Sarmiento adujo que "el gobierno civil se ha instituido para asegurar el libre desarrollo de la facultades humanas, para dar tiempo a que la razón pública se desenvuelva y corrija sus errores a fin de que la utopía de hoy sea la realidad de mañana. Si, por tanto -continuaba-, hay una minoría de la población, y digo más, un solo hombre que difiera honrada y sinceramente del sentimiento de la mayoría, el derecho lo protege, con tal de que no pretenda violar las leyes, sino modificarlas, modificando la opinión de los encargados constitucionalmente de hacerlas, pues en fin, para la protección de sus pensamientos, se ha construido el edificio de la Constitución nacional."
Esta era la esencia de su programa: los derechos individuales, la libertad de conciencia, la educación, las ciencias y la cultura, y la civilización agrícola. Eran los principios de la vertiente ilustrada y progresista. Para Sarmiento el progreso no era una entidad abstracta sino una fuerza sujeta a la inteligencia del hombre y, para eso, era necesario dar importancia a las escuelas, los colegios, las universidades, los museos y los observatorios. Y favorecer el acceso masivo a la propiedad agrícola.

La presidencia

En 1868, Sarmiento fue elegido en unos comicios donde no fue factor predominante la influencia electoral de Mitre.Cuando Sarmiento recibió los atributos del poder de manos de Mitre, expresó un ideal utilitarista; dijo que "el gobierno está para distribuir la mayor porción posible de felicidad sobre el mayor número posible de ciudadanos." Sin embargo, su espíritu constructor debió combinarse con la decisión de enfrentar con el poder del Estado las continuas rebeliones de un tiempo políticamente agitado. Al mismo tiempo surgían conflictos en las fronteras con el Paraguay y con Chile, y también en el interior con la población indígena y sus incursiones. En todos los casos Sarmiento aplicó decididamente todo el poder del Estado.
En abril de 1870 concluyó la Guerra de la Triple Alianza, aunque recién dos años después se formalizó la paz en la corte de Río de Janeiro con la firma de Mitre. Durante aquellos años un grupo de caciques buscaba caminos para establecer la condición de los aborígenes; a veces con el malón y otras veces negociando pactos regionales. Sarmiento fundó el Colegio Militar y la Escuela Naval, organizó la Marina de Guerra orientada particularmente a los ríos mas que al mar, e importó armamento sofisticado

Asesinato de Urquiza

El 3 de febrero de 1870, desembarcó en Concepción del Uruguay, se abrazó con Urquiza y disfrutó de su hospitalidad durante cuatro días.
Sarmiento creía que esta alianza consolidaba su autoridad, pero el 11 de abril del mismo año, cuando se rebelaba López Jordán, una partida entró en el palacio San José y asesinó a balazos a Urquiza.

La epidemia de fiebre amarilla

En el verano de 1871 cobró 14.000 víctimas una epidemia de fiebre amarilla en Buenos Aires. El éxodo de los pudientes (Sarmiento se trasladaba permanentemente en esos días desde y hacia Mercedes) convirtió a la ciudad en un páramo, donde sólo quedaban los más pobres. Sarmiento puso, en este ambiente, en marcha su programa de gobierno.

Censo de 1871

Durante los días 15, 16 y 17 de septiembre de 1871, Sarmiento hizo levantar un censo general de población. Este trabajo, fue dirigido por Diego G. de la Fuente y supervisado por Vélez Sarsfield; permitió a los argentinos tener una representación aproximada de lo que verdaderamente eran.
En un territorio vacío vivían 1.836.490 habitantes, de los que la provincia de Buenos Aires tenía casi medio millón. De esa masa el 5% constituía la población indígena y el 8% la población extranjera de origen europeo, sólo el 30% del total se radicaba en ciudades y el 29% sabía leer y escribir. En la que 207.673 familias habitaban ranchos de barro y paja, y 54.760 casas de material más elaborado; una sociedad lacerada con 61.424 viudas, 3.000 mil inválidos y 87.000 huérfanos; sumaba un número potencial de 300.000 ciudadanos aptos para votar, de los cuales 50.000 eran capaces de escribir su nombre en un registro electoral. Con 2.307 maestros y profesores, 458 médicos y 194 ingenieros, contra unos 9.602 militares, 1.047 curanderos y 439 abogados.