El resultado de la expedición al desierto dio a Roca un pedestal para más altos destinos; varias provincias del interior habían convenido sostener su candidatura a la presidencia de la República, principalmente las de Córdoba y Tucumán.
Otras siguieron ese ejemplo y alguna fracción del alsinismo se declaró también favorable al joven general. Las provincias del interior se alinearon en torno a esa candidatura; Buenos Aires opuso la de Carlos Tejedor, que se había caracterizado por su porteñismo intransigente. Roca lo calificó así: "Pobre de inteligencia, espíritu mediocre, fatuo y orgulloso por añadidura". En Córdoba, Corrientes y San Juan fue agitado por algunos núcleos el nombre de Saturnino M. Laspiur. También se propuso como transición entre los bandos en pugna el nombre de Sarmiento, pero no prosperó la idea.
Tuvo Roca vocación política ya desde la época en que se hallaba en Río Cuarto. En carta de 1875 a Juárez Celman le decía:
"En el principio de la carrera política, que fatalmente tiene uno que seguirla en nuestro país (sea cual fuera la profesión que ejerza), más que nunca debe manifestar que tiene calma y serenidad para apreciar las cosas.El mismo camino seguiré yo sin ambición ni pretensiones, resuelto a ser o no ser lo que quiera la suerte; guardando, sí, una viva gratitud para aquellos amigos y personas que tan prematuramente piensan que puede ser uno bueno para otra cosa que general de fronteras."
En otra carta al mismo, decía con referencia a los sanjuaninos: ".. . he dejado buenos amigos, pensando siempre en el porvenir. No hay como sembrar con tiempo y sin apresurarse en las estaciones"...
Después de la conquista del desierto, vio llegada la hora de su destino político. En febrero de 1879, tiene ya confianza en su triunfo: "Sobre todo en el interior, no habrá quien nos ponga el pie por delante". Sólo La Nación y El Nacional se oponen a su candidatura. La Nación escribió:
"Basta de presidentes provincianos; será un porteño o iremos a la guerra civil".
Su candidatura se había gestado en Córdoba, donde Roca era conocido por su larga permanencia en Río Cuarto y por su vinculación con los hombres influyentes en la política provincial; las provincias se unieron a Córdoba para resistir a la candidatura de Carlos Tejedor, salvo las provincias de Buenos Aires y Corrientes; pero en Buenos Aires se oponían a Tejedor hombres de la influencia de Aristóbulo del Valle y Dardo Rocha, senadores; Bernardo de Irigoyen, Pedro y Miguel Goyena.
La herencia de Adolfo Alsina se malogró por la política de Tejedor, que suscitó y canalizó como fuerza opositora la llamada liga de los gobernadores. Una entrevista de Roca y Tejedor a bordo de la cañonera Pilcomayo, en aguas del Tigre, no pudo doblegar la resistencia a toda conciliación y a toda transacción que mantuvo Tejedor, aunque Roca parece que habría estado dispuesto a ceder en beneficio de la candidatura de Sarmiento.
Carlos Tejedor era el gobernador de la provincia de Buenos Aires y tenia a Mitre y a la provincia de Buenos Aires detras de su candidatura , cuando Roca se proclamo como candidato a la provincia en 1879 se empezaron a tensar las relaciones entre el gobierno nacional y el de la provincia , la cosa se complico cuando los Avellaneda apoyo abiertamente su candidatura junto a la liga de gobernadores Estos problemas desembocaron en una revolución cuando Avellaneda federalizo la ciudad de Buenos Aires .La revolución fue ganada por el gobierno nacional luego de 4 batallas.