El 1 de agosto de 1816 el primer director supremo del nuevo estado independiente surgido el 9 de julio, Juan Martín de Pueyrredón, decretó que el nombre de la fuerza fuera "Ejército de los Andes", designando oficialmente a San Martín como su "general en jefe".
El 5 de septiembre fue organizado un estado mayor en campaña, siendo nombrado como jefe del mismo, como cuartel maestre y mayor general del ejército de los Andes, el brigadier Soler.
El 24 de septiembre de 1816, en virtud de que San Martín se concentrara únicamente en la organización del nuevo ejército, el Congreso otorgó el mando político de Cuyo al coronel Toribio de Luzuriaga. El 30 de septiembre de 1816 el ejército se instaló en el Campamento del Plumerillo en las cercanías de Mendoza.
En virtud del fin de su cargo político en Cuyo y en pos de su nombramiento oficial al frente del nuevo ejército, San Martín era ahora una autoridad puramente militar y por ende subordinada en algunos casos a la autoridad de la provincia en lo civil. Habiéndose percatado el Congreso de la necesidad de darle a San Martín facultades políticas que facilitaran su gestión al frente del ejército, se lo nombró "capitán general de provincia" el 3 de octubre de 1816. Tal cargo le confería el poder político necesario -además de las facultades militares- para no estar subordinado a ninguna autoridad provinciales más que la del gobierno central.
En enero de 1817 la fuerza logró su conformación final con 3 generales, 28 jefes, 207 oficiales, 3778 soldados de tropa, 1392 auxiliares y 15 empleados civiles (5423 hombres en total). A su vez contabilizó 16 piezas de artillería (10 cañones de 6 pulg., 2 obuses de 4 y 1/2 pulg. y 4 piezas de montaña de 4 pulg.), 1600 caballos extras (para caballería y artillería) y 9281 mulas (7359 de silla y 1922 de carga).