En una carta dirigida a Nicolás Rodríguez Peña dice:
"no se felicite, mi querido amigo, de lo que yo pueda hacer en esta; no haré nada y nada me gusta aquí. No conozco los hombres ni el país, y todo esta tan anarquizado que yo se mejor que nadie lo poco o nada que pueda hacer. Ríase usted de esperanzas alegres. La Patria no hará camino por este lado del norte, mas que no sea una guerra permanente, defensiva y nada más; para eso bastan los valientes gauchos de Salta, con dos escuadrones buenos de veteranos. Pensar en otra cosa es echar al pozo de Airon hombres y dinero. Así que no moveré ni intentaré expedición alguna. Ya le he dicho mi secreto. Un ejército pequeño y bien disciplinado en Mendoza, para pasar a Chile y acabar con los godos, apoyando un gobierno de amigos sólidos, para acabar también con los anarquistas que reinan. Aliando las fuerzas, pasaremos por el mar a tomar Lima; ese es el camino y no este, mi amigo. Convénzase usted que hasta que no estemos sobre Lima, la guerra no se acabará."
En la misma comunicación comenta su delicado estado de salud y pide que lo nombren Gobernador de Cuyo, ya que desde allí organizaría una pequeña fuerza de caballería para llevar adelante la expedición libertadora a Chile.
Estando en Córdoba reponiéndose de su enfermedad, recibió la novedad de que el Director Supremo Gervasio Antonio de Posadas lo había designado gobernador cuyano, tal como ansiaba. La intendencia de Cuyo estaba integrada por las provincias de Mendoza, San Juan y San Luis una zona donde vivían en la región unas 43.200 personas.
Los mendocinos acogieron con entusiasmo a San Martín y éste sintió por esta provincia una especial predilección, que se encargó de recordar durante toda su vida. El Libertador arribó a Mendoza el 7 de setiembre de 1814 en permaneció hasta el 23 de enero de 1817, cuando emprendió el viaje hacia Chile.
Su gestión administrativa fue muy importante y desempeñó el gobierno con amplios poderes: poder ejecutivo, legislador, juez, edil y jefe militar; pese a la amplitud de responsabilidades, ejerció el cargo lejos de las tentaciones del despotismo.
Sus virtuosas cualidades se manifestaron durante toda su gestión y tuvo el mérito de rodearse de colaboradores eficaces, como los tenientes gobernadores Toribio de Luzuriaga en Mendoza, José Ignacio de la Rosa en San Juan y Vicente Dupuy en San Luis.
El pueblo cuyano lo amaba y por eso, cuando el Director Supremo Alvear lo reemplazó por el coronel Perdriel, el pueblo mendocino y los Cabildos de San Juan y San Luis estallaron en un sólo grito: "¡Queremos a San Martín!". Otra muestra de gratitud del pueblo mendocino fue la declaración de "Ciudadano Honorario y Regidor Perpetuo" en 1821, cuando ya no era gobernador y estaba lejos de Mendoza.
Entre sus acciones más destacadas se encuentran la difusión de la vacuna antivariólica; el embellecimiento de la vieja Alameda; la apertura de canales de riego; el dictado de normas que impulsaron la industria y el comercio; la prohibición de construir balcones y ventanas voladas que obstruían el paso de los transeúntes; etc.
En materia educativa creó la primera biblioteca mendocina, dictó instrucciones a los maestros de escuela, prohibió los castigos corporales a los escolares y contribuyó a la creación del colegio de la Santísima Trinidad, primer establecimiento educacional mendocino de enseñanza secundaria.
Su esposa, Remedios, se transformó en una gran protagonista de la sociedad mendocina y eficaz colaboradora del Libertador en la epopeya del Ejército de los Andes; ella organizó la donación de joyas; con sus amigas Margarita Corvalán, Mercedes Alvarez, Laureanita Ferrari y la chilena Dolores Pratt de Huici bordó la bandera de los Andes jurada el 5 de enero de 1817, en el mismo día que se consagró patrona del ejército a la Virgen del Carmen de Cuyo. En Mendoza, en agosto de 1816, nació la única hija del Matrimonio San Martín, Mercedes Tomasa.