En 1804 el virrey Sobremonte ordenó indagaciones en torno a rumores y manejos que ponían en litigio la fidelidad a España; entre otros resultados de las pesquisas, figura el hallazgo en poder del catalán José Fresas y Marull de un discurso pronunciado en las Cortes condenando la acción de los gobernadores de España, que manejaron los asuntos del país como cosa de su propiedad particular sin que el pueblo interviniese más que para ejecutar las órdenes que se le impartían y para pagar los tributos exigidos.
Entre 1806 y 1809 hubo buen número de procesos y de investigaciones de carácter político, siendo uno de ellos fue el seguido contra Nicolás Rodríguez Peña y Diego Paroissien a raíz de las gestiones hechas por el hermano del primero de ellos, Saturnino, con el fin de establecer en el Río de la Plata el gobierno de la infanta Carlota Joaquina, hermana de Fernando VII: la causa fue iniciada por Elío en Montevideo y enviada en noviembre de 1808 a Buenos Aires para conocimiento del virrey y resolución.
Otro proceso político memorable fue el seguido contra el teniente coronel de artillería Felipe Sentenach, el capitán Miguel de Esquiaga y el vecino Martín de Alzaga, acusados de querer la independencia del Plata del dominio español, causa iniciada después de producirse la asonada del 10 de enero de 1809.
Para ese proceso se tuvieron en cuenta las denuncias hechas por Juan Trigo, el cual dijo a las autoridades que Martín de Alzaga había llegado a reunir para sus planes 900 hombres después de la reconquista y que, en momentos de gran nerviosismo, en la plaza de Toros, expresó ante numerosas personas que, dado el abandono en que la metrópoli tenía a esta colonia, "el yugo de España no podía soportarse por los crecidísimos derechos que tenía impuestos al comercio y que de resultas de ellos no podían dar los efectos a un precio equitativo y los pobres perecían, y que lo que él pensaba era el ver cómo se podría sacudir el yugo, pues que España sabía bien que la América no necesitaba de ella .para nada".
La otra denuncia fue hecha por Juan Vázquez Feijóo, presente en el acto de la plaza de Toros, contra Felipe Sentenach, el cual habría dicho que, siendo ellos los reconquistadores, eran los amos y harían lo que les pareciese, a la cual, agregó el denunciante, añadió otras especies relativas a la felicidad de que gozaban los habitantes de las provincias unidas del norte de América... Del proceso no salió nada en limpio, pues los acusados supieron defenderse, pero todo ello prueba que impulsos separatistas partían en ciertas circunstancias hasta de los propios españoles peninsulares.
La sentencia en este proceso, retardado por el virrey Hidalgo de Cisneros, correspondió a la Junta revolucionaria de mayo de 1810. En la indagatoria, Alzaga expresó cómo resistió a las gestiones de los ingleses vencidos que habían tratado de comprometerle en un plan revolucionario. Esta alusión confirma la existencia del personaje a que se refiere Beresford en su correspondencia desde Luján con los jefes ingleses de Montevideo.
Se hallaba Felipe Contucci en el Plata cuando se produjo la asonada de Álzaga del 1 de enero, e informó al conde de Linhares dos días después: "El resultado de todo fue estar Alzaga, Villanueva, Santa Coloma y Varela presos a bordo del Belén; otros muchos oficiales y comerciantes presos en diferentes cuarteles. Martínez de Hoz, Cornet y Cervino y otros muchos prófugos"...
Fueron tomados y revisados los libros del Cabildo, y Liniers pudo leer, dice Contucci, "con el gusto que era regular, la exterminación de su casa, y la de su amiga, como también la de otros muchos pícaros de que se nos iba a librar. También en estos papeles se hallan los nombres de todos los sediciosos, por cuyo motivo se ha dado una orden rigurosa para que lancha ni barco que salga de aquí pueda llevar pasajero alguno bajo graves penas"...
Y agrega: "Los sarracenos (los realistas españoles) respetan con bajeza el nombre de americano, y andan con el rabo entre las piernas. Sin embargo, en el día suceden muchas muertes por el orgullo que han cobrado nuestros paisanos. El café de Marco, y el de los catalanes se han proscripto, por ser las mezquitas donde hacían sus juntas los sarracenos" (citado por Piccirilli).
Siguiendo los planes de Francisco de Miranda, que quería contar con la ayuda inglesa para la emancipación de la América española, Saturnino Rodríguez Peña, que estaba en relación epistolar con el venezolano, admitió también esa manera de ver y trató de persuadir al alcalde de primer voto de que el propósito del rey de Gran Bretaña al enviar ejércitos a estos reinos, no era con el ánimo de conquistarlos, sino para formar y mantener vínculos de amistad recíproca y tratados de comercio libre. Álzaga tuvo la entrevista con Rodríguez Peña en su casa, pero citó en una habitación contigua para que pudieran escuchar la conversación al escribano y a dos testigos. Rodríguez Peña que no sospechó la celada que le había tendido Álzaga, salió de la entrevista convencido de que lo había ganado para la causa de la emancipación.
El heroe de las invasiones inglesas , el comerciante español Martín de Alzaga fue en las intrigas virreinales acusado de conspirador contra Sobremonte.