En medio de un conflicto con el gobernador Pascual Ruiz Huidobro, el virrey Sobremonte abandonó la ciudad y se dedicó a reunir tropas para intentar defenderla. Pero, en su ausencia, los invasores tomaron Montevideo. En respuesta, un cabildo abierto reunido en Buenos Aires, organizado y dirigido por el alcalde Álzaga, lo declaró depuesto;
Cuando se supo en Buenos Aires la caída de Montevideo, el pueblo se irritó y acudió frente al cabildo exigiendo el 6 de febrero de 1807 que se removiese de su cargo a Sobremonte
El cabildo, ante esa exigencia, convocó una junta de guerra ampliada con vecinos principales. La asamblea se reunió el 12 de febrero y se acordó después de prolongada deliberación que el virrey "fuera suspendido por ahora de todos sus cargos ... asegurada su persona, con la correspondiente atención y debido decoro, y ocupados cartas y correspondencia".
Para cumplimentar esa decisión fueron designados el oidor Manuel Velasco, los regidores Manuel Ortiz de Basualdo y Martín de Monasterio, que debían pasar a la Banda Oriental con dos compañías de infantería y una de caballería al mando de Prudencio Murguiondo. Llevaban instrucciones para usar la debida cortesía y moderación, pero tenían facultades para emplear la fuerza.
Sobremonte cedió y fue trasladado a Buenos Aires y alojado en la quinta de los padres betlemitas.
El pueblo de Buenos Aires, que comenzó el 14 de agosto de 1806 por imponer un jefe militar de su elección, en franco desafío a la autoridad metropolitana, seis meses más tarde pidió y obtuvo la separación definitiva del virrey de su cargo.