La idea de concebir una estrategia superadora a la ruta altoperuana ya había sido advertida por algunos jefes militares que integraron las campañas al Alto Perú, tales como Eustoquio Díaz Vélez, Tomás Guido y Enrique Paillardell. San Martín, hábil estratega militar, rápidamente tomó para sí esta idea y pergeñó su plan continental.
Fue entonces que el general concibió su propósito de cruzar la Cordillera de los Andes y atacar la ciudad de Lima desde el océano Pacífico. Para mantener segura la frontera del norte, pensaba San Martín, bastaban las tropas irregulares salteñas al mando del coronel Martín Miguel de Güemes, a quien encargó la defensa de la frontera norte y comenzó a preparar su futura estrategia militar.
San Martín dejó brevemente el mando del Ejército del Norte al general Francisco Fernández de la Cruz, y se retiró a Saldán (provincia de Córdoba), para reponerse de una úlcera estomacal. Allí mantuvo conversaciones con su amigo Tomás Guido, en las que lo convenció de la necesidad de independizar la región desde Chile.
San Martín y Güemes inicia la guerra gaucha
Martín Miguel de Güemes había sido enviado a la ciudad capital por problemas con el general Belgrano fue ascendido a teniente coronel y designado como jefe de las fuerzas de caballería del Ejército del Norte, comandado desde el 30 de enero de 1814 por José de San Martín, que había sucedido a Belgrano.
San Martín dejó una avanzada de su ejército en las inmediaciones de Salta, pero el coronel Manuel Dorrego lo convenció de establecer en la frontera un pequeño contingente de paisanos, que bastarían a impedir ulteriores avances realistas hasta que el Ejército fuera reorganizado.
En abril de 1814 San Martín, nombró a Martín Miguel de Güemes jefe de su vanguardia, remplazando a Manuel Dorrego por problemas de conducta, delegando la comandancia de las fuerzas patriotas de avanzada formada por gauchos de Salta y de Jujuy que operaban en el Alto Perú. Desde mayo de 1815, y hasta su muerte, ejerció esas funciones y las de gobernador de su provincia.
San Martín Nombró jefe de otra avanzada, subordinado a Güemes, al coronel Apolinario Saravia, que debía establecerse en Guachipas y controlar el Valle de Lerma, en el que se encuentra la ciudad de Salta.
Güemes se estableció sobre el río Pasaje, desde donde debía controlar la mitad Este de la jurisdicción de la ciudad de Salta. Desde allí estableció contactos con hacendados como José Ignacio Gorriti y Pablo Latorre, que lo ayudaron a reunir milicias.
Considerando que estaban en territorio enemigo, los realistas saquearon las estancias de los alrededores de la ciudad, para aprovisionarse. En respuesta, dos grupos de voluntarios a caballo, dirigidos por los hacendados Luis Burela y Pedro José de Zavala, se rebelaron, quitaron armas a los realistas y comenzaron la resistencia armada. En un principio, estos dos grupos se pusieron en contacto con Saravia, pero más tarde reconocieron como líder a Güemes.
En una carta del 23 de marzo de 1814 a Gervasio Posadas, director supremo de las Provincias Unidas del Río de la Plata, el general San Martín advertía:
"Los gauchos de Salta solos, están haciendo al enemigo una guerra de recursos tan terrible que lo han obligado a desprender una división con el solo objeto de extraer mulas y ganado."
La palabra gaucho, típica de la región del litoral, no había sido utilizada hasta entonces en el norte de las Provincias Unidas. El propio Posadas consideró su uso tan extemporáneo que en su respuesta a San Martín, le encargó felicitar a los "bizarros patriotas campesinos".
Tiempo más tarde, los generales realistas intentaron degradar a sus enemigos de las milicias irregulares salteñas con el mote de gauchos, con el curioso resultado de que estos terminaron por asignárselos a sí mismos con orgullo.
A mediados de 1814, los gauchos de Güemes controlaban la mayor parte de la zona rural de Salta, lo que obligó al ejército realista a replegarse hacia el norte, abandonando la provincia e instalándose en Tupiza. Por razones de salud, San Martín renunció cuatro meses después, reemplazado por el coronel José Rondeau.
Martín Miguel de Güemes y la guerra gaucha
La guerra gaucha fue una larga serie de enfrentamientos casi diarios; en su mayoría, apenas cortos tiroteos seguidos de retiradas. En esas condiciones, unas fuerzas poco disciplinadas y mal equipadas, pero apoyadas por la población, podían hacer mucho daño a un ejército regular de invasión.
La gesta militar quedaría registrada en la historia por el escritor Leopoldo Lugones en el libro llamado La guerra gaucha. Por la región en que se desarrolló y sus características irregulares, la Guerra Gaucha está emparentada con la guerra de republiquetas, desarrollada en el Alto Perú
Estas milicias de «Infernales» estaban constituidas por gauchos comandados por el general Martín Miguel de Güemes, aunque continuó después de su muerte, en 1821
José Rondeau en el Ejército del Norte
El Director Supremo, Gervasio Antonio de Posadas, ascendió a José Rondeau a brigadier general y lo transfirió como jefe al Ejército del Norte de las Provincias Unidas del Río de la Plata. De inmediato se puso a organizar la que fue la Tercera campaña al Alto Perú. Contaba para ello con los refuerzos enviados desde Montevideo, es decir, tropas que habían participado del sitio, muchos de los antiguos sitiados y, sobre todo, un poderoso armamento capturado allí. Cuando todo estaba listo, recibió la noticia de que Posadas mandaba reemplazarlo en el mando del ejército por Alvear. Varios oficiales se sublevaron y desconocieron públicamente la autoridad de Alvear, obligándolo a regresar antes de llegar a su destino, esta rebelión obligó a Posadas a renunciar en el puesto de Director Supremo