El 22 de julio, los conspiradores recibieron respuesta del gobernador de Montevideo, quien expresaba que era necesario reconquistar Buenos Aires y que se disponía a prepararse para ello. Aprobó el plan de Sentenach e instaba su concreción. Como la flota con la que contaba no se adaptaba a operaciones en el río, determinó que se realizaran las providencias necesarias para poder hacerlo mediante cañoneras y naves de poco calado.
Las naves maniobrarían frente a los navíos enemigos, en una acción distractiva, mientras el resto de las fuerzas desembarcarían en las cercanías de Olivos. El plan concordaba con el diseñado por Sentenach.
Ruiz Huidobro no iba a poder estar al frente de las operaciones, algunas cuestiones de salud le impedirían hacerlo. Puso al mando de las fuerzas navales a Juan Gutiérrez de la Concha. Por esa fecha recibió un oficio del virrey Sobremonte que solicitaba refuerzos para emprender la reconquista de la ciudad debido a la situación crítica que estaba viviendo Buenos Aires. Huidobro reunió a la Junta de Guerra y expuso el pedido, que significaba dejar de lado el plan trazado. Por unanimidad los miembros de la Junta acordaron desobedecer las órdenes del virrey y continuar con las acciones delineadas. Enviaron a éste la negativa a su pedido excusando que se habían avistado cerca de la costa unos catorce barcos ingleses y que sería imprudente desproteger la plaza.
La Junta acordó poner en manos de Santiago de Liniers –quien había arribado a Montevideo hacía pocos días– el mando de la expedición. Este había expresado que eran suficientes quinientos hombres para retomar la ciudad. El gobernador de Montevideo le envió un oficio el día 22 de julio en el que expresaba la decisión de la Junta:
“En consecuencia adoptó, como V.S. sabe, pues que no fue uno de los Vocales, su propuesta, y se le confirió el mando no sólo de 500 hombres escogidos de la mejor Tropa, más también se aumentó este número con el de cien de la compañía de Migueletes que se acababa de formar en esta plaza, armada y uniformada en los mejores términos, haciendo extensivo el mando en Jefe de V.S. a la fuerzas de mar, que están a las órdenes inmediatas del capitán de fragata D. Juan Gutiérrez de la Concha (...) En tal inteligencia se pondrá V.S. hoy mismo en marcha, puesto que todo está dispuesto para que no se demore un momento, y haciendo el uso que estime conveniente de las noticias reservadas que le he comunicado y que pueden contribuir al glorioso éxito de la expedición, quedo muy satisfecho de que los co- nocimientos militares de V.S. su Celo por la Religión, por el mejor servicio del Rey, y su amor a la Patria le proporcionarán la indecible satisfacción de libertad a aquel Pueblo de la opresión en que se encuentra afligido y volverlo a la suave dominación de nuestro amado Soberano, libertando por este medio todo el Virreinato, expuesto a caer en igual desgracia subsistiendo el enemigo en la Capital recibe refuerzos, como es de esperar”.
El gobernador de Montevideo reclutó en pocos días un ejército de 1.600 hombres, encuadrados en las unidades militares con asiento regular en la ciudad, los barcos de la escuadra inglesa aparecieron frente a Montevideo, creando una importante amenaza para su seguridad, al ponerse el gobernador al frente de las defensas; se le encomendó el mando de la fuerza expedicionaria que se dirigiría a Buenos Aires, a Liniers, que cruza a Montevideo y de allí se traslada hacia Colonia con dicha fuerza. Donde se junta con una escuadrilla reunida por el capitán de fragata Juan Gutiérrez de la Concha que deja el suelo oriental el 3 de agosto. Como Popham vigilaba las costas y el río de la Plata, las fuerzas de reconquista lideradas por Liniers esperaron que se precipitara cierta tormenta conocida en la región como sudestada: un temporal que dura días y que produce un intenso oleaje. Mientras se desarrollaba la sudestada, cruzaron el río sin ser vistos, a metros de los buques ingleses y llegaron al Puerto de Las Conchas, hoy Tigre el 4 de agosto.
El mismo día de recibido el oficio, Liniers emprendió la marcha hacia Canelones, pero una fuerte lluvia y el desborde de los ríos consiguió detener la marcha. En balsas y jangadas pudieron cruzar el río y llegar hasta Colonia. Allí se encontró con Gutiérrez de la Concha y también con un refuerzo de hombres organizados por el comandante de la plaza, Ramón del Pino, y su esposa, Doña Francisca Huet, que juntó fondos entre los vecinos para uniformar a los improvisados soldados.
Pueyrredón, que había cruzado a Montevideo acompañado por Manuel de Pinedo y Arroyo y Diego de Herrera, se contactó con Huidobro quien brindó su apoyo a las acciones que estaba llevando a cabo. También se reunió con Liniers quien le pidió que reuniera las fuerzas que había organizado en Perdriel esperando su llegada. Volvió a Buenos Aires y juntó a su gente en dirección a la quinta. Como su regimiento no tenía bandera, el Cabildo de Luján le entregó el Real Estandarte con el que se juró la villa.
Por orden del gobernador Pascual Ruiz Huidobro, en 1806 acompañó a Santiago de Liniers en la campaña contra las invasiones inglesas. Fue el comandante del Batallón de Arribeños, y más tarde reorganizó la marina de guerra virreinal.
Los planes se desarrollaron como se lo había previsto: se cavaba el túnel hacia la Ranchería, pero tuvieron muchas dificultades para fortificar la quinta de Perdriel y proveer de armas y caballos a los hombres que Pueyrredón había reunido. Sigilosamente, en cajas cubiertas con cueros y simulando transportar yerba mate, las armas recuperadas en la ciudad fueron conducidas a la quinta.
Según el plan trazado, Liniers debía desembarcar en Olivos, pero las condiciones climáticas retrasaron su llegada a Colonia, desde donde se disponía a cruzar el río. El 1 de agosto, lanzó una proclama que decía:
“Don Santiago de Liniers y Bremond, Caballero de la Orden de San Juan, Capitán de Navío de la Real Armada y Comandante General de las fuerzas de mar y tierra destinadas para la reconquista de Buenos Aires. Previene a todos los cuerpos que componen el ejército que tiene el honor de mandar para la gloriosa hazaña de la reconquista de Buenos Aires, que esta tarde, permitiéndolo el viento, se embarcarán para pasar a la Costa del Sur; que no duda un solo momento del ardor, patriotismo, e intrepidez de los valerosos Oficiales, Cadetes, Sargentos, Cabos, Soldados y Voluntarios que lo componen; pero que si, contra su esperanza, algunos olvidados de sus principios, volvían la cara al enemigo, estén en la inteligencia que habrá un cañon a retaguar- dia cargado de metralla, con orden de hacer fuego sobre los cobardes fugitivos. (...) Si llegamos a vencer, como lo espero, a los enemigos de nuestra Patria, acordáos Soldado que los vínculos de la Nación Española son de reñir con intrepidez, como triunfar con humanidad: el enemigo vencido es nuestro hermano, y la Religión y la generosidad de todo buen español le hace como tan natural estos principios, que tendría rubor de encarecerlos”.
Pascual Ruiz Huidobro reunió un gran ejército y se preparó para reconquistar Buenos Aires, sin embargo Santiago de Liniers, que tenía mayor información sobre la invasión, al ver el ejército de Huidobro (que se quedó en Montevideo) toma el mando y reconquista Buenos Aires.