El 11 de setiembre de 1888 muere en Asunción, a donde había ido con la esperanza de lograr alivio para su achaques, Domingo Faustino Sarmiento. Hasta sus últimos días no dio descanso a su pluma y a su lucha.
Defendió la escuela laica, la escuela sin la religión de mi mujer. A los setenta y dos años sorprendió con su obra Conflicto y armonías de las razas en América (1883) , obra de un pensador y un sociólogo, donde plantea problemas que aún requieren estudio, el mestizaje de cobrizos e indígenas como base, con blancos y negros como accidente. Agustín Alvarez y José Ingenieros continuaron la senda abierta por Sarmiento.
Cumplió en 1884 una misión oficial en Chile, encomendada por Roca. En vida se inició por decisión oficial la publicación de sus obras, que su nieto Augusto Belin Sarmiento llevó a 52 tomos. Fue derrotado como candidato a diputado en San Juan por el oficialismo que en-cumbraba a Juárez Celman.
Escribió todavía algunos libros: Vida y escritos del coronel don Francisco J. Muñiz y Vida de Dominguito. Éste es el último de sus libros (1886).
En 1886 se sintió enfermo; hizo un viaje de descanso a Tucumán y Salta. A mediados de 1887 resuelve irse al Paraguay, y sigue escribiendo artículos desde allí. Vuelve a Buenos Aires en diciembre de ese ario; escribe sobre la naturalización de los extranjeros. Parte de nuevo al Paraguay en mayo de 1888.
Su cadáver, embalsamado, fue transportado desde Asunción a Buenos Aires. Despidió sus restos en la capital paraguaya el ministro de relaciones exteriores José Segundo Decoud. En el trayecto, el féretro fue objeto de honores oficiales y populares, en Corrientes, en Rosario, en San Nicolás. El 20 de noviembre llegó a Buenos Aires y el entierro se realizó el día siguiente. Como ministro del interior y en presencia de Juárez Celman, Eduardo Wilde terminó así su discurso:
El tomar una fotografía post mortem no fue una excepcionalidad sarmientina; era una práctica relativamente corriente a pesar de que la fotografía era todavía un invento reciente (1839), y no era considerada chocante como puede parecer hoy. La fotografía de difuntos adoptaba distintas modalidades. Podía consistir en hacer posar al muerto, vestido como si todavía estuviese en este mundo, con el resto del grupo familiar o con amigos. El retrato podía ser también individual, natural o "arreglado". Los fotógrafos maquillaban a los muertos y los acomodaban en poses que los hacían parecer vivos. En ocasiones hasta montaban escenas de la vida cotidiana, mezclando vivos y muertos. Fue el embajador en Paraguay, Martín García Mérou, quien tomó la iniciativa de convocar al fotógrafo Manuel de San Martín, para retratar al ilustre difunto. El escultor Víctor de Pol cumplió con otro rito de la época: tomar su máscara mortuoria. El cuerpo de Sarmiento fue embalsamado por sus médicos de cabecera. Luego de eso, los restos fueron embarcados rumbo a Buenos Aires. El barco se detuvo en cada puerto para que la gente pudiera despedirlo.
"Sarmiento es una gloria de la República. Cuando pasen los arios y la historia, a la par de la leyenda, hable a las generaciones futuras, describiendo su colosal figura; cuando el soplo de los tiempos lleve en sus alas el nombre venerado de este ilustre ciudadano, diez millones de argentinos lo repetirán con entusiasmo, y la patria que, como la religión, tiene sus santos, colocará en sus altares la efigie del hombre que supo ilustrar su época y su pueblo con los destellos de su potente inteligencia".
Carlos Pellegrini habló en nombre del Senado:
"En nombre del Senado de la nación a quien honró en vida, me inclino ante su féretro y deposito la ofrenda de la admiración y del respecto. Su nombre pertenece ya a la historia, y cuando la República Argentina sea una de las grandes naciones de la tierra y sus hijos vuelvan la mirada hacia la cuna 'de su grandeza, verán destacarse la sombra de Sarmiento, consagrado desde hoy y para siempre como uno de los Padres de la Patria".
El traslado de sus restos, en buque, desde Asunción hasta Buenos Aires fue una continuada manifestación popular, el 21 de setiembre de 1888 desembarcaron de los restos de Sarmiento en el muelle de pasajeros ddel Puerto de Buenos Aires. Sus restos fueron inhumados 10 días después en el Cementerio de la Recoleta de Buenos Aires, con la presencia de varias personalidades relevantes . Ante su tumba, Carlos Pellegrini (entonces Vicepresidente de la Nación) sintetizó el juicio general: “Fue el cerebro más poderoso que haya producido la América”.