Abandonado a poco de nacer, permaneció en un orfanato hasta que, a los seis años, el matrimonio formado por Manuel Chinchella y Justina Molina decidió adoptarlo. Empezó su formación en una escuela de enseñanza en la que únicamente permaneció dos cursos, ya que, con tan sólo nueve años, tuvo que empezar a trabajar en la carbonería paterna.
Posteriormente, y hasta que cumplió los quince, fue obrero portuario de La Boca. Su trabajo consistía en trepar a los barcos para llenar las bolsas vacías de carbón y cargarlas en los carros. Al mismo tiempo se implicó activamente en la política del barrio; pegaba carteles y repartía pasquines a favor del socialista Alfredo Palacios.
En 1907 ingresó en una modesta academia de dibujo de la vecindad para estudiar pintura con Alfredo Lazzari. Desde entonces se dedicó a la pintura. Conoció a Juan de Dios Filiberto, un estudiante de música con quien mantuvo una estrecha amistad. También conoció al por entonces director de la Academia de Bellas Artes, Pío Collivadino, que le ayudó a iniciarse en el dibujo de retratos y a incorporar el color a sus obras.
En 1918 decidió cambiar su nombre (Benito Juan Martín) por el de Benito Quinquela Martín, eliminando el nombre de Juan y adaptando el apellido de su padre adoptivo a la pronunciación italiana. Con su nuevo nombre, el 4 de noviembre de ese mismo año exhibió por primera vez sus pinturas en una exposición individual organizada por la Galería Witcomb. La muestra fue un éxito y los críticos hablaron de la aparición de un original pintor, con técnica, estilo y mensaje propios.
A partir de este momento empezaron sus recorridos por el mundo. En 1921 presentó en Río de Janeiro su primera exposición fuera de Argentina. En 1923 efectuó su primer viaje a Europa, concretamente a Madrid. En 1925 llegó a París, dos años más tarde a Nueva York y en 1929 a Italia, donde Mussolini lo nombró su pintor predilecto "porque sabe retratar el trabajo". Todos estos viajes lo separaban de sus padres; de ahí que rechazara una invitación a Japón para volver a su añorado barrio natal y quedarse junto a ellos.
Muy querido en el barrio, Benito Quinquela Martín actuó como un protector de las artes y fundó el Café Tortoni para que los artistas pudieran difundir sus obras. En 1933 compró varios terrenos que donó al Estado para que construyera instituciones dedicadas a la difusión del arte y a obras sociales. En uno de esos terrenos se erigió la Escuela Museo Pedro de Mendoza (hoy Museo de Bellas Artes de La Boca), que fue decorada por el propio artista.
Junto con figuras de la talla de Xul Solar, Emilio Pettoruti, Lino Eneas Spilimbergoo Antonio Berni, Benito Quinquela Martín fue uno de los protagonistas de la renovación que vivieron las artes plásticas del país a partir de la década de 1920 y que fructificó en una edad de oro de la pintura argentina. Entre sus mejores obras destacan Tormenta en el Astillero (Museo de Luxemburgo), Puente de La Boca(Palacio Saint James, Londres) y Crepúsculo en el astillero (Museo de Bellas Artes de La Boca).