Cada día entraba en mayor descomposición el Virreinato del Río de la Plata, por antiguas influencias que propugnaban una separación de España y por acontecimientos internacionales e internos de toda clase. En Buenos Aires se temía la lucha intestina entre el Cabildo y el virrey, por un lado; entre la Audiencia y el Cabildo, por otro. El Cabildo quería someter y desarmar en lo posible los cuerpos militares americanos; y en Chuquisaca no se entendían el presidente, el arzobispo y la audiencia.
Existía allí desde 1804 un conflicto entre el presidente García Pizarro y la audiencia con motivo de las medidas adoptadas para defender la frontera de los indios. La desavenencia creció en 1808 al producirse el arresto del escribano de cámara Gómez de Velazco y el destierro de Cañete, asesor y defensor de García Pizarro. Liniers dio la razón a García Pizarro y por consiguiente a Cañete, que se puso después en su favor contra los cabildantes de Buenos Aires.
El conflicto se agudizó aún más cuando llegó Juan Manuel Goyeneche, comisionado de la Junta de Sevilla, con misiones de la infanta Carlota; la audiencia no quiso reconocer a Goyeneche, pero el arzobispo Moxos tomó el partido de García Pizarro y recomendó al clero prestar obediencia a la Junta de Sevilla. Los pliegos que había traído Goyeneche del Brasil caldearon los ánimos; ni la audiencia, ni el clero, ni el pueblo querían que el territorio fuese entregado a la dominación portuguesa bajo la máscara de protectorado del príncipe regente y de Carlota, y acusaron como culpables de esa proyectada entrega al presidente y al obispo.
Después de algunos hechos de violencia, el presidente García Pizarro renunció al cargo el 25 de mayo de 1809 y el mando fue asumido por la audiencia, que nombró comandante general de armas al teniente coronel Juan Antonio Álvarez de Arenales. Como muestra de la desorientación y desconexión reinante, Cañete y Paula Sanz tomaron el partido de García Pizarro y de Liniers; y la audiencia se puso más bien de parte de Elío y de la idea de la Junta.
José Manuel de Goyeneche venía de Puno con el fin de sofocar la revolución, con un ejército de 5000 hombres. Murillo, con 1000 revolucionarios, tuvo valor de presentarle batalla en Chacaltaya (25 de octubre de 1809). Vencido, se retiró a Zongo, lugar montañoso cerca de La Paz, pero allí fue hecho prisionero por las fuerzas del coronel Domingo Tristán, quien lo llevó a La Paz, entregándolo a Goyeneche. Murillo decidió escapar del ejército realista, pero fue capturado y llevado a la horca junto a otros patriotas el 29 de enero de 1810. Antes de su ejecución pronunció las siguientes palabras: Compatriotas, yo muero, pero la tea que dejo encendida nadie la podrá apagar, ¡viva la libertad!
EI mariscal Vicente Nieto fue designado por Liniers para pacificar a Chuquisaca; cuando llegó a la villa rebelde con 900 ó 1.000 hombres, la halló tranquila y dispuesta a someterse la junta revolucionaria quedó disuelta y se constituyó una nueva audiencia. Nieto tardó en decidir medidas punitivas contra los participantes en los sucesos y tan sólo el 12 de febrero de 1810 fueron arrestados, y confiscados los bienes, de los hermanos Zudáñez, Ballesteros, Ussoz, J. A. Fernández, D. Añibarro, A. Gutiérrez, J. Sibilat, M. Miranda, J. Lemoine, Álvarez de Arenales, Bernardo Monteagudo y ante esta medida los otros sospechosos huyeron de la ciudad. Los disturbios y alteraciones de Chuquisaca llegaron a la intendencia de La Paz,
En la Paz había tenido tentativas revolucionarias en 1798, en 1800 y en 1805; cuando se conoció allí el motín de Álzaga en Buenos Aires se prepararon los patriotas paceños para constituir una junta independiente.
Un movimiento insurreccional debía estallar el 30 de marzo, pero fue luego postergado y se produjo el 16 de julio, bajo la dirección de Pedro Domingo Murillo y de Juan Pedro Incraburu.
Los rebeldes impusieron la renuncia del gobernador y del obispo y constituyeron una junta con carácter de cuerpo consultativo. El 22 de julio se aprobó un plan de gobierno, reglamentando las funciones de la junta representativa o tuitivá de los derechos del pueblo; según el mismo debía agregarse un indio de cada partido de las seis subdelegaciones al congreso del pueblo.
La junta tuitiva lanzó el 27 de julio una proclama, en uno de cuyos párrafos se lee: "Ya es tiempo de organizar un sistema nuevo de gobierno, fundado en los intereses de nuestra patria altamente deprimida por la bastarda de Madrid ... Ya es tiempo, en fin, de levantar el estandarte de la libertad en estas desgraciadas colonias". ..
El virrey Abascal designó al presidente de Cuzco, Juan Manuel Goyeneche, general en jefe del ejército destinado a la represión del movimiento revolucionario de La Paz; el gobernador de Puno, Juan Ramírez, se le incorporó con lar tropas de su mando. En total la columna punitiva sumaba 5.060 hombres, frente a los cuales los paceños sólo podían disponer de ochocientos fusiles y once piezas de artillería. Vencidos los rebeldes en el Desaguadero, se replegaron, y Goyeneche, después de haber establecido su cuartel general en Zepita, avanzó sobre La Paz.
A dos leguas de la ciudad, en los altos de Chacaltaya, lo esperaba Murillo, pero parte de sus tropas se desbandó al avistar las fuerzas realistas; los rebeldes fueron arrollados el 4 de octubre por los granaderos a caballo de Tinta y los guerrilleros de Arica y dejaron como saldo cuatro muertos y algunos heridos; Goyeneche se hizo de seis cañones, piedras de fusil y cajones de balas.
Los realistas entraron en La Paz aclamados como libertadores. Unos trescientos rebeldes se retiraron hacia Lloja en los Yungas; aumentaron pronto hasta contar con unos 1.500 hombres, pero carecían de disciplina y de organización. Pío Tristán les dio alcance en Capani (Irupana), donde consiguió derrotarlos, les tomó tres cañones, dos obuses, fusiles, lanzas y flechas y muchos prisioneros; los muertos en este encuentro alcanzaron a un centenar.
Victoriano Lanza, Castro y otros cayeron en poder de los vencedores y fueron decapitados; enviadas las dos cabezas a Goyeneche, éste mandó que fueran expuestas al público. Murillo fue apresado en las montañas de Songo y trasladado a La Paz el 14 de noviembre. Hubo todavía otros hechos de armas, pero los rebeldes quedaron vencidos.
Comenzó entonces una era de terror contra los sospechosos de simpatías revolucionarias. El 29 de noviembre fueron ajusticiados Domingo Murillo, J. Basilio, Catacora Heredia, Buenaventura Bueno, Melchor Jiménez, Mariano Graneros, Juan A. Figueroa, J. J. Jaén, Gregorio G. Lanza y J. B. Sagárnaga; el cura tucumano J. A. Molina fue indultado; M. J. Cossio fue condenado a diez años de presidio en Bocachica. En febrero de 1810 fueron remitidos a los presidios de la costa patagónica, Valdivia y otros lugares, los doctores J. M. Aliaga, Melchor León de la a Barra, Juan de la Cruz Monje y Ortega, Baltazar Alquiza, Crispin Diez de Medina y Juan M. Mercado, M. Huici, T. Orrantía, Gavino Estrada, Clemente Medina, E. Medina, J. A. Veamurguía y G. Calderón.
Se calcula que 86 individuos fueron condenados hasta marzo de 1810, unos a la horca, otros a garrote y los más a presidio o a destierro, con confiscaciones de sus bienes.
Cuando después de la revolución de mayo de 1810 la Junta gubernativa de Buenos Aires tuvo en su poder el a expediente de La Paz, Moreno escribió que no se podía leer sin horror: "La estupidez estimulada por las pasiones 5 más bajas forman el cuadro de ese expediente".
En 1809, en Chuquisaca, redactó Bernardo Monteagudo el Diálogo entre Atahualpa y Fernando VII, en el que hace la apología del espíritu de libertad, "nacido con el hombre, libre por naturaleza", y exhortó a los habitantes del Perú:
"Si desnaturalizados e insensibles habéis mirado hasta el día con semblante tranquilo y severo, la desolación e infortunios de vuestra patria desgraciada, recordad ya el penoso letargo en que habéis estado sumergidos, desaparezca ya la penosa y fuerte noche de la usurpación y amanezca el claro y luminoso día de la libertad. Quebrad las terribles cadenas de la esclavitud y empezad a disfrutar a de los deliciosos encantos de la independencia. Si, pensamos, vuestra causa es justa y equitativos vuestros designios, reuníos, pues, y corred a dar principio a la gran obra de vivir independientes".