Avellaneda le tocó finalizar la herencia del levantamiento de Mitre en 1874 y afrontar un brote agudo anticlerical en febrero de 1875.
El obispo Aneiros modificó la alteración de algunas parroquias y entregó el templo de San Ignacio a sus antiguos dueños, los jesuitas.
Este hecho produjo un desborde pasional, que fue agriamente comentado en la prensa y en los ambientes populares y estudiantiles; además monseñor Aneiros había sido elegido diputado nacional por el partido autonomista.
Los estudiantes realizaron un acto de protesta en el teatro Variedades y luego algunos grupos atacaron el palacio arzobispal y causaron algunos destrozos mientras otra parte de los concurrentes al acto del Variedades se dirigió al colegio del Salvador y lo incendió al ser muerto uno de los manifestantes por alguien del interior del colegio.
Esos desmanes fueron condenados por la opinión pública y el gobierno decretó el estado de sitio por treinta días.
El jefe de policía, Enrique Moreno, renunció a su cargo, en la búsqueda de culpables e instigadores, fue señalada la presencia en Buenos Aires de simpatizantes de la Asociación Internacional de los Trabajadores y fue sorprendida una reunión obrera en un conventillo de Montserrat, donde se proyectaba la publicación de un periódico, El trabajador.
Las incriminaciones no tuvieron ninguna consistencia; un periodista español, antiguo sacerdote, tuvo que refugiarse en Montevideo, hasta que se comprobó su total inocencia. La prensa agitó el peligro de la asociación obrera para desviar la atención sobre el proceso a los revolucionarios de La Verde.
En julio de 1873 fue nombrado arzobispo de Buenos Aires elegido por el Papa Pío IX. Ese mismo año fue también electo diputado nacional por el Partido Autonomista Nacional, en un intento de atraer a los católicos practicantes al partido y alejarlos de la influencia del mitrismo. Las elecciones, viciadas de fraude, causaron la revolución de 1874.
Cuando la iglesia y el Colegio jesuitas fueron destruidos por un incendio, el obispo lanzó una gran campaña para reedificarlos, con un plano mucho más ambicioso. También se esforzó por extender la evangelización por las nuevas tierras conquistadas a los indígenas mapuches, tanto en la pampa central como en la Patagonia.