Al retirar a Urquiza la facultad para entender en los asuntos exteriores y al no reconocer ningún acto de los diputados al Congreso de Santa Fe, que al fin de cuentas habían sido elegidos por trece provincias, Buenos Aires rompió los vínculos que la unían a las provincias. No reconocía a los diputados de las mismas, pero las quería adheridas a la nacionalización de la revolución porteña y no a la nacionalización del acuerdo de San Nicolás.
El director provisional dictó el 3 de octubre un decreto de organización de las aduanas de la Confederación y con él comenzó la guerra económica contra Buenos Aires. Para los efectos del tráfico comercial, la provincia rebelde era considerada como cualquier otro país extranjero; los productos nacionales o del exterior que se despachaban para la provincia o desde ella al interior debían pagar derechos de entrada o salida. En Buenos Aires se combatió agriamente esa disposición. Mitre protestó contra la barrera económica que anticipaba la ley de los derechos preferenciales. Se acusaba a Urquiza de romper de ese modo la unidad nacional, porque procedía en lo económico con el mismo espíritu de segregación que lo hacía Buenos Aires en el campo político.
Para romper el círculo con que Urquiza rodeaba a la provincia de Buenos Aires, ésta envió a la Sala de representantes tres proyectos de ley: uno para el envío de una misión al interior del país, otro para el reconocimiento de la independencia del Paraguay y un tercero para la libre navegación del río Paraná. La revolución había hecho gala de una política liberal en materia económica y quería hacer de ella ahora un arma para expresar a las provincias la sinceridad de sus propósitos mediante hechos que allanaran los obstáculos opuestos a la libre circulación de los productos.
El 9 de octubre la legislatura bonaerense aprobó una ley sobre libre depósito y tránsito terrestre de mercaderías y estudiaba también la libre navegación del Paraná. Mitre y Vélez Sarsfield habían comprometido su opinión sobre esos puntos desde antes de la firma del acuerdo de San Nicolás.
El primero quería imponer toda suerte de franquicias, la abolición total de trabas para que la libre competencia y el interés comercial hallasen por sí solos las mejores soluciones para el intercambio, única base de una estructura económica capaz de consolidar la unión de las provincias. Vélez Sarsfield coincidía también con Mitre, pero deseaba algunas restricciones al tránsito terrestre, por razones políticas y rentísticas.
Los dos eran partidarios de la libre navegación de los ríos; la reclamaba ya la proscripción y de ella hizo un motivo de propaganda constante Florencio Varela en El Comercio del Plata; Sarmiento la establecía en Argirópolis; Mitre en Los Debates; lo mismo hizo Vélez Sarsfield en El Nacional.
Hubo únicamente discusión sobre las restricciones que quería mantener Vélez Sarsfield en el tráfico terrestre. Pero el libre tránsito se aprobó por fin en su forma amplia, como la quería Mitre. También se aprobó la libre navegación de los ríos, coincidiendo con el respectivo decreto de Urquiza.
Buenos Aires renunciaba de ese modo a privilegios que había gozado desde hacía varios siglos y buscaba en el libre juego de los intereses económicos, bases sólidas para la unión nacional.