Rafael Núñez y Bustos nació en la villa de Cruz del Eje, Córdoba, el 14 de noviembre de 1875. Su padre falleció el 3 de septiembre de 1884, cuando Rafael tenía apenas 8 años de edad.
En 1884 fue llevado a la ciudad de Córdoba para que diera principio su educación y fue matriculado en la escuela mixta que dirigía la educacionista Matilde Páez. Terminado este período escolar, fue enviado al colegio Británico de Buenos Aires, en donde rindió su primer año en 1891. El año siguiente regresó a Córdoba y continuó con sus estudios secundarios en el Colegio de Nuestra Señora de Monserrat.
Hizo la conscripción militar recién cumplidos sus veinte años de edad, en el 3er Batallón del Regimiento 7º de Infantería. Núñez tenía entonces el grado de capitán de la 1ª compañía y permaneció como voluntario en las filas del ejército durante un año.
En 1896 terminó su bachillerato en el Colegio Monserrat y al año siguiente se matriculó en la Facultad de Derecho de la Universidad Nacional de Córdoba obteniendo el título de “Abogado”. En marzo de 1900 presentó su tesis sobre “Exploración y Cateo” bajo el rectorado del Dr. Ortiz y Herrera y obtuvo su título de “Doctor en Derecho y Ciencias Sociales”, a los veinticuatro años de edad.
Abandonada la casa de Trejo, el Dr. Núñez se dedicó al ejercicio de su profesión y abrió su estudio jurídico conjuntamente con el Dr. Julio Torres. Más tarde abriría un estudio en sociedad con José Heriberto Martínez.
Su carrera política fue meteórica. Cuando Núñez egresó de la universidad ya se encontraba afiliado al Partido Autonomista Nacional. El gobierno del Dr. José Manuel Álvarez lo designó consejero titular del Monte de Piedad por decreto en 1903, cargo en que fue nuevamente nombrado por un período íntegro. En el desempeño de estas funciones, Núñez aconsejó medidas que simplificaban la obtención de préstamos.
El 20 de octubre de 1903 contrajo matrimonio con Manuela Torres Castaños, de veinticuatro años. La pareja tendría seis hijos: María de las Mercedes, Blanca Delia, María Ángela, Manuela del Carmen, Rafael Vicente y Victoria.
Ese mismo año y bajo la presidencia del Dr. Manuel Quintana, fue nombrado fiscal del Juzgado Federal de Córdoba, funciones que desempeñó hasta 1909, época en que el gobierno nacional le colocó en situación de optar entre ese cargo y el de legislador provincial.
En 1904 la Junta de Gobierno del Partido Nacional le ofreció una propuesta para sostener su candidatura a diputado provincial por el departamento Unión. Así, Núñez salía electo diputado a la Honorable Legislatura de la Provincia en 1905.
En 1907 obtuvo la suplencia del docente titular por concurso de la cátedra de derecho constitucional de la Facultad de Derecho de la Universidad Nacional de Córdoba. La Reforma Universitaria de 1918 determinaría la salida del Dr. Núñez de la docencia.
Posteriormente fue nombrado abogado de la Compañía de Seguros “Córdoba”, cargo que se vio obligado a abandonar después de algunos años, para dedicarse de lleno a las actividades de la política.
Nuevamente fue electo diputado por el departamento Unión, incorporándose de inmediato a la honorable cámara.
En 1912 se fundó la “Concentración Popular” que proclamara la fórmula Cárcano-Garzón Maceda para el período gubernativo de 1913-1916. El Dr. Núñez se contaba entre los fundadores de la Concentración y ocupó la presidencia del Comité de la Capital. El intento por solucionar la disociación de las fuerzas conservadoras llevó a fundar un nuevo partido político de amplia organización en toda la provincia. Es por eso que a la existencia de la Unión Cívica Radical, se le sumaría una alianza de facciones derivadas del viejo Partido Autonomista Nacional, del Partido Constitucional, de la Unión Nacional y de otros grupos locales que originaría, a fines de 1913, el Partido Demócrata, siendo el Dr. Núñez vocal de la primera Junta de Gobierno de la nueva agrupación.
En 1914 el Dr. Ramón J. Cárcano lo designó su ministro-secretario en la cartera de hacienda. Dos años después fue designado presidente de la Junta de Gobierno del Partido Demócrata, presentando su renuncia del cargo de ministro. Encaró de lleno el problema político de la provincia y dispuso que el partido concurriera a todas las luchas comiciales, aún en aquellos departamentos donde la mayoría radical había sido considerable en las elecciones de 1915.
La nueva convocatoria para elegir un senador por el departamento Río Primero, llevó al Dr. Núñez a incorporarse al senado en 1917. Mientras tanto seguía desarrollando su labor como presidente de la Junta de Gobierno, revelándose el partido ya como una fuerza respetable, en condiciones de conquistar el gobierno de la provincia.
En 1918 fue electo diputado al congreso de la nación. Ese mismo año se realizó una convención en el “Palace Theatre”, proclamándose a Rafael Núñez como candidato a gobernador de la provincia. Visitó de nuevo los departamentos en una gira e introdujo por vez primera en Córdoba, las conferencias de propaganda electoral en las calles y plazas públicas.
“Es menester convivir con el pueblo, cimentar sus actividades, identificarse con sus aspiraciones y encausar su acción hacia el logro del mayor progreso y bienestar colectivo. Es por eso que la tribuna pública debe ser cátedra de cultura cívica, para el mejor ejercicio del derecho de gobernarse”.
Así se expresaba el Dr. Núñez en uno de sus discursos.
En los comicios del 17 de noviembre de 1918, el Partido Demócrata triunfó y el Dr. Núñez fue electo gobernador por una mayoría de 36.057 votos, frente a los 34.547 obtenidos por el radicalismo. El Colegio Electoral proclamó gobernador y vice de la provincia para el período 1919-1922, a los señores Dr. Rafael Núñez y Dr. Jerónimo del Barco, designado para desempeñar las carteras de Gobierno, Hacienda y Obras Públicas, respectivamente, a los señores Dr. Félix Sarría (h), Dr. Justiniano Achával e Ing. Fernando Romagosa.
En el mismo momento en que se conocía el triunfo del candidato demócrata, sectores del radicalismo comenzaron a hablar de la necesidad de la intervención federal a Córdoba. Incluso, la tendencia radical más extrema que ocupaba espacios importantes en el gobierno provincial decretó la clausura de la legislatura con el fin de ejercer mayor presión sobre el Ejecutivo Nacional para que interviniera la provincia. Sin embargo, el presidente Hipólito Yrigoyen se opuso a dicho procedimiento declarando que: “...la elección de Córdoba está bien hecha y la situación que allí surja en tanto se amolde a los preceptos constitucionales contará con todo el apoyo del gobierno de la Nación”.
En aquellos tiempos comenzaban a rodar las primeras locomotoras a combustión con derivados del petróleo y se empezaban a realizar las primeras emisiones radiales. Entre las iniciativas que le pertenecen al gobierno de Núñez pueden mencionarse las siguientes:
Durante su mandato se produjo el fortalecimiento de los conservadores demócratas. La crisis de posguerra, el temor de la clase dominante ante los conflictos sociales y el fraccionamiento de la UCR habían favorecido la alianza de los hombres de gobierno con los sectores ultramontanos cuyo objetivo era debilitar a los grupos u organizaciones progresistas y anticlericales que se habían robustecido con el movimiento reformista de 1918. Julio A. Roca (h) se referiría más tarde a Núñez como “la persona a la que el Partido Demócrata le debe la vida; el que con su serenidad permitió que el Partido se reconstituyera al otro día de su derrota”.
Las elecciones legislativas de 1920 dejaron en manos del radicalismo a casi todas las provincias de la nación, con excepción de Córdoba, Corrientes, Salta y San Luis, de mayoría conservadora.
En 1921 los partidos conservadores provinciales conformaron una alianza electoral que denominaron la Concentración Nacional, para las elecciones presidenciales de 1922. La Concentración determinó la fórmula presidencial para el período 1922-1928, integrada por los doctores Norberto Piñero y Rafael Núñez. Inmediatamente que le fue comunicada al Dr. Núñez su proclamación como candidato a vicepresidente de la república, envió a la legislatura su renuncia de gobernador de la provincia, y dos días después ponía en posesión del cargo al vice gobernador Dr. Jerónimo del Barco, el 25 de noviembre de 1921.
Poco tiempo después inició una activa campaña de propaganda por el país, visitando las provincias de Tucumán, Santiago del Estero, Corrientes, Entre Ríos, Salta, Jujuy, La Rioja, San Luis y Mendoza.
A pesar de todos los esfuerzos, la Concentración Nacional perdió frente a la Unión Cívica Radical, que con Marcelo T. De Alvear y Elpidio González alcanzó el triunfo para gobernar el país en las elecciones presidenciales del 2 de abril de 1922. Tras el proceso electoral, los radicales obtuvieron 406.304 votos y 235 electores, seguidos por los conservadores, que obtuvieron 123.691 votos y 60 electores. El proceso tuvo una participación del 55,3%, siendo una de las elecciones con menor concurrencia de la historia de Argentina.
Pasada la campaña política, Núñez volvió a Córdoba y reingresó en sus tareas de abogado y de político.
Durante la gestión del gobernador Julio A. Roca (h) fue presidente de la Convención Constituyente para la reforma de la Constitución Provincial de 1923. En el seno de la Convención surgieron diferencias dentro del Partido Demócrata, manifestándose dos tendencias. Una de ellas era liderada por Rafael Núñez, de raíz conservadora y católica (nuñistas - contaba con el apoyo del grupo "independiente" liderado por el Dr. Antonio Nores) y la otra estaba vinculada al Ministro de Gobierno, Guillermo Rothe, de raíz liberal (rothistas), identificado por sus adversarios con el proyecto político de Lisandro de la Torre. La Constitución de 1923 creó el Superior Tribunal de Justicia y amplió el mandato del Poder Ejecutivo de tres a cuatro años, pero de especial relevancia fue el reconocimiento constitucional del régimen de partidos políticos.
A mediados de 1924 fue aceptado el diploma de Senador Nacional por su provincia natal.
Poco tiempo después debió viajar a San Miguel de Tucumán. Visitó allí un cuartel donde muchos de los conscriptos estaban atacados por gripe y por aquella causa contrajo él también la enfermedad. El dictamen de los médicos no fue alentador, y casi a las cuatro de la madrugada del 17 de octubre de 1924 se produjo su fallecimiento, en la pobreza y a la prematura edad de cuarenta y ocho años, habiéndose donado dinero por parte de sus allegados para adquirir el féretro que alojó sus restos. La noticia conmovió a la ciudadanía y al realizarse el sepelio, el comercio cerró sus puertas al paso de quienes acompañaban sus restos hacia el cementerio San Jerónimo. Las Cámaras Legislativas realizaron sesiones de homenaje.
Actualmente la avenida principal del barrio Cerro de las Rosas, una plaza del barrio San Martín, una escuela en la ciudad de San Francisco, una calle en la ciudad de Cruz del Eje, entre otros, recuerdan su nombre.