El 12 de octubre de 1886 asumió la presidencia; en su discurso inaugural anunció su ideario liberal, que incluía la promoción de la educación, de la inmigración europea y de la empresa privada. Desde un primer momento, el nuevo presidente exacerbó un marcado presidencialismo, lo que rápidamente generó conflictos con Roca, quien pretendía mantener control sobre el gobierno y el partido gobernante (PAN). Así, la unificación y la centralización serán el método de gobierno dominante en las próximas décadas…
Al asumir el mando el 12 de octubre, dijo Juárez Celman ante el Congreso reunido:
"Por primera vez en nuestra borrascosa historia tan llena de experiencias dolorosas, se opera la transmisión del mando en plena paz interior y exterior; por primera vez los partidos en lucha no han olvidado, ni aún bajo la efervescencia de la contienda electoral y de los sacudimientos profundos de la pasión política, que los pueblos constituidos y libres, en donde nadie enmudece ni se abstiene por temor, sólo admiten como resortes legales de preponderancia la discusión y el voto; y por primera vez, el elegido de la mayoría nacional puede eliminar con placer e íntima satisfacción de su discurso inaugural, ese capítulo obligado en que mis ilustres antecesores deploraban los horrores de la anarquía y la rebelión, luctuoso final de nuestras contiendas, para reemplazar tan justa queja con esta seguridad que llena el alma de esperanzas: la paz es un hecho y un derecho en la República, y las luchas políticas por enérgicas, por apasionadas que se presenten en la evolución ordinaria de nuestra vida constitucional, se mantendrán siempre como hoy en el límite de la legalidad".
El nuevo presidente fue jefe único del partido triunfante, y de ahí la Palabra unicato, quedando Roca desplazado del mecanismo partidista.
El proceso de concentración política en el partido gobernante y en la figura del presidente, venía profundizándose desde 1880. La concentración de poder no era para fortalecerse frente a la oposición política, porque, de hecho, dicha oposición era aún muy débil. En realidad, era para afirmarse dentro del grupo gobernante, removiendo aquellos gobernadores que no eran del todo leales. En el caso de Juarez Celman, dicho proceso se acentuó porque a su condición de Presidente de la República, le sumó la de Jefe del partido gobernante (el PAN), lo que hizo que sus contemporáneos denominaran Unicato a esta fuerte concentración de poder político en una sola persona.