Las divergencias y roces entre Artigas y Sarratea en la conducción de la guerra contra los realistas de la Banda Oriental, contribuyeron a que la Asamblea rechazase tanto al diputado enviado por Sarratea como a los enviados por Artigas
Los enviados por Artigas, fueron nombrados el 4 de abril en un congreso de los pueblos de la Banda Oriental en Tres Cruces. Artigas arengó a sus compatriotas con estas palabras:
"El resultado de la campaña pasada me puso al frente de vosotros por el voto sagrado de vuestra voluntad general. Hemos corrido diecisiete meses cubiertos de la gloria y la miseria, y tengo la honra de volver a hablaros en la segunda vez que hacéis uso de vuestra soberanía ... Mi autoridad emana de vosotros y cesa por vuestra presencia soberana"...
Hizo jurar fidelidad a la Asamblea, pero condicionó el reconocimiento en ocho artículos, uno de los cuales dice:
"Será reconocida y garantizada la Confederación ofensiva y defensiva de esta Banda con el resto de las Provincias Unidas, renunciando cualquiera de ellas a la subyugación a que se ha dado lugar con la conducta del anterior gobierno. En consecuencia, de dicha confederación, se dejará a esta Banda en plena libertad que ha adquirido como provincia compuesta de pueblos libres, pero queda desde ahora sujeta a la Constitución que emane y resulte del soberano congreso general de la Nación y a sus disposiciones consiguientes teniendo por base la libertad"...
Se designan seis diputados: Dámaso Larrailaga y Pablo Mateo Vidal, por Montevideo; Dámaso Gómez Fonseca, por Maldonado; Felipe Cardoso, por Canelones; Marcos Salcedo, por San José; Francisco Bruno de Rivarola, por Soriano.
Las instrucciones dadas a los diputados de la Banda Oriental contienen la declaración de la independencia, la forma republicana de gobierno, la igualdad y la libertad civil y religiosa, la división de poderes y el sistema de "confederación para el pacto recíproco con las provincias que forman el Estado".
El concepto de autonomía es expresado así:
"El gobierno supremo entenderá solamente en los negocios generales del Estado. El resto es peculiar al gobierno de cada provincia. Que esta provincia retiene su soberanía, libertad e independencia, todo poder, jurisdicción y derecho que no es delegado expresamente por la Confederación a las Provincias Unidas juntas en congreso."
Los límites de la Banda Oriental eran los siguientes:
"El territorio que ocupaban estos pueblos de la costa oriental del Uruguay hasta la fortaleza de Santa Teresa, forma una sola provincia. Que los siete pueblos de Misiones, los de Batovi, Santa Tecla, San Rafael y Tacuarembó, que hoy ocupan injustamente los portugueses y a su tiempo deben reclamarse, serán en todo tiempo territorio de esta provincia".
Además, se sentaba el principio de que la provincia se haría su constitución territorial y que tenía "el derecho de sancionar la general de las Provincias Unidas que forme la Asamblea constituyente".
Las provincias, según la concepción artiguista, podían levantar fuerzas y poseer armas, agregando que el despotismo militar debía ser anulado con trabas constitucionales y precisaba que el gobierno de las Provincias Unidas residiría fuera de Buenos Aires, coincidiendo en ello con el proyecto constitucional de la Sociedad patriótica. En materia religiosa se promovería la libertad civil y de cultos.
No cabe ninguna duda de que las instrucciones de Artigas son la expresión más clara hasta allí de los principios del federalismo en estas regiones del Plata, pues contenían el derecho de las provincias a darse la propia constitución, una idea que los hombres de Buenos Aires se resistían a asimilar, pues había arraigado en ellos la noción de que eran sucesores del poder centralista español; menos que nadie, Alvear no podía ver con simpatía esas instrucciones, pues soñaba con la dictadura personal.
La Banda Oriental adoptó una posición constitucional federalista para integrar la nueva nación, mientras que el Paraguay se mostró siempre separatista. Se adelantó Artigas, caudillo de la campaña oriental, a la actitud de Francisco Ramírez en Entre Ríos, Estanislao López en Santa Fe, Quiroga en La Rioja, Bustos en Córdoba, aunque a veces traslucen un federalismo inorgánico y opositor a las corrientes unitarias de organización del país.
El gobierno encomendó el 6 de abril a Rondeau que tratase con Artigas, pero le prevenía que la "organización del Estado corresponde a la Asamblea constituyente". Rondeau y Artigas firmaron un convenio el 19 de abril, admitiendo el principio de confederación, y la soberanía y el autonomismo provinciales. Inmediatamente después, el 20 de abril, se instaló el gobierno provincial de la Banda Oriental y Artigas fue designado gobernador militar y presidente del cuerpo municipal. La Asamblea no acusó siquiera recibo de la notificación de esa novedad; en cambio rechazó el convenio de Rondeau y Artigas, y se opuso reiteradamente a la incorporación de los diputados orientales a la Asamblea, pues el sector alvearista temió que se sumasen a los partidarios de San Martín, con cuyos puntos principales coincidían.