Juan Pablo Sáenz Valiente nació el 6 de agosto de 1861 en Buenos Aires, Argentina, hijo de Francisco Sáenz Valiente Torrens y Joaquina Campos Gómez Vega, quienes cotrajeron matrimonio el 8 de agosto del año anterior. Era el mayor de seis hermanos, llamados Francisco, Rosalía, Joaquina, Josefina y Martín. Ingresó a la Escuela Naval con diecisiete años, egresándose con el grado de alférez en 1883 .
En 1884, Sáenz Valiente formó parte de la expedición que Augusto Lasserre realizó al Canal de Beagle, integrando la División Expedicionaria del Atlántico Sur. Tras efectuar algunas tareas hidrográficas en el sur de su país, regresó a Buenos Aires para ejercer como profesor de máquinas de vapor en la Escuela Naval. En 1885 fue enviado al Chaco, con el objetivo de realizar una campaña en el río Teuco; ese mismo año fue enviado a Europa, más precisamente a Trieste, Italia, a buscar el crucero Patagonia.
Tras ser ascendido a capitán de fragata en 1897, le fue encargado el acorazado Almirante Brown, con el cual realizó el relevamiento hidrográfico del Canal de Beagle y de las islas Picton, Lennox y Nueva.
Entre 1899 y 1901, Sáenz Valiente estuvo al frente de las comisiones hidrográficas del Río de la Plata y del Canal de Beagle.2 Posteriormente, entre 1906 y 1909, se desempeñó como jefe de Estado Mayor. Años más tarde, más precisamente el 12 de octubre de 1910, fue nombrado ministro de Marina por el presidente Roque Sáenz Peña.