En contraste con el gobierno y la conducta personal democráticos y patriarcales de Mitre, que quería gobernar lo menos posible, siguiendo su criterio liberal, Sarmiento quería un gobierno fuerte, de autoridad, que impusiese respeto y acatamiento a través de sus órganos diversos: el presidente, los ministros, las autoridades subalternas.
Sarmiento obligó a renunciar a Gelly y Obes, jefe del ejército argentino en el Paraguay, porque le propuso el ascenso de varios oficiales; destituyó a empleados de todos los departamentos por haber votado libremente; los gobernadores de provincia que no le eran adictos, se hallaban amenazados por la intervención federal; se encaró con los Taboada, de Santiago del Estero, porque tenían influencia como caudillos en otras provincias, además de la propia.
En Corrientes gobernaba Evaristo López, con José Hernández, el futuro autor de Martín Fierro, como ministro; se trataba de un gobierno, legal, pero urquicista, y los amigos de Mitre lo habían derribado en mayo.
El 14 de setiembre el general Nicanor Cáceres, que contaba con el apoyo de López Jordán, se levantó contra el gobierno provincial. El gobernador López y .su ministro Hernández pidieron su reposición en el poder. Sarmiento designó interventor a Vélez Sarsfield, que visitó antes a Urquiza para encontrar una solución. La pacificación fue lograda, pero Cáceres se negó a presentarse en el cuartel general del ejército y se refugió en Entre Ríos con López Jordán. Vélez Sarsfield, pretextando que faltaba poco tiempo para que el gobierno depuesto terminase su período, convocó a elecciones y resultó gobernador José María Guastavino, que se sometió a las directivas de Sarmiento.
Los sucesos de Corrientes habían obligado ya a Mitre a retirar unidades del frente de operaciones y a ponerlas bajo el mando de su hermano Emilio Mitre para asegurar el orden en la provincia e impedir la guerra civil.
La oficialidad castrense resuelve postular como presidente al embajador argentino en Washington, Domingo Faustino Sarmiento. La iniciativa surge de charlas que mantenían en el campamento aliado de Tuyú Cué, en Paraguay, donde el coronel Lucio V. Mansilla escucha a los jóvenes correntinos y luego se constituye en vocero e instrumentador de la promoción del sanjuanino.
Se aproximaban las elecciones para elegir presidente de la nación, y era imprescindible contar con el gobierno de Corrientes para sostener con los electores correntinos la candidatura de un candidato presidencial afín. Es que de continuar Evaristo López en el poder los liberales descotaban que su influencia se volcaría a favor de su amigo Urquiza que pretendía volver al poder, en tanto que el candidato preferido de los "celestes" era Domingo Faustino Sarmiento. Por lo tanto los liberales se propusieron destituir del cargo al gobernador López.
El 27 de mayo llevaron a cabo el movimiento a la madrugada, rodeando la casa de Evaristo López, quien sin alternativa entregó su renuncia. El gobernador se alejó de la provincia después de varios episodios, entre ellos la intervención a la provincia. Finalmente, el 12 de octubre de ese año 1868, asumió la presidencia Domingo Faustino Sarmiento, habiendo sido por lo tanto, los liberales de Corrientes, los primeros en adherir a la candidatura del ilustre sanjuanino.
San Juan constituyó otro de los graves problemas de su gobierno. Gobernaba la provincia, desde octubre de 1867, Manuel José Zavalla. A fines de 1868 la legislatura debía elegir un senador nacional. Había en el Cuerpo dos tendencias apoyadas en igual número de representantes y ese equilibrio promovió rozamientos con el gobernador, que acabó por encarcelar a los diputados que no le eran adictos. Éstos reclamaron la intervención federal y Sarmiento la decretó el 3 de diciembre de 1868, en pleno receso parlamentario, y nombró interventor a Luis Vélez, sobrino de su ministro Vélez Sarsfield. El interventor federal, con un batallón a sus órdenes, libró a los legisladores presos, reinstaló la legislatura y dio por resuelto el conflicto regresando a Buenos Aires el 9 de febrero. Apenas se alejó de San Juan el interventor, volvió a plantearse el conflicto. Como el gobernador desconociese los actos de la legislatura, ésta destituyó al gobernador. Zavalla protestó ante el Senado nacional y éste se dedicó a estudiar el caso; la oposición llevó un ataque a fondo contra el presidente de la República.
Se formaron dos tendencias; la que encabezaba Mitre reunió a los adversarios del presidente y pidió la reposición del gobernador Zavalla; la otra defendió a la legislatura sanjuanina, que pidió amparo al gobierno nacional y éste, el 4 de marzo de 1870, nombró interventor al general Arredondo y proclamó la ley marcial en la provincia, advirtiendo que el que tomase las armas para resistir, de acuerdo con el gobernador, sería considerado en rebelión contra las autoridades nacionales y quedaría sujeto a las leyes militares que rigen el caso.
Arredondo, jefe de las fronteras de Córdoba y de las provincias de Cuyo, al que debería someterse toda la fuerza armada de San Juan, se puso en marcha para cumplir su misión. Cuando llegó a destino, la legislatura inició el juicio político al gobernador. Arredondo se puso a disposición de los legisladores que suspendieron a Zavalla, asaltó la Casa de gobierno al frente del batallón San Juan el 29 de marzo y expulsó de ella al gobernador.
José María del Carril fue uno de los dirigentes de la oposición que le hizo la legislatura. Apoyó el gobierno del interino Ruperto Godoy, y fue electo gobernador en agosto de 1869.
Creó el Banco de Cuyo, levantó algunos templos, edificó el edificio de tribunales provinciales, el mercado público, renovó las defensas contra las inundaciones del río San Juan, estableció minas en la cordillera, y creó algunas escuelas nuevas.
Debió hacer frente a dos grupos de conspiradores, enemigos de su gobierno, uno federal y otro liberal. Los ex gobernadores Rojo y Zavalla dirigieron la oposición mitrista y estuvieron a punto de lanzar una revolución armada. En su defensa, Del Carril suspendió varios derechos civiles y los arrestó sin juicio, hasta que se sintió lo bastante fuerte para enjuiciarlos en público.
La otra oposición la dirigía el caudillo federal Santos Guayama, que quiso aprovechar las divisiones entre los "liberales" para intentar apoderarse de San Juan. Logró ocupar Caucete, pero el propio gobernador lo venció en combate, capturando a su segundo Abdón Fernández, que murió por heridas de guerra.
En febrero de 1871, Del Carril partió hacia Córdoba a la exposición nacional, con la idea de seguir viaje a Buenos Aires, a conferenciar con el presidente Sarmiento. Pero como la inauguración de la exposición fue suspendida por unos meses, se fue a la capital, donde su padre le aconsejó presentar la renuncia, cosa que hizo en el mes de mayo.
Seis largas sesiones ocuparon el debate de la cuestión de San Juan en el Congreso nacional; tomaron parte en él los oradores más representativos; pero la votación final rechazó la propuesta del restablecimiento del gobernador Zavalla y quedó triunfante por tanto el poder ejecutivo con su actitud. Pareció que San Juan entraba en un período de normalidad.
Ya alejado Zavalla del gobierno, ocupó el cargo José María del Carril y a éste le sucedió Valentín Videla, el cual apareció misteriosamente asesinado el 13 de diciembre de 1873, siendo reemplazado por la legislatura por Benjamín Bates.
Este gobernador fue derribado por un movimiento subversivo y la provincia fue intervenida nuevamente a comienzos de 1874 por acuerdo de ministros, designando interventor a Estanislao Tello, que renunció al poco tiempo; Sarmiento nombró entonces una comisión presidida por el ministro del interior Uladislao Frias, que dio por terminada su misión el 6 de mayo, decretando la reposición de Bates
Valentín Videla había asumido como gobernador de San Juan en 1871. Tenía 53 años y ya había construido entonces una larga carrera política. Promediaba su gestión al frente de la provincia cuando el 13 de diciembre de 1872 fue encontrado asesinado en una vereda céntrica.
El poder ejecutivo nacional intervino en Salta con el pretexto de terminar con la rebelión de Felipe Varela, pero sobre todo con el propósito de anular al jefe de la guarnición local, coronel Cornejo, mitrista. Fue enviado con poderes el mayor Julio A. Roca, de 26 años, propuesto por el ministro de la guerra y por Gelly y Obes.
Roca venció en una sola acción a Varela con las tropas de Cornejo, el cual fue exonerado del mando y remitido a Buenos Aires, dejando libre el campo a la renovación de la legislatura para que diese resultado favorable al gobierno nacional. Manuel Taboada denunció a Mitre los procedimientos violentos empleados por Roca en Salta.
En octubre de 1870 se produjo un movimiento revolucionario en Jujuy y el gobernador Mariano Iriarte, con algunos legisladores, se refugió en Salta, desde donde reclamó la intervención federal. Sarmiento dictó el decreto correspondiente el 19 de diciembre y nombró interventor al doctor Uladislao Frías, que entonces era gobernador de Tucumán, y en breve tiempo logró superar la crisis causada por la muerte de Restituto Zenarrusa y poner en posesión del cargo al nuevo gobernador electo Pedro J. Portal.
En enero de 1872, una revuelta depone en Corrientes al doctor Agustín P. Justo, dos semanas después de asumir el gobierno de la provincia. Justo logró escapar a Buenos Aires y pidió la intervención, que le fue negada; los sediciosos se impusieron después del choque sangriento de Tabaco. El gobierno envía una comisión pacificadora integrada por
Julio A. Roca y Santiago Cortínez. Los vencedores fiscalizan nuevas elecciones de autoridades. Es probable que el gobierno nacional no haya querido agravar la situación de Entre Ríos, subvertida por López Jordán, con la resistencia de Corrientes.