Al llegar Cisneros a Montevideo, a mediados de julio de 1809, en Buenos Aires había dos partidos opositores: los juntistas locales, dirigidos por Martín de Álzaga, estaban en decadencia tras la derrota de la asonada del pasado 1 de enero. No obstante, eran mejor vistos en España, por lo que Cisneros se congració con estos al no desautorizar a Elío e indultar a los responsables de la asonada. El otro partido, el carlotismo, intentaba establecer la regencia de Carlota Joaquina de Borbón en el Río de la Plata y cuestionaba la autoridad de la Junta Suprema y la de Cisneros. Este evitó los ataques carlotistas exigiendo y logrando el traspaso del mando fuera de la capital, en Colonia.
La noticia del nombramiento del nuevo virrey del Río de la Plata provocó en julio de 1809 una serie de reuniones secretas, de pasquines, de exigencia de junta para el gobierno propio. El Cabildo se convirtió en el órgano de la resistencia, y reconoció que el único y verdadero objeto de s la agitación reinante "no podía ya ser otro que evadirse e de la dominación española y aspirar a la independencia total de estos dominios".
Esto consta en las actas capitulares, casi un año antes del 25 de mayo de 1810, en ellas se mezclaban las ideas separatistas concretas de algunos con los deseos de gobierno propio de otros, aunque dentro de la órbita de la monarquía española; los sentimientos heridos de los criollos en situación de inferioridad ante los peninsulares con la conciencia de que disponían de una fuerza efectiva para imponer sus derechos.
Hubo una reunión de jefes militares en la casa de Pueyrredón, en la que éste dijo a Belgrano que era preciso no contar sólo con la fuerza, sino con los pueblos; Saavedra estuvo presente. Pero Belgrano advirtió la falta de opiniones definidas, de un plan elaborado y juzgó que no se podía todavía cifrar en aquellos hombres la libertad y el destino del país.
Belgrano, en vista de la disposición para recibir a Hidalgo de Cisneros con grandes festejos, se ausentó a la Banda Oriental a fin de no presenciarlos. Pueyrredón, Rodríguez Peña, Castelli se habían opuesto también a la recepción del nuevo virrey.
Cisneros llego a mediados de julio de 1809, en Buenos Aires había dos partidos opositores: los juntistas locales, dirigidos por Martín de Álzaga, estaban en decadencia tras la derrota de la asonada del pasado 1 de enero. No obstante, eran mejor vistos en España, por lo que Cisneros se congració con estos al no desautorizar a Elío e indultar a los responsables de la asonada. El otro partido, el carlotismo, intentaba establecer la regencia de Carlota Joaquina de Borbón en el Río de la Plata y cuestionaba la autoridad de la Junta Suprema y la de Cisneros.
La agitación que se traducía en la aparición constante de los pasquines y de incitaciones en los que se vio la mano de Pueyrredón, llevó a la orden de prisión contra éste, que fue alojado en un cuartel, de donde pudo fugarse en un bergantín que le buscó Belgrano, con la ayuda de sus hermanos y la complicidad de sus guardianes, y refugiarse en Río de Janeiro.
En reunión del Cabildo, el 3 de julio, donde se leyó una carta de Hidalgo de Cisneros, se informó que en el cuartel de patricios se habían celebrado conciliábulos con Juan Martín de Pueyrredón, arrestado allí, resolviendo informar de lo ocurrido al mariscal de campo Rafael Nieto, y que se asegurase la persona de Pueyrredón en el cuartel de veteranos para mayor seguridad.
Antes de entrar en Buenos Aires, el nuevo virrey tanteó el terreno desde la Banda Oriental; el 15 de junio recibió en Colonia diputaciones del Cabildo, de la Real audiencia, del tribunal de cuentas y de otras dependencias; el Cabildo prevenía a Hidalgo de Cisneros, en vista de la actitud de los comandantes de la tropa, que no se veía con complacencia la llegada del nuevo virrey; la Audiencia en cambio le aseguraba que todo marcharía bien.
Liniers, a quien costó mucho esfuerzo convencer a los jefes militares criollos de que debía ser acatado Hidalgo de Cisneros, llegó el 26 de junio a la Banda Oriental.
El nuevo virrey envió a Buenos Aires, en calidad de gobernador, al mariscal Nieto, que partió de Colonia el 19 de julio; llegado éste a Buenos Aires dispuso la detención de Pueyrredón, que fue alojado en el cuartel de patricios, de donde huyó, como se ha visto. Hidalgo de Cisneros se decidió entonces a llegar a Buenos Aires y así lo hizo el 29 de julio de 1809.
Era Hidalgo de Cisneros un espíritu flexible y se esforzó por armonizar las posiciones extremas que halló al llegar; se mostró accesible a todos, pero no se entregó a ninguno. Algunas de sus medidas de gobierno causaron buena impresión: la supresión del impuesto de contribución patriótica, que afectaba a fincas, sueldos y donativos de las ciudades, por ejemplo. Con carácter reservado hizo realizar el padrón de extranjeros residentes en la capital, que pasaban de cuatrocientos, sin contar los franceses; tenía el proyecto de expulsarlos poco a poco, a medida que hubiese barcos disponibles.
Liniers debía presentarse en España para dar cuenta de su gestión, pero logró que se postergase la medida, aunque debió alejarse de la ciudad y fijó su residencia en su propiedad de Alta Gracia, Córdoba.
Nombró a Xavier de Elío inspector general de armas, pero los comandantes de tropas, el 22 de agosto, se manifestaron en abierta disconformidad y el virrey tuvo que ceder ante esta presión y asumió él mismo esas funciones. En noviembre abrió el puerto al comercio con los ingleses, una medida que causó descontento a los comerciantes españoles y no satisfizo tampoco las aspiraciones de los nativos.
En marzo de 1810 dictó un decreto sobre instrucción primaria obligatoria, siguiendo en ello las exhortaciones del cabildo de Luján y coincidiendo con los artículos que publicaba Belgrano en el Correo de Comercio.
Se encontró el virrey con el proceso por el motín del 19 de enero de 1809 y opinó que era conveniente el velo del silencio sobre la cuestión; pero pidió el asesoramiento de dos abogados criollos, Julián Leyva y Mariano Moreno, que aconsejaron dar por finiquitado el proceso, sosteniendo la tesis de que en el caso de la "multitud delincuente" el castigo sólo debe alcanzar a los promotores de los hechos incriminados, aplicando el perdón a todos los demás; convienen en que no todo alzamiento popular debe quedar impune, pero para calificar un movimiento sedicioso de delincuente, "es indispensable no perder de vista sus intenciones y motivos".
En consecuencia, se decretó el 22 de setiembre extinguida la causa, no hallando delito en los comandantes militares que sostuvieron la autoridad del virrey ni en los miembros del Cabildo que resistían a un jefe al que no consideraban leal. Los desterrados podían volver al seno de su familia, y los cuerpos vizcaínos, catalanes y gallegos volverían a tener sus banderas, pero pasarían a integrar los batallones de comercio.
Mientras procedía con esa lenidad en Buenos Aires, autorizaba a Goyeneche en La Paz a proceder con todo rigor contra los reos de subversión.
Pero eran ya numerosos los nativos que mantenían en pleno vigor la idea de la autonomía y ninguna medida era ya capaz de contener ese movimiento, aun cuando las opiniones de los descontentos no fuesen uniformes en muchos aspectos. A fines de 1809 puso el virrey el mantenimiento del orden en la ciudad bajo la vigilancia directa de los oidores, los alcaldes del crimen y en su defecto los alcaldes ordinarios; se multiplicaban los papeles en que se reclamaba la independencia; el 25 de noviembre creó el juzgado de vigilancia política, "en mérito de haber llegado a noticia del soberano las inquietudes ocurridas en estos sus dominios y que en ellos se iba propagando por cierta clase de hombres malignos y perjudiciales afectos a las ideas subversivas que propendían a trastornar y alterar el orden público y el gobierno establecido"...
Antonio Caspe fue designado fiscal del crimen. Pero todo ello fue ineficaz, porque la verdad es que la autoridad no disponía de suficientes fuerzas leales para imponerse y la metrópoli no estaba tampoco en condiciones, absorbida como estaba por la guerra contra Napoleón, para enviar alguna ayuda a su representante.
El abandono en que estaba la colonia en la época de las invasiones inglesas obligó a recurrir al armamento de la población criolla y a formar con ella sólidas organizaciones militares al mando de americanos, y esas organizaciones y sus jefes no se sometían a una obediencia incondicional, sabiendo como sabían que lo podían todo.