Había en amplios sectores de Corrientes sentimientos poco amistosos hacia Urquiza; se recordaban sus campañas de la época de Rosas, y Madariaga no olvidaba que había sido prisionero del gobernador entrerriano. Un movimiento popular que explotó esos sentimientos derribó al gobernador Virasoro, adicto a Urquiza, y puso en su lugar a Juan Pujol, que asumió el mando el 25 de agosto, a Urquiza no le quedó más salida que contemporizar con el cambio ocurrido.
Los hombres de Buenos Aires procuraron aprovechar ese cambio y la presencia, de las tropas correntinas para promover en Corrientes una rebelión contra Urquiza, para ellos buscaron directamente la adhesión de Pujol, el mismo que había propuesto en Palermo y en San Nicolás la capitalización de la ciudad de Buenos Aires y la división del territorio de la provincia en dos, como había hecho Rivadavia. Hubo un intercambio de notas con el gobernador de Corrientes, insistiendo en reanudar los vínculos fraternales.
Urquiza sospechó que la intervención de las tropas correntinas el 11 de setiembre no era un hecho aislado, sino que podía estar vinculado a planes ulteriores y entonces envió a Nicanor Molinas en misión a Corrientes y Pujol se apresuró entonces a condenar los hechos de Buenos Aires y la conducta de sus gestores, "hombres ciegos de pasión y de locura, que sin consideración a los males de esta desgraciada patria, se han lanzado otra vez en el horroroso camino de la anarquía y de los excesos" y para reafirmar la opinión de la nota, al día siguiente marcharon a Santa Fe los diputados correntinos electos.
No obstante las declaraciones terminantes contra el movimiento de Buenos Aires, Pujol no estaba inclinado a someterse incondicionalmente a Urquiza; si bien repudia la revolución porteña, Pujol pero no quiso cumplir la exigencia de Urquiza de poner fuera de la ley a los jefes correntinos sublevados ni ceder a presiones de ninguna clase.
El doctor Juan Gregorio Pujol, habia asumido la gobernacion de Corrientes a principios de Agosto de 1852, al producirse la revolucion del 11 de septiembre de 1852 habina participado tropas de Corrientes Urquiza por medio del ministro de Relaciones Exteriores, Luis José de la Peña, le envia una nota el 24 de Septiembre de 1852 comentando lo sucesido en Buenos Aires en septiembre. A lo que Pujol contesta expresándole que toda la provincia de Corrientes respondería al llamamiento del Director y que él, desde su llegada, había trabajado en este sentido, agregando que el motín no tenía ramificaciones en Corrientes y que la injerencia de las fuerzas correntinas debía obedecer al deseo de volver a la tierra, determinante porque se trataba de milicias sin mayor disciplina. Confirmando la sinceridad de la provincia en la obra de la Organización avisa, después, con fecha 25 de Septiembre, que el día 26 se embarcarían para Santa Fe los diputados correntinos al Congreso Constituyente.
Receloso, Urquiza no quedó satisfecho con las expresiones de Pujol y procuró informarse de lo que ocurría incautándose de la correspondencia oficial de Buenos Aires; en ella comprobó el envío de la misión de Juan José Méndez para negociar con el gobernador correntino.
Pujol trataba así con Nicanor Molinas y con Méndez y no caben dudas acerca de la duplicidad de su conducta, quizás movido por el deseo de salvar la provincia de los acontecimientos que se anunciaban y para quedar en buenos términos con cualquiera que resultase vencedor, Pujol por un lado repudiaba por un lado la rebelión porteña, pero por otro reconocía esa rebelión en cartas a Pinto y le prometía ayuda.
En el informe del gobierno de Buenos Aires a la Sala de representantes, después del fracaso de Hornos y Madariaga, se explica que la invasión de Entre Ríos se había hecho después de entenderse con la provincia de Corrientes.
Pujol trató de desvirtuar su actitud en cartas a Nicanor Cáceres explicando que el acuerdo con Méndez se refería únicamente al tránsito de las fuerzas correntinas que remontarían el Uruguay hasta donde fuese posible y que luego concurrirían desde Corrientes elementos para facilitar su viaje por tierra, con orden de emplear la fuerza contra quienes intentasen interrumpir su marcha.
En todo caso, Pujol estuvo de acuerdo en que la vuelta de las tropas correntinas sirviese de pantalla a la invasión de Entre Ríos con contingentes de Buenos Aires para derrocar a Urquiza. Y los reiterados intentos de defensa de su conducta no bastan para borrar la acusación de duplicidad, cualquiera que haya sido el móvil de la misma. En el fondo tuvo más simpatía por Buenos Aires que por Urquiza; pero cuando la invasión de Entre Ríos se hizo con tropas correntinas solamente, trató de desligarse de todo compromiso para no verse comprometido en una guerra con Urquiza, el cual, según su propia definición, "no solamente era en exceso suspicaz, sino también muy activo".