Mientras se insistía en la misión pacífica del general Paz, en Buenos Aires en octubre hay elecciones por las que el 31 de octubre de 1852 fue elegido gobernador Valentín Alsina que da un giro de la mision de Paz la idea de Alsina y mitre es la de atacar Entre Rios y Santa Fe
Al conocer Mitre la actitud de Santa Fe, autorizó al comisionado de Buenos Aires a dar por terminada su misión con respecto a esa provincia y a buscar la paz por medios más eficaces después de agotados los medios de conciliación.
En la nota del 19 de noviembre de Mitre esta el propósito de invadir Santa Fe, de acuerdo con un plan madurado desde que se proyectó en Buenos Aires obrar militarmente en Entre Ríos con las tropas que partieron de Buenos Aires el 10 de noviembre a las órdenes de Hornos y Madariaga.
Paz dio por terminadas sus negociaciones con Santa Fe el 24 de noviembre en una nota en que recapitulaba las fases de las mismas. Después de remitirla, recibió una ,carta de Mitre con noticias sobre la decisión del gobierno de propiciar la invasión de Entre Ríos y que la nota a Santa Fe debía ajustarse a los nuevos hechos producidos, dejando establecido que la conducta que pronto se observaría con respecto a Santa Fe era provocada exclusivamente por la hostilidad de esa provincia, pues Buenos Aires tenía necesidad de proveer a su defensa, "no autorizando su ruina con una inacción que amenazaría el porvenir de la revolución".
En octubre convocó a elecciones, por las que el 31 de octubre de 1852 fue elegido gobernador Valentín Alsina. Éste declaró al Estado de Buenos Aires «separado de la Confederación»; era una independencia de hecho, aunque oficialmente seguía llamándose Provincia de Buenos Aires.
Mientras negociaba con Santa Fe, Paz inició correspondencia con el gobierno y los hombres de Córdoba. Las perspectivas de éxito eran pocas, pues el gobernador Alejo del Carmen Guzmán fue el primero que condenó la revolución del 11 de setiembre poniendo a disposición del director provisional todos los elementos y recursos de la provincia para contrarrestarla. Pero la correspondencia refleja las sinceras intenciones de pacificación y organización del general Paz y el esfuerzo que hacía para justificar la actitud asumida por Buenos Aires. Sin embargo no pudo cambiar la decisión tomada por las provincias.
Córdoba no polemizó con el comisionado, pero dio orden de apresarlo y remitirlo a Santa Fe si entraba en territorio de la provincia. Paz, pues, no pudo pasar de arroyo del Medio y entretanto Urquiza reunió el Congreso con las 13 provincias que se declararon en favor de su política.
Días antes, el 10 de noviembre, Alsina, electo gobernador de la provincia, escribió a Paz aprobando sus gestiones de que era conveniente agotar todos los medios de conciliación e insistir sobre ellos para que resaltasen la lealtad y el anhelo pacífico de Buenos Aires y quedasen consignados en documentos que si tales propósitos no se cumplían, la culpa no era de los porteños; la responsabilidad de los males que sobreviniesen, debía recaer sobre aquellos que habían impedido su realización, habiendo cumplido Buenos Aires con los deberes que le imponía su posición en bien del país, del cual no quería separarse ni quería ser separada.
El general Manuel Hornos en noviembre de ese año dirigió una de las dos columnas porteñas que atacaron Entre Ríos. La otra iba al mando de Juan Madariaga, y fracasó rápidamente. Hornos, en cambio, logró llegar hasta las afueras de Concepción del Uruguay, donde fue derrotado por estudiantes del Colegio de esa ciudad. Se retiró a Corrientes, donde el gobernador Juan Pujol, que poco antes había prometido ayuda a la invasión, lo obligó a rendirse. Pasó al Brasil y reembarcó hacia Buenos Aires.
Mientras se enviaba al general Paz a las provincias, como hombre de gravitación y de prestigio en ellas, para que se sumasen a la actitud de Buenos Aires, se gestaba un plan ofensivo que comprendía, por un lado la invasión de Entre Ríos por el coronel Madariaga y el coronel Hornos, y por otro un ataque a Santa Fe para impedir la reunión del Congreso.
El plan ofensivo transformó al encargado de una misión de confraternidad en general en jefe del ejército de invasión, cargo que le fue comunicado el 25 de noviembre, pero que se había decidido el 15.
Paz interrumpió las negociaciones conciliadoras con Santa Fe y se dedicó a tomar medidas de carácter militar en San Nicolás y a preparar la próxima campaña, aunque no quería dirigirla, y opinaba que debía hacerlo el general Flores, más popular entre los paisanos y más habituado a mandar milicias; él estaba hecho para operar con veteranos sometidos a una disciplina militar muy severa.
Pero aun juzgando que no era el más apropiado para mandar el ejército provincial bisoño, mal disciplinado e instruido, continuó en el norte organizando las tropas destinadas a la invasión de Santa Fe, pero negándose a emprenderla antes de disponer de los elementos necesarios para contar con algunas probabilidades de éxito.
Juan Madariaga en noviembre de ese mismo año, con la excusa de que los correntinos volvían a su provincia, fue enviado en una invasión doble a Entre Ríos. La otra columna la dirigía el general Manuel Hornos. Desembarcó en Diamante, pero a los pocos días fue derrotado en Concepción del Uruguay por el coronel Ricardo López Jordán. Se reembarcó y sus soldados debieron alcanzar los barcos a nado
El 23 de noviembre, Alsina y Mitre escribieron privadamente a Paz, después de recibir las noticias del pequeño triunfo de Hornos en Entre Ríos, exhortándole a penetrar de inmediato en Santa Fe para iniciar desde la capital de la provincia la correspondencia con el interior. Buenos Aires quería la paz, pero con las provincias sometidas a su manera de ver, aunque para lograr esa sumisión fuese necesaria la guerra. A esa conclusión le llevó la lógica de los hechos de la segregación.
El ministro Flores le escribió también, el 25, ordenandole, como ministro de la guerra, que penetrase con las tropas de la provincia en territorio de Santa Fe; Alsina volvió a insistir en carta en que le comunicaba lo ocurrido a Madariaga en su ataque frustrado a Concepción del Uruguay y haciéndole ver la necesidad imperiosa de la invasión para obtener con la fuerza el tránsito pacífico que se le había negado y para apresar, si era posible, a los diputados al Congreso.
Paz no quiso precipitarse y continuó los preparativos militares para contar con un instrumento de combate apropiado.
En noviembre de 1852, Valentín Alsina —quien había asumido el 30 de octubre la gobernación de Buenos Aires en reemplazo de Manuel Guillermo Pinto— preparó una expedición al litoral encabezada por los generales Manuel Hornos y Juan Madariaga. Ante el fracaso de la ofensiva de Hornos y Madariaga, Lagos se puso de acuerdo con otros antiguos jefes federales, y el 1 de diciembre de 1852 inició la revolución contra el gobierno porteño con casi todas las fuerzas de campaña. Atacó a los pocos días la capital, pero fue rechazado por la reacción de Bartolomé Mitre. Entonces puso sitio a la ciudad, controlando incluso varios barrios porteños.
Entretanto se produjo el levantamiento del coronel Hilario Lagos contra el gobierno del 11 de setiembre en la campaña de Buenos Aires.
Repentinamente se encontró el jefe de las fuerzas del norte de la provincia aislado en San Nicolás, sin noticias de Buenos Aires y expuesto al avance de las milicias de Santa Fe, con la campaña sublevada por Lagos el 2 de diciembre.
Mientras en Buenos Aires se planeaba la invasión de Entre Ríos y Santa Fe, Urquiza no se cruzó de brazos y al mismo tiempo que instalaba el Congreso constituyente, tomaba medidas para la defensa. Paz comprendió la situación delicada en que se encontraba y que de un momento a otro podía ser hecho prisionero por sus subalternos, nada seguros; decidió embarcar en el vapor Merced con la guardia nacional y tomar rumbo a Buenos Aires. El general Oroño había recibido orden de proteger el movimiento que se gestaba contra Paz en la campaña bonaerense.
¿Hubiese tenido Paz mejores resultados en su misión si hubiese llegado a las provincias interiores? Cabe dudarlo en vista del estado de ánimo de Buenos Aires, y de la casi unanimidad de la opinión en las provincias. Los hechos mostraron que la desconfianza era recíproca y que esa desconfianza tenía plena justificación.