La Asamblea reforzó las medidas del Triunvirato para reprimir la deserción en los cuerpos militares; determinó que el grado más alto en el ejército fuese el de brigadier general, también hizo obligatorias las vacunas.
Se creó una academia militar para formar en ella oficiales preparados y se comisionó a Pedro A. Cerviño para elaborar el plan de estudios juntamente con Ángel Monasterio.
Así se inauguró en mayo de 1813 el Instituto militar y se constituyeron varias unidades nuevas, de caballería y de infantería, y un cuerpo médico militar.
Importante decisión fue la que llevó a la creación de una escuadra propia cuando entró Juan Larrea a formar parte del Triunvirato, el cual recibió amplias facultades para proceder.
Las fuerzas navales fueron puestas bajo las órdenes del marino irlandés Guillermo Brown y pronto comenzaron a sentirse los efectos de su presencia en las aguas del Plata, pues derrotaron a las escuadrillas de Romarate y Sierra, hasta entonces impunes en sus correrías.
Se dio vida al Instituto médico militar bajo la dirección de Cosme Argerich, una transición entre el Protomedicato colonial y el departamento de medicina que se habría de establecer en la universidad de Buenos Aires.
Fue propagada la vacuna y Saturnino Segurola fue designado director de la misma, haciendo obligatoria la vacunación de los niños.