Nacio en Malaga en 1743 y de todos sus hermanos, fue el único que siguió la “carrera del Derecho”, para lo cual cursó en su ciudad natal , tres años de filosofía en el Colegio de Santo Tomás.
Luego pasó a la ciudad de Granada, en cuya universidad cursó tres años de derecho civil, graduándose de bachiller en leyes con aprobación a Claustro Abierto “nemine discrepante”, para continuar con dos años de derecho canónico. Hizo sus pasantías por cuatro años, en Granada en el estudio de Luis de Peñaranda, y en Sevilla con el Dr. Bartolomé Romero González. Recibió su titulo de abogado ante la Real Audiencia de Sevilla, ciudad donde instaló su propio bufete en 1779, año en que fue admitido en el Colegio de Abogados local e incorporado en los Reales Consejos.
Dos años más tarde, fue nombrado alcalde mayor de la villa y partido de Cañete en provincia de Cuenca- destacándose allí por su diligencia en hacer construir caminos y puentes, y donde también puso el mayor interés en el adelanto de la agricultura - introduciendo en el lugar semillas de nuevas especies de gran utilidad.
Después de tres años y medio de actuar en Cañete, pasó como alcalde mayor de la villa de Montalvo, partido del mismo nombre hasta que el 3 de octubre 1786, el rey Carlos III, lo designó asesor general y auditor de guerra, del todavía reciente Virreinato del Río de la Plata.
Almagro recibió el correspondiente permiso para pasar a Buenos Aires, fechado en Madrid el 4 de diciembre de 1786 y el 23 de febrero de 1787 se le expidió en Cádiz la respectiva visa y licencia de “Libre Embarque” para el puerto de Montevideo en la fragata La Piedad,
Una vez arribado a Buenos.Aires presentó sus credenciales al virrey Nicolás Cristóbal del Campo, precedido del correspondiente ceremonial de la época.
Desde el principio, en sus funciones como asesor general, tuvo reiterados conflictos con el Cabildo de la Capital, lo que dio motivo para diversas instancias judiciales y pedidos a la Metrópoli. Lo esperaba una larga experiencia como funcionario en estrecha relación con los últimos nueve virreyes del Río de la Plata.
El 27 de marzo de 1796, fue nombrado por Carlos IV, “Oidor Honorario de la Real Audiencia de Charcas” con la prerrogativa de no tener que tomar juramento ni ejercer este magisterio en dicha localidad del Alto Perú como normalmente correspondería.
El 4 de noviembre 1796,se casa en Buenos Aires, con Ana de Andres y Pinedo,
En Buenos Aires le tocó en suerte convivir en una época nada tranquila por cierto, si se tiene en cuenta, la ocupación por parte de tropas inglesas de esa capital, Montevideo, Colonia del Sacramento, Maldonado y San Carlos. Posteriormente y a raíz del confinamiento en Francia de Carlos y su hijo Fernando, llevado a cabo por Napoleón, Almagro (por intermedio del embajador portugués Possidônio da Costa), habría apoyado la pretensiones de la princesa Da. Carlota Joaquina de Borbón,de tomar el poder del Virreinato dada la notoria acefalía del Reino de España.
El 11 agosto de.1808, recibió la documentación remitida desde la corte portuguesa, ya instalada en Río de Janeiro, donde la Princesa justificaba y puntualizaba sus derechos dinásticos y mucho después, el 18 de mayo de 1810 recibió instrucciones de la misma, para gestionar ante Belgrano y Saavedra.
Su voto en el cabildo abierto del 22.de mayo de 1810, trajo como consecuencia el forzoso final de su vida pública, pues el 4 de junio del mismo año,la Primera Junta lo jubiló por decreto , siendo. Almagro se constituyó en el primer jubilado del nuevo régimen.
La Biblioteca Pública, propiciada por la Junta de Gobierno, nombrado protector de la misma Mariano Moreno y organizada por el PbroJosé Luis Chorroarín, fue inaugurada el 17.III.1811; respondiendo al pedido de suscripción de libros, Almagro donó varias obras de su biblioteca particular.
Retirado a su vida privada, lejos de ejercer su profesión de abogado, se dedicó a hacer producir sus estancias de Entre Ríos, Corrientes y sobre todo las de la Banda Oriental, donde instaló un saladero.
Pero a raíz de la llamada Conspiración de Álzaga, el nuevo gobierno patrio asumido en 1812, considerándolo partícipe de la misma, ordenó su persecución, breve detención y la expropiación de sus bienes.
Posteriormente, mediante acciones judiciales reivindicatorias, logró en 1819 que se reconociera la legitimidad de los títulos de los mismos y como resultado de la persecución de 1812, su familia quedó dispersa; pues hasta su suegro Juan de Andrés y Arroyo funcionario ya jubilado pero reconocido por su lealtad a la Corona, fue deportado a Cuyo.
Para aumentar sus zozobras ese mismo año de 1812, tropas del ejército portugués auto denominado “Fuerzas Pacificadoras” que ya había invadido la Banda Oriental, tomaron Paysandú e hicieron campamento en su estancia Casa Blanca del paso Vera (Cruz), sobre el río Uruguay, lugar donde tenía su saladero. Por aquella época, Almagro pasó a Río de Janeiro, para fundar y tramitar en aquella Corte el reconocimiento de méritos ante el rey Fernando VII.
En esas circunstancias gestionó personalmente la desocupación de su campo usurpado y gracias a la intervención del conde de Aloisiao se efectivizó su restitución pero recién en 1821, encontrándose con grandes pérdidas en sus obrajes, esclavos y haciendas.
Salvo algunas estadías periódicas, recién a partir de fines de 1821, Almagro pudo volver y reunirse definitivamente con su familia.
Como fue longevo, le tocó vivir las secuelas de la ya instalada anarquía del año veinte y subsiguientes, con su estado de guerra intestina permanente. En esa época acompañado de sus hijos continuó administrando sus campos, y quizás recordando sus experiencias como funcionario en España
En la época del ministerio de gobierno de Rivadavia, por ley del 15.noviembre de1825, se había aprobado un plan de colonización del terrateniente Dn. Juan de Almagro, sobre tierras de su propiedad -en la provincia de Entre Ríos-, con familias industriosas, mediante condiciones bien liberales en la adjudicación de las tierras y excepción por diez años de toda clase de impuestos, tanto a las dichas tierras como a las máquinas, herramientas y útiles que se introdujesen y a los productos que se exportasen. Finalmente, se concedían a perpetuidad los derechos de ciudadanía a los colonos. Mucho más tarde, el general Urquiza, continuaría y perfeccionaría esta idea como gobernante y hacendado particular.
En la época del ministerio de gobierno de Rivadavia, por ley del 15.noviembre de 1825, se había aprobado un plan de colonización del terrateniente Juan de Almagro, sobre tierras de su propiedad -en la provincia de Entre Ríos-, con familias industriosas, mediante condiciones bien liberales en la adjudicación de las tierras y excepción por diez años de toda clase de impuestos, tanto a las dichas tierras como a las máquinas, herramientas y útiles que se introdujesen y a los productos que se exportasen. Finalmente, se concedían a perpetuidad los derechos de ciudadanía a los colonos.
Mucho más tarde, el general Urquiza, continuaría y perfeccionaría esta idea como gobernante y hacendado particular.
Como fue longevo, le tocó vivir las secuelas de la ya instalada anarquía del año veinte y subsiguientes, con su estado de guerra intestina permanente. En esa época acompañado de sus hijos continuó administrando sus campos, y quizás recordando sus experiencias como funcionario en España
Sus últimos años los pasó en Buenos Aires, donde la última semana de su vida, lo postró una hemiplejía, no obstante consiguió testar completamente lúcido aunque sin poder firmar, el 18 de julio de.1843 ante el escribano Adolfo Conde
Falleció el 24 de julio a los 88 años de edad.