Durante la presidencia de Juarez Celman se intervino Tucuman , Mendoza y hubo algunos temas con Córdoba, Roca mientras tanto desde el exterior no intervenia
Otra intervención fue la enviada a Mendoza en enero de 1889, decretada en acuerdo de ministros por Carlos Pellegrini, en ejercicio del poder ejecutivo por ausencia del presidente. Tiburcio Benegas, gobernador, no se había sometido al unicato y los opositores, encabezados por Rufino Ortega, entonces senador, con el apoyo del regimiento de línea de guarnición en la ciudad, resolvieron obrar. En la mañana del 6 de enero el ministro Juan E. Serú y el jefe de policía Agustín Alvarez, se apersonaron en el domicilio de Tiburcio Benegas para advertirle sobre los preparativos de un levantamiento contra el gobierno. Poco después apareció delante de la casa del gobernador una cuarentena de personas armadas de rémingtons, que acri-billaron la puerta de entrada y penetraron en la finca, deteniendo a Benegas, a Serú y a Alvarez, conducidos en coche descubierto a la cárcel.
Benegas fue obligado a firmar su renuncia y a insistir ante sus amigos para que no hiciesen resistencia. La legislatura admitió la dimisión y nombró a Manuel Bermejo gobernador interino; al día siguiente Benegas fue puesto en libertad y reclamó al poder ejecutivo nacional su reposición. Decretada la intervención, fue designado Manuel Derqui para cumplirla, el cual se hizo cargo del gobierno de la provincia.
Pero Juárez Celman envió a Mendoza un comisionado con el encargo de intervenir a la misma intervención de Derqui. El presidente de la legislatura y nueve diputados apoyaron la causa de Benegas. Convocado el gabinete nacional,. a excepción de Wilde, los otros ministros se pronunciaron contra la reposición del gobernador Benegas. Juárez Celman manifestó su disgusto y Wilde dimitió pocas horas después de haber firmado una resolución favorable al gobernador de Mendoza, que volvió a su puesto el 23 de enero, con lo cual la intervención declaró concluida su misión. Pero había que prever que sus funciones no durarían mucho, y efectivamente, hostigado por la legislatura, dimitió el 9 de junio.
Tibursio Benegas después de un año y medio en el gobierno fue depuesto el 6 de enero de 1889 por una revolución y se lo encarcela junto con Juan Eugenio Serú, Agustín Álvarez y otros. Se lo obligó a presentar la renuncia, que el día 7 la Legislatura trata y acepta, designando posteriormente en calidad de Gobernador interino al Dr. Manuel J. Bermejo, que se desempeñaba como presidente de la Cámara.
El vicepresidente de la Nación Carlos Pellegrini dispuso la Intervención Federal y envió a Manuel Derqui para hacerse cargo del Ejecutivo. La función de Derqui fue devolver en funciones al Gobernador Benegas, quien reasumió su cargo, hasta el 9 de junio de 1889 cuando renunció definitivamente.
El caso de Córdoba no fue de intervención directa, sino indirecta. Él gobernador Ambrosio Olmos pasaba como adicto a Roca, de quien Juárez Celman se había distanciado. El 20 de marzo de 1888 Olmos reclamó la intervención federal para evitar que la legislatura provincial lo desposeyese como era su intención. Juárez Celman no quiso intervenir en el diferendo y dejó que las instituciones locales resolviesen la disputa, sin perjuicio de enviar como comisionado especial a Luis V. Varela para investigar lo ocurrido. La legislatura separó al gobernador Olmos de su cargo mediante el juicio político, declarándolo "incapaz de ocupar empleos". En reemplazo de Olmos fue electo gobernador un hermano del presidente de la República, Marcos Juárez.
Esta solución no redundó en beneficio de Júárez Celman, aunque trató de presentar los hechos de Córdoba al congreso de este modo:
"Ya no son menester los motines militares y los levantamientos populares para que los gobernantes sean responsabilizados ante los representantes del pueblo. Basta la acción regular de las instituciones, en su funcionamiento normal, para que los cambios de la política o del personal del gobierno se produzcan sin perturbaciones y dentro de los derechos que nacen de la Constitución".
Juan Posse fue elegido gobernador de Tucumán, cargo que asumió el 16 de septiembre de 1886, su administración no gozaba de la simpatía del presidente Miguel Juárez Celman, ya que los electores tucumanos fueron los únicos que no apoyaron su candidatura presidencial. Ello significó al gobierno de Posse una serie de dificultades agravadas por la epidemia de cólera de 1886-1887, que diezmó la población de la provincia. La oposición juarista lo atacaba duramente, y resolvió dar un audaz golpe , el 12 de junio llegó a la ciudad, procedente de Córdoba, un tren con empleados y obreros ferroviarios armados con armas del ejército, al frente de los cuales se puso Lidoro J. Quinteros, gerente del ferrocarril del Estado, secundado por Silvano Bores, director de El Deber y rector de la escuela nacional, y Eudoro Váz. quez, jefe de la oficina de correos. Los sediciosos dominaron la situación y el gobernador Posse fue detenido; los hechos causaron una treintena de muertos. Un triunvirato compuesto por Bores, Quinteros y Vázquez se hizo cargo del gobierno.
Tras sangrientos tiroteos en la plaza Independencia, Posse fue derrocado y arrestado, asumiendo el gobierno el interventor federal, doctor Salustiano J. Zavalía.
Este proceso dio lugar a dramáticas sesiones en el Congreso Nacional, donde el diputado Delfín Gallo hizo una memorable defensa de la administración de Posse. Esto hizo que Posse se convirtiera en el más decidido opositor a los gobiernos de Juárez Celman, de Carlos Pellegrini y de Luis Sáenz Peña desde las filas "cívicas". Ello le valió, entre otros problemas, el destierro a Montevideo en 1891, junto a Bernardo de Irigoyen y Leandro Alem.
Roca, entonces en Europa, en carta a Agustín de Vedia, juzgó así el derrocamiento de Posse:
"Un partido que está en el poder con una influencia y medios que ningún partido ha tenido hasta ahora en la República debe ser esencialmente conservador y tener horror a todo desorden y principalmente a todo asalto a mano armada contra cualquier autoridad constituida, por más que ésta lleve en sí el pecado original de casi todas nuestras elecciones . No se debe herir nunca el sentimiento de equidad de un pueblo con actos que hasta los partidarios más decididos encontrarían injustos y poco hábiles en el fondo de su conciencia. En política, como en todas las cosas, no hay falta que tarde o temprano no se pague".