Nació en una quinta en los alrededores de la ciudad de Buenos Aires, en lo que hoy es el barrio de Boedo. Era hijo de Manuel Antonio Warnes, que fuera alcalde de primer voto del cabildo de esa ciudad y cuyo padre era de origen irlandés y belga, y de Ana Jacoba García de Zúñiga. Matrimonio que tuvo dieciséis hijos, quienes fueron bautizados en la Iglesia de la Merced, de Buenos Aires.
Su hermana Manuela se casó con José Joaquín Prieto, años más tarde presidente de Chile; su hermana Josefa con el brigadier Juan Francisco García de Zúñiga, el hombre de mayor fortuna de la Banda Oriental al comenzar el siglo XIX; una tercera, Martina Warnes, con el marino Baltasar Unquera, destacada figura de las Invasiones Inglesas; y otra hermana María Jacinta Warnes se casó con Juan José Ballesteros y Patiño.
Durante su gobierno en Santa Cruz de la Sierra, se tienen referencias de su descendencia en cinco hijos e hijas, entre ellos: María Antonia Warnes Cortéz, Guadalupe Warnes Gil, Alejandro Warnes Saavedra y Manuela Antonia Warnes Montero.
Se ha probado la unión de Ignacio con doña Micaela Montero Vaca, hacia 1815, con quien tuvo por hija a Manuela Antonia Warnes, quien de niña sufrió prisión junto a su madre, después de la Batalla de El Pari.
María Antonia Warnes Cortéz vivió en el pueblo y Santuario de Cotoca, hasta los 92 años. Se atribuye a Alejandro, la descendencia de la familia Warnes en la provincia Vallegrande, del departamento de Santa Cruz.
Muy joven ingresó como cadete en el Cuerpo de Blandengues de Montevideo, destinado a cuidar las fronteras. El 2 de enero de 1799 el Rey lo nombró alférez del Cuerpo de Blandengues de Buenos Aires. Entre 1806 y 1807 combatió durante las Invasiones Inglesas bajo bandera del cuerpo de caballería de frontera del que formaba parte. En 1810 adhirió decididamente a la Revolución de Mayo, alistándose en los ejércitos de la emancipación; revistó como uno de los lugartenientes del general Manuel Belgrano y como su secretario en la pequeña tropa que marchó a la expedición al Paraguay.
En esa campaña fue comisionado como embajador parlamentario y cayó prisionero el 6 de diciembre de 1810. Ese día desde Candelaria, Belgrano dirigió un oficio al gobernador del Paraguay Bernardo de Velasco, al Cabildo de Asunción y al obispo, pidiéndoles un acuerdo para evitar el derramamiento de sangre, e invitándolos al sometimiento a la Junta y el envío de un diputado. El capitán Ignacio Warnes, secretario de Belgrano, llevó el parlamento, pero fue apresado por Pablo Thompson, jefe de un destacamento paraguayo de 500 hombres apostado en la margen opuesta del río y remitido engrillado a Asunción, desde donde fue enviado a Montevideo. Luego logró ser liberado, reintegrándose a las fuerzas que luego participarían de las campañas del Ejército del Norte a las órdenes de Belgrano, ya con el grado de teniente coronel.
Warnes fue nombrado jefe del Regimiento N° 6 de Infantería, conocido como 6 del Perú. Se destacó en las exitosas batallas de Tucumán (septiembre de 1812) y Salta (febrero de 1813), como secretario y ayudante del general Manuel Belgrano, batallas luego de las cuales el Ejército del Norte reintentó la liberación del Alto Perú.
Tras estos sucesos, Belgrano lo comisionó en 1813 desde Potosí, para que avanzara por el Chaco Boreal y ocupara la ciudad de Santa Cruz de la Sierra, nombrándolo Gobernador y comandante. Warnes logró su cometido, asumiendo el gobierno en esa ciudad bajo la autoridad de las Provincias Unidas del Río de la Plata, pero en la práctica se manejó con absoluta independencia.
Organizó allí un ejército formal, instruyendo personalmente a sus hombres y fabricando allí su armamento. Mientras el resto del Ejército se retiraba a Salta, Warnes logró mantener el control de su provincia. Se mostró como un brillante organizador militar; reforzó tanto la caballería como la artillería, y aumentó la infantería creando el batallón de "Pardos y Morenos", al estilo de los de Buenos Aires, decretando la libertad inmediata de todos los esclavos de la provincia.
Aunque mantenía correspondencia con Belgrano y Güemes, mantuvo un gobierno autónomo, y no coordinó sus acciones con el jefe de la región de La Laguna, Manuel Ascensio Padilla, el esposo de la famosa Juana Azurduy.
A pesar de presentarse conflictos en la relación con Juan Antonio Álvarez de Arenales, gobernador de Cochabamba, Warnes se mostró generoso y se apuró a ayudarlo cuando éste debió evacuar la ciudad y luego fue vencido por el coronel José Joaquín Blanco en el combate de Angostura. Juntos derrotaron a los realistas en la batalla de La Florida, el 25 de mayo de 1814. En esa batalla, Arenales fue alcanzado por una partida enemiga, y dejado por muerto con varios cortes de sable en la cabeza, pero salvó la vida. Por ello, cuando la batalla estaba casi terminada, Warnes desafió y mató en duelo de sables al comandante, coronel Blanco.
A su retorno a Santa Cruz, se presentaron problemas políticos internos y Warnes optó por presentar su renuncia. Sin embargo el pueblo lo reeligió de manera soberana en agosto de 1815. Fue posesionado con la ceremonia de rigor y el vecindario decidió costear la campaña a Chiquitos, donde se encontraban los realistas Udaeta y Altolaguirre con 5000 hombres armados.
Regresado el Ejército del Norte, entró en contacto con el general José Rondeau, ofreciéndole caballos y tropas de caballería, además de servicios de mensajes y coordinación. Rondeau rechazó el ofrecimiento y decidió enviar al exgobernador cordobés Santiago Carrera a reemplazarlo en el gobierno de Santa Cruz. Éste estaba en la zona selvática de Chiquitos persiguiendo a una división realista, por lo que Carrera pudo entrar en la ciudad. Pero los partidarios de Warnes provocaron una revuelta, en que Carrera fue muerto con varios de sus acompañantes.2
Mientras tanto, Warnes alcanzaba y derrotaba a los realistas de Chiquitos, el 7 de octubre, en la batalla de Santa Bárbara.
Pocos días más tarde, derrotado Rondeau en la Batalla de Sipe Sipe, quedó Warnes nuevamente a cargo de Santa Cruz "hasta que, repuestas su fuerzas, pueda este Ejército volver...", como le dejó dicho Rondeau. Pero el Ejército del Norte nunca regresó, y Warnes y Padilla se vieron cada día más presionados por el avance de los realistas.
El general Pezuela puso sus ojos en el centro del continente, y en diciembre desplazó al batallón Fernando VII en persecución de los patriotas, instruyendo su aumento y reforzamiento en la marcha.
En 1816 se reunió en San Miguel de Tucumán el Congreso en el mes de julio declaró la "Independencia de las Provincias Unidas en Sudamérica". El general Belgrano envió copia del Acta al gobernador Warnes en Santa Cruz, como consta en su correspondencia dirigida a Güemes.
En septiembre de 1816, el coronel realista Francisco Javier Aguilera, nacido en Santa Cruz, derrotó y ejecutó a Padilla en La Laguna, junto a 700 de sus hombres, que murieron con las armas en la mano. En noviembre avanzó hacia su ciudad natal con 1600 hombres.
Warnes salió con más de 1200 soldados al encuentro de Aguilera en la batalla de El Pari. La caballería realista fue vencida y perseguida hasta el pueblo de Peji, y la división de Aguilera perdió la mayor parte de sus hombres, pero Warnes fue alcanzado por una bala de cañón y muerto. La infantería patriota siguió el combate hasta caer la noche. Cuando la victoriosa caballería, comandada por el coronel José Manuel Mercado, llegó al campo de El Pari, ya no era posible combatir y la falta del líder mermó los ánimos del comandante de la infantería Saturnino Salazar.