú para predisponerlo a la causa revolucionaria.
El 9 de enero de 1811, el ejército avanzó hacia Oruro a las órdenes de Viamonte y a comienzos de abril prosiguió hacia el norte y se detuvo en Laja; cerca de La Paz, sobre el camino La Paz-Desaguadero.
El descanso no fue utilizado para disciplinar a las tropas y elevar su moral y su adiestramiento, sino que fue tomado como ocasión de diversiones y de vida licenciosa; en medio del desorden entraban en el campamento espías enemigos e informaban a sus jefes de los proyectos de los patriotas. Además, la política entró en el ejército y dividió las opiniones, relajando la obediencia; un grupo respondía a Castelli y a Balcarce y el otro a Viamonte; entre los partidarios de este último se llegó a proyectar una conspiración para apresar a los primeros y nombrar a Viamonte comandante en jefe.
En 1815, se dirigió Güemes al director supremo en estas palabras:
"La Paz, Cochabamba, Charcas, Potosí y Salta, tienen que clamar y lamentarse ante el tribunal de la razón de la demora criminalísima de más de sesenta días en Chuquisaca del representante Castelli, con que dio lugar a que Goyeneche, que no tuvo más fuerzas que las de cinco compañías, reforzara su ejército con siete mil combatientes"
(citada en la obra de Félix Frías).
Castelli separó a Güemes del ejército del norte, probablemente por la oposición que le hiciera a su pasividad, mientras que el jefe gaucho exigía la persecución inmediata del enemigo.
Los realistas aprovecharon la permanencia de los patriotas en Potosí para volver a pasar el Desaguadero y establecerse en su margen izquierda; el Puente del Inca, único lugar para el paso del río, quedó en poder de Goyeneche, que hizo ocupar y fortificar además las alturas de Vila-Vila, al sur del puente.
Güemes, como integrante del Ejército del Norte, fue puesto al mando de un escuadrón gaucho en la Quebrada de Humahuaca (en la actual Jujuy) y en los valles de Tarija y Lípez, impidiendo la comunicación entre los contrarrevolucionarios y los realistas altoperuanos. En la batalla de Suipacha, librada el 7 de noviembre de 1810 y que fue el único triunfo de las armas patriotas durante esta primera expedición, la participación del capitán Güemes fue decisiva.