En la madrugada del 14 de setiembre, recibió Urquiza en Santa Fe la primera noticia de los sucesos de Buenos Aires y de inmediato se puso a dictar medidas para acudir personalmente a reducir y castigar a los rebeldes.
El ministro de la Peña comunicó en su nombre al general Galán que se había ordenado a las fuerzas de Santa Fe, Entre Ríos y norte de Buenos Aires, que se pusieran en marcha hacia la capital y que el propio Urquiza iría a restablecer el orden "que han pretendido alterar algunos malvados".
Urquiza escribió a las tres de la madrugada a Galán que el 16 ó 17 estaría en Rosario y marcharía con fuerzas considerables para imponer un castigo ejemplar a los revoltosos.
En proclamas a los santafesinos y entrerrianos da salida a su irritación y a su cólera; "Preciso es, pues, que un castigo ejemplar caiga sobre ellos y quede libre el suelo argentino de los pocos malvados que son una plaga de la Nación y el escándalo del mundo ", decía a los primeros. A los entrerrianos les pedía nuevos sacrificios para cumplir el programa de mayo de 1851 y cortar las alas a los demagogos. " . . . Es necesario que un severo castigo produzca en ellos el resultado que no ha podido obtener la generosidad y el convencimiento".
Una tercera proclama a los porteños les anunciaba su regreso para restaurar la tranquilidad que le habían arrebatado algunos hijos espúreos de la patria. También se dirigió a las provincias condenando el pronunciamiento y agregando que la instalación del Congreso no sería postergada y que éste, con sus sabias medidas, cortaría de raíz los gérmenes de desorden y consolidaría la paz.
Al general José María Flores le escribió también sobre su propósito de marchar a Buenos Aires para restablecer el orden y castigar a los criminales que pretendían aniquilar la República, y le daba instrucciones para que desde San Nicolás, donde tenía comando, adoptase medidas para cooperar en la acción represiva que preparaba. El 16 de setiembre hace saber otro tanto al gobernador delegado de Entre Ríos, Antonio Crespo.
Desde que Urquiza recibió la noticia del alzamiento de Buenos Aires, no descansó en sus preparativos, pero al llegar a San Nicolás se informó de la verdad de la situación; que la misma no era un simple motín, sino un pronunciamiento de toda una provincia rica, que disponía de recursos materiales y humanos para un enfrentamiento militar.
El 18 de setiembre llegó a San Nicolás y allí se le dio la noticia que el general Flores y el coronel Ramón Bustos se habían plegado a los rebeldes, como asimismo la campaña de la provincia.
El primer impulso de Urquiza entonces fue de desaliento; quiso renunciar al cargo de director provisional, desistir por el momento de la reunión del Congreso y, si la rebelión se extendía a las provincias, declarar la independencia de Entre Ríos y Corrientes a fin de salvar así a esas provincias de la disgregación y de la guerra civil. Tal fue el pensamiento que comunicó al ministro de la Peña y a Derqui; por su parte, Juan Pujol y Ángel Elías se adhirieron a esa resolución extrema.
El ministro de la Peña, conocedor de la reacción de Urquiza, reunió a los diputados llegados a Santa Fe y les explicó la situación.
Los diputados pidieron a Urquiza que desistiese de sus intenciones y, serenado, resolvió mantenerse como director provisional y continuar en sus propósitos en favor de la organización nacional y del congreso. Ordenó que las fuerzas entrerrianas llegadas en los vapores Merced y Countess of Landsddes se reembarcasen para su provincia y que la caballería partiese por tierra a Santa Fe.
Al mismo tiempo envió a Buenos Aires al coronel Federico G. Báez para hacer conocer su decisión.
El 18 de setiembre envió una nota al gobernador provisional, general Pinto, proponiéndole la paz y expresando sus deseos de evitar pérdidas de sangre y de vidas. Al día siguiente salió de San Nicolás y dejó a Buenos Aires librada a su suerte, dedicándose a la instalación del Congreso constituyente.
Federico Báez, se unió al Ejército Grande de Urquiza y participó en la batalla de Caseros. Permaneció leal a Urquiza cuando estalló la revolución de septiembre de 1852, y se retiró a Santa Fe. Fue enviado por Urquiza a Buenos Aires, en un intento de mediar ante su antiguo jefe, el general Paz. Poco después intentó convencer al general Manuel Olazábal de que le entregara la isla Martín García.
Báez fue recibido en Buenos Aires por el gobierno el 20 de setiembre; entregó en esa ocasión la nota de Urquiza en la que manifestaba su pesar por no haber podido generalizar en todos los argentinos el pensamiento de la organización nacional después de los sacrificios hechos. Báez expuso a su vez, en síntesis, que Urquiza se retiraba y dejaba a Buenos Aires en el pleno goce de sus derechos y esperaba que todo concluyese sin disparar un tiro. Terminó pidiendo que fuesen conducidos a Entre Ríos el general Undinarrain y las tropas de esa provincia exis-tentes en Buenos Aires.
El gobierno de Buenos Aires dirigió su respuesta, no al director provisional, sino al gobernador de Entre Ríos, en tono mesurado, pero firme. Decía allí que la revolución había tendido a devolver a la provincia el goce de su soberanía y de sus derechos sin ningún propósito de contrariar el pensamiento de la organización nacional. Prometía enviar las tropas entrerrianas tan pronto como Urquiza abandonase el territorio de Buenos Aires y pedía que en los mismos buques se embarcasen de regreso los centenares de ciudadanos de Buenos Aires llevados a Entre Ríos en abril. Igualmente pedía la devolución del vapor Merced cuando no le fuese necesario para el transporte de las tropas.
Prescindió Urquiza de Buenos Aires y fijó el asiento del gobierno de la Confederación en Paraná; así lo comunicó el ministro de la Peña a los representantes extranjeros y a los gobiernos de las provincias el 26 de setiembre, haciendo saber que el director provisional, aunque hubiese podido sofocar el motín porteño, lo dejaba de lado y lo consideraba sin influencia en la Confederación; por lo tanto continuaba en el ejercicio de la representación exterior de las provincias hasta que el próximo Congreso resolviese nuevos procedimientos.