A los cuatro mil patriotas los esperaban los más de veinte mil realistas distribuidos en el virreinato peruano. San Martín estaba al tanto de todos los detalles de la situación política que enfrentaba el virrey Pezuela. Sabía que el movimiento revolucionario era apoyado por los todos los sectores de la sociedad, incluyendo a los indígenas, la nobleza y el clero., también conocía la disputa que mantenían en España los liberales y los absolutistas se trasladó al ejército del virrey, por lo que las tropas españolas estaban ocupadas en sus problemas internos.
La situación de los realistas se complicó con la victoria de Bolívar sobre las tropas de Morillo y la posterior creación de la república de Colombia, por lo que Pezuela no podía esperar refuerzos desde Nueva Granada.
Armisticio de Miraflores
Cumpliendo instrucciones de la península, el virrey Pezuela invitó a San Martín a concertar la paz y éste resolvió negociar sin dejar de consolidar por ello su ocupación de la costa ni abandonar los preparativos para las expediciones al interior.
El virrey designó representantes a Hipólito Unanue, al conde Villar de la Fuente y al teniente de navío Dionsio Capaz; San Martín delegó su representación en el coronel José Tomás Guido y en Juan García del Río. Los comisionados se reunieron en Miraflores, al sur de Lima, el 26 de setiembre, y acordaron un armisticio suspendiendo las hostilidades hasta el 4 de octubre para celebrar conferencias de pacificación.
San Martín durante el armisticio
San Martín durante el armisticio trazó un plan audaz: el general Arenales debía ir hacia las Sierra e insurrectar a todas las poblaciones que existían en la región, entre ellos Huancavelica, Jauja y Tarma, para luego, descender hacia la costa hasta llegar al norte de Lima, en donde se encontraría con San Martín. Arenales derrotó a fuerzas realistas en Ica y Nazca y el Libertador se reembarcó con su tropa el 25 de octubre y se trasladó hasta el puerto de Huacho a 150 kilómetros al norte de Lima.
En una carta dirigida al general O'Higgins, explicó su plan: "Mi objeto es bloquear a Lima por la insurrección general y obligar a Pezuela a una capitulación".
Tuvo razón; en menos de tres meses el grueso de las poblaciones septentrionales se habían insurrectado, pero Pezuela no capituló y la guerra se prolongó durante un año. Varios hechos fueron cimentando la acción libertadora: Guayaquil se levantó en armas y se puso baso su protección; el almirante Cochrane capturó la fragata "Esmeralda" y el regimiento "Numancia", integrado mayoritariamente por colombianos desertó de las fuerzas realistas y se puso bajo las órdenes de San Martín con sus banderas, armas y bagajes.
A comienzos de enero de 1821 se reincorporó la división de Arenales, que concluyó con éxito su misión, tras vencer en Pasco, a todo esto, los liberales de Lima lograron la renuncia de Pezuela y en su lugar nombraron al general La Serna. El nuevo jefe de gobierno y el Libertador se reunieron el 2 de junio en Puncuhua.
Esto dijo San Martín: "Pasó el tiempo en que el sistema colonial pudo ser sostenido por España. Sus ejércitos se batirán con bravura tradicional de su brillante historia militar; pero aun cuando pudiera prolongarse la contienda, el éxito no puede ser dudoso para millones de hombres dispuestos a ser independientes y que servirán mejor a la humanidad y a su país si en vez de ventajas efímeras pueden ofrecer emporios de comercio, relaciones fecundas y de concordia permanente entre los hombres de la misma raza, que hablan la misma lengua y sienten igualmente el generoso deseo de ser libres."
Conferencias de Punchauca Óleo de Juan Lepiani que representa la entrevista de Punchauca, entre el virrey del Perú José de la Serna y el Libertador José de San Martín.
Cumpliendo instrucciones de la península, el virrey Pezuela invitó a San Martín a concertar la paz y éste resolvió negociar sin dejar de consolidar por ello su ocupación de la costa ni abandonar los preparativos para las expediciones al interior.Pese a hablar de paz , ambas partes querían ganar tiempo para consolidar sus posiciones militares.
Deseando finalizar la guerra para evitar más derramamiento de sangre, San Martín aceptó entrar en negociaciones con el virrey Joaquín de la Pezuela. Sus delegados se reunieron con los del virrey en Miraflores, pero estas conferencias terminaron en fracaso. San Martín aplicó entonces su táctica militar que consistía en bloquear Lima por tierra y por mar, y así evitar la necesidad de un asalto directo. Mientras que el ejército libertador engrosaba sus filas, menudearon las deserciones en el ejército realista.
Juan Antonio Álvarez de Arenales
Juan Antonio Álvarez de Arenales en 1819 se incorporó al Ejército de los Andes en Chile. El general José de San Martín lo designó al mando de una división para su Expedición libertadora del Perú. Durante la primera campaña logró cuatro victorias en Palpa, Nazca, Cuesta de Tarma y, la más importante, la batalla de Cerro de Pasco. Logró tomar varias provincias para los patriotas: Ica, Huamanga, Huánuco, Huancavelica y Pasco. Los realistas temieron perder contacto con el interior, de modo que evacuaron Lima, y aunque San Martín lo envió a una segunda campaña a la sierra, no pudo impedir la retirada del virrey José de la Serna y su ocupación de todo el interior del país. La última resistencia en esa zona fue la de algunas guerrillas dirigidas por el futuro caudillo mendocino José Félix Aldao, pero finalmente tuvo también que retirarse. Tras la proclamación de la Independencia del Perú, fue nombrado gobernador de las provincias norteñas del futuro territorio peruano.
Las conferencias de Punchauca fueron unas negociaciones de paz que se realizaron en el contexto de la guerra de la Independencia del Perú, en la casa hacienda Punchauca, situada a unos 25 km al norte de Lima, en el actual distrito de Carabayllo.
En una primera fase, se reunieron los delegados patriotas y realistas (4 de mayo de 1821). Luego se dio una entrevista personal entre el virrey del Perú José de La Serna y el general José de San Martín (2 de junio de 1821). San Martín propuso que España reconociera la independencia del Perú, Chile y Río de la Plata, y que se instalara en el Perú una monarquía constitucional encabezada por un príncipe español.
La Serna se inhibió de dar una respuesta, aduciendo que carecía de instrucciones de la corte de Madrid en ese sentido. En los días siguientes, las conferencias continuaron entre los delegados, que se reunieron en Miraflores y finalmente a bordo del Cleopatra, barco neutral anclado en la rada del Callao. No hubo finalmente ningún acuerdo importante y el resultado más saltante fue la celebración de un armisticio en Miraflores, que se prorrogó hasta el 30 de junio de 1821.
Evacuación realista de Lima
Tras dos días de deliberaciones, La Serna rechazó la propuesta y de inmediato comenzó la evacuación de Lima. Si bien, la declaración de la independencia llegaría meses más tarde, la marcha de los acontecimientos convenció a San Martín de su inexorabilidad, y por eso le escribió a O'Higgins: "Al fin, con paciencia y movimientos hemos reducido a los enemigos a que abandonen la capital de los Pizarro; al fin nuestros desvelos han sido recompensados con los santos fines de ver asegurada la independencia de la América del Sur. El Perú es libre. En conclusión, ya yo preveo el término de mi vida pública y voy a tratar de entregar esta carga pesada a manos seguras y retirarme a un rincón a vivir como hombre".
Para alcanzar definitivamente la meta, el Libertador trabajó sobre dos frentes: la organización del gobierno independiente del Perú y la prosecución de la guerra. Lo primero lo resolvió nombrándose "Protector", la máxima autoridad del país. Con total sinceridad explicó los motivos de su nombramiento:
"Espero que al dar este paso se me hará la justicia de creer que no me conducen ningunas miras de ambición, sino la conveniencia pública. Es demasiado notorio que no aspiro sino a la tranquilidad y al retiro después de una vida agitada ; pero tengo sobre mí la responsabilidad moral que exige el sacrificio de mis más ardientes votos. La experiencia de diez años de revolución en Venezuela, Cundinamarca, Chile y Provincias Unidas me ha hecho conocer los males que ha ocasionado la convocación intempestiva de congresos cuando aun subsistían los enemigos de aquellos países. Primero es asegurar la independencia; después se pensará en asegurarla libertad sólidamente. La religiosidad con que he cumplido mi palabra en el curso de mi vida pública me da derecho a ser creído, y yo la comprometo ofreciendo solemnemente a los pueblos del Perú que en el momento en que sea libre su territorio haré dimisión del mando para hacer lugar al gobierno que ellos tengan a bien elegir".
Huida realista al interior
Los realistas huyeron hacia la sierra y a través de sus valles mantenían sus tropas hacia el Sur. El movimiento independentista ocupaba la capital, la costa y el norte del país. En poco tiempo, los patriotas lograron la rendición de El Callao, consolidando su dominio sobre las provincias liberadas. San Martín no descuidó su responsabilidad como "Protector" y continuó con gestión de gobierno. Su tarea fue prolija y fecunda, y entre sus decretos se destacan la libertad de comercio, la abolición de las encomiendas, la supresión de la inquisición, la prohibición de tormentos, la garantía de la seguridad individual y el Estatuto Provisional, que reglaba las funciones de nuevo Estado. Instituyó, además, la Orden del Sol y creó la biblioteca pública del Perú, a la cual donó su propia librería, que había traído desde Chile. En Lima debió soportar el abandono de la expedición de Lord Cochrane, que retornó a Chile con su escuadra.
Apoyo de San Martín a Sucre
En mayo de 1821, el general venezolano Sucre se encontraba con su escuadra en Guayaquil intentando quebrar la resistencia española. Le pide colaboración a San Martín para la campaña sobre Quito, y el Libertador compromete su colaboración. Para aquella fecha, ya era frecuente la comunicación entre los dos Libertadores de América: San Martín y Bolívar. A principios de febrero la división auxiliar entraba en las provincias ecuatorianas de Loja y Cuenca, poniéndose a la orden de Sucre.
Ingreso de San Martín a Lima
Nuestros patriotas pelearon en las batallas de Río Bamba y Pichincha y se apoderaron de Quito. San Martín entró en Lima el 12 de julio de 1821, al anochecer, sin escolta y acompañado por un simple ayudante. El Cabildo, en reunión extraordinaria del 28 de julio, desplegó por primera vez la bandera independiente del Perú, y el Libertador dijo: "¡El Perú es desde este momento libre e independiente por la voluntad de los pueblos y de la justicia de su causa que Dios defiende!" Con estas palabras proclamó el general San Martín la independencia del Perú en la Plaza Mayor de la ciudad de Lima, mientras la multitud lo aclamaba.