El plan general de ataque de las fuerzas nacionales fue elaborado en vista de la posición de las tropas porteñas delante del Riachuelo, con éste a la espalda. y una vez anulado ese punto importante, la ciudad caería fácilmente.
El 20 de junio se iniciaron los preparativos para el ataque; Arias preveía que iba a ser atacado el 21 de junio a la madrugada y alistó sus tropas para el combate inminente, cuidando de la seguridad en las dos direcciones probables de los atacantes, desde San José de Flores y puente Alsina. Pero esa misma noche, el general Gainza recomendó a Arias que se aproximase con sus fuerzas a los Corrales de Miserere, dejando puente Alsina. Viejobueno ordenó a la columna de Racedo que avanzase desde San José de Flores para proteger a la que iba a reforzar a Levalle al mando del teniente coronel Bosch para ocupar puente Alsina y entretener a Arias a fin de permitir el éxito de las otras columnas que lo atacarían por el flanco y la retaguardia.
Una columna al mando del coronel Manuel J. Campos avanzó sobre el puente; otra lo hizo por el flanco para ocupar la línea provincial situada entre los mataderos (Miserere).
La agrupación de Racedo inició el fuego a las 4 de la madrugada desde el sur, entonces Arias hizo cambiar de frente a sus tropas y se dirigió con dos batallones a puente Alsina mientras tanto sus avanzadas habían cedido, sin informarle, y el enemigo se hallaba pasando el puente. Se entabló un violento tiroteo que duró varias horas, con fuego de artillería por ambos bandos; sumaron más de 500 los muertos y las tropas de Racedo no habían pasado todavía el puente.
Las tropas nacionales que al mando del coronel Joaquín Viejobueno permanecía en Chacarita se trasladaron a Flores para tomar por el frente los Corrales a la par que sus subordinados los coroneles Eduardo Racedo (División Norte) y Nicolás Levalle (División Sur) recibieron órdenes de atacar los puentes sobre el Riachuelo.
Arias pidió a Julio Campos dos batallones de la plaza y le hizo. saber que le enviaría los hombres de caballería que aún carecían de armamento; pero Campos opinó que todas las fuerzas provinciales debían ser concentradas en las trincheras de la ciudad para resistir allí al enemigo, y no envió a Arias el refuerzo pedido; y Gainza ordenó a Campos que enviase a Arias con Lagos los refuerzos pedidos, pero a los Corrales de Miserere, para proteger el flanco y la espalda de Arias. No teniendo área adecuada para la acción de la caballería en puente Alsina, Arias la dirigió a los Corrales.
La lucha por el puente costó 1.200 bajas a ambos bandos; los nacionales no avanzaban y comenzaban a ceder terreno. Arias informó al ministro Gainza de los resultados del combate y pidió que fuese auxiliado Morales en el puente de Barracas, pero el ministro insistió en el retiro de las fuerzas de Barracas y también en el de Arias. Los provinciales se replegaron entonces en orden a Corrales.