Luis Jorge Fontana nació en Buenos Aires, siendo sus padres Luis María Fontana y doña Irene Burgeois. Se inició en la carrera militar e los 13 años, fue soldado de las Guardias Nacionales.
Era hijo de un funcionario del gobierno de Juan Manuel de Rosas. A temprana edad se trasladó con su familia a Carmen de Patagones, y ya a los trece años ingresó como aprendiz a la Comandancia Militar de Río Negro.
Participó en la guerra del Paraguay, y a su término vivió algún tiempo en Buenos Aires, donde fue alumno de Germán Burmeister, con quien estudió ciencias naturales, astronomía y física.
Regresó al ejército, donde cumplió distintas tareas en expediciones de demarcación de límites explorando el Chaco Boreal, el Chaco Central y el Chaco Austral. Durante estos viajes de exploración del gran Chaco perdió su brazo izquierdo en un combate con los indígenas de la zona.
En 1879 fundó la Ciudad de Formosa, y alcanzó el grado de teniente coronel.
De regreso a la Patagonia que había visitado en su infancia, y en 1884 fue nombrado primer gobernador del nuevo Territorio Nacional del Chubut. Allí dirigió la expedición al oeste, con un grupo explorador denominado los "Rifleros del Chubut", que descubrió el valle 16 de Octubre, zona fértil precordillerana que se convertiría en un nuevo asentamiento de la colonia galesa de Trevelin.
Transcurrió sus últimos años en la provincia de San Juan, donde ocupó varios cargos públicos y comunitarios.
Otros : "Horas zoológicas"; "Sismología antigua y moderna"; "El clima de San Juan"; "Los cuadrúpedos y las aves de la región andina"; "Fisiografía vegetal"