En los últimos años de la presidencia de Avellaneda apareció en Buenos Aires Juan Bautista Alberdi, que había sido elegido diputado por su provincia de Tucumán.
Algunos habían querido llevarle a la Suprema Corte de Justicia. Llego a Montevideo en setiembre de 1879 y tuvo dudas sobre si debía continuar el viaje, con Sarmiento en el ministerio del interior, o regresar a su ostracismo.
Sarmiento, su amigo de la juventud, su adversario encarnizado luego, no había testimoniado el olvido de las antiguas querellas; tampoco Mitre se había reconciliado con el representante de la Confederación en Europa, que había combatido la guerra del Paraguay. Los amigos le incitaron a llegar a Buenos Aires y desembarcó en la capital después de cuarenta años de ausencia, anciano, pobre, pero no por eso sin la aureola de uno de los pensadores Más ilustres de la proscripción y de la organización nacional, el hombre que tuvo más influencia en el pensamiento de las nuevas generaciones.
Entre los que esperaban su llegada en el puerto estaba el secretario de Sarmiento, que fue a presentar el saludo del ministro del interior al viejo compañero, amigo y adversario. Alberdi se sintió conmovido y se apresuró a presentarse en el despacho de Sarmiento. Éste tuvo uno de los arranques propios de su naturaleza. El autor de las Ciento y una, al entrar el proscripto en su despacho, se levantó para ir a su encuentro: "Doctor Alberdi, en mis brazos". Los circunstantes, entre ellos Aristóbulo del Valle, se echaron a llorar conmovidos.
Pero el anciano proscripto no tuvo muchas satisfacciones; se le temía. Su pluma no tenía rival por su capacidad dialéctica y por su agudeza satírica. Las luchas intestinas lo habían alejado de los hombres de su generación, que llevaban el timón de la opinión pública y disponían de la gran prensa. Se encontró hostilizado y poco después volvió a su destierro en Francia, donde murió en la mayor pobreza. Pero aún le tocó presidir la legislatura de Buenos Aires que aprobó la federalización de la ciudad capital.
Juan Bautista Alberdi regresó a establecerse en Argentina el 16 de septiembre de 1878 al ser elegido como diputado al Congreso Nacional por su provincia. A su regreso se reconcilió con Sarmiento.
En tal calidad asistió a la lucha por la sucesión presidencial desatada en 1880 cuando el gobernador de Buenos Aires, Carlos Tejedor, se sublevó contra el presidente Nicolás Avellaneda. Este último trasladó la sede del gobierno al pueblo de Belgrano siendo seguido por parte del congreso, actitud que no fue compartida por Alberdi. Al vencer Avellaneda en la contienda, Buenos Aires fue declarada Capital Federal de la República Argentina por una ley que fue refrendada por la legislatura provincial. Los diputados que no acompañaron al presidente fueron declarados cesantes.