Seguía preocupando el problema de la capital de la Nación y el propio Sarmiento había propuesto a Martín García como capital de una confederación de la Argentina, el Uruguay y el Paraguay en Argirópolis.
Cuando se produjo la -rebelión de Buenos Aires contra la Confederación y contra Urquiza, se opuso a que la capital del país fuese Buenos Aires. Desde la presidencia vetó tres leyes sobre la debatida cuestión: la de julio de 1869; la de setiembre de 1871, que propiciaba la instalación en Villa María, provincia de Córdoba, y la de setiembre de 1873, que proponía a Ro-sario, lo mismo que la de 1869.
En un mensaje a las cámaras alude a la construcción de una ciudad nueva, como fue Washington en los Estados Unidos. Los vetos presidenciales suscitaron muchas animosidades y discrepancias, de los alsinistas, de los cordobeses y de los rosarinos..