Pico puso en manos de Urquiza el nuevo proyecto que habían redactado él y Vélez Sarsfield. Pero Pujol insistió en mantener el suyo y defenderlo en San Nicolás. Encabezaba un núcleo provinciano importante y había que prever una lucha agria en torno a la capitalización de Buenos Aires, al debilitamiento de su gravitación como provincia y al aumento, con su fuerza y su mayor riqueza, del poder nacional.
Ni Alsina ni Vélez Sarsfield volvieron a ver a Urquiza ni se les consultó más sobre los asuntos tratados el 5 de mayo. Supo el primero que Vicente Fidel López y Francisco Pico acompañarían al gobernador de Buenos Aires a la reunión de San Nicolás, lo cual significaba un desaire para él como ministro de gobierno; y supo que no se pediría a la legislatura instrucciones para la conferencia de gobernadores, que Urquiza había cambiado de opinión y que el proyecto leído y rechazado en Palermo sería presentado en San Nicolás. Por eso, una semana después de la reunión de Palermo, Alsina presentó su renuncia al gobierno. Nada le hizo desistir de ella y guardó silencio sobre las verdaderas causas de su decisión. Mantuvo una larga conversación con el gobernador Vicente López, y éste terminó por hallar razón a su temor de que el resultado de la discusión fuese que "el gobierno tuviera que apoyarse en el general contra la Sala o en la Sala contra el general y que en uno y otro caso no veía sino males a los que no quería contribuir".
Alsina fue reemplazado por Juan María Gutiérrez, que acababa de llegar de Chile y esa fue la primera disidencia práctica al iniciarse la discusión de las bases de la organización nacional.
Los dos proyectos vinculados a la reunión de Palermo eran: uno el de Pujol y Derqui, que comprendía la capitalización de Buenos Aires, la reunión del congreso y la organización del gobierno provisional; el otro el de Vélez Sarsfield y Pico, que únicamente se refería a las condiciones en que se convocaría y reuniría en Santa Fe el congreso constituyente. El primero había sido rechazado en Palermo por unanimidad de votos, con la sola excepción del autor, Pujol; el otro fue sugerido y adoptado en Palermo, con la excepción de Pujol. El primero resucitaba el ensayo fracasado en 1826 y era corno un nuevo desafío al pueblo de Buenos Aires y creaba sin motivo el poder fuerte que derribó las instituciones rivadavianas y dio vida a la tiranía; el segundo concordaba con el pacto federal de 1831 y era una fórmula legal y política sana, y lo único que requería era la reunión del congreso dentro de las leyes preexistentes, bajo la custodia de Urquiza, que no necesitaba poderes discrecionales porque poseía el poder decisivo que le había otorgado la gran victoria.
Los dos puntos de vista serían base de discusión en la conferencia de San Nicolás.