Si bien la estructura militar de entonces no contemplaba un Estado Mayor, en la práctica Güemes contaba con cuadros superiores organizados, entre los que se encontraban el Marqués de Yavi, Juan José Feliciano Fernández Campero; el coronel Francisco Pérez de Uriondo, responsable militar de Tarija; coronel Manuel Arias, a cargo de Orán; coronel Luis Borja Díaz de Lea y Plaza, en los Valles Calchaquíes; y el coronel José María Pérez de Urdininea, proveniente de las filas del Ejército del Norte, en Humahuaca. En el valle de Jujuy estuvieron los coroneles Domingo Arenas, en Perico y el teniente coronel Eustaquio Medina, a cargo del río Negro. Más movilidad tenían otros jefes, como Gorriti, Latorre y Juan Antonio Rojas. El frente de combate a su cargo tenía una extensión de más de setecientos kilómetros, desde Volcán hasta más allá de Orán, y se conoció como Línea del Pasaje.
Los grupos de combate gauchos fueron organizaron en partidas de veinte hombres al mando de un oficial y, cada cuatro grupos, un oficial superior elegido entre los más expertos era el responsable de administrar las armas de acuerdo con su capacidad de manejo. Los gauchos de Güemes respondieron siete de las diez invasiones que se pretendieron realizar por la frontera del Alto Perú.
Toda la población participaba: como guerreros los hombres; como espías o mensajeras las mujeres, niños y ancianos. Las emboscadas se repetían en las avanzadas de las fuerzas de ataque, pero más en la retaguardia y vías de aprovisionamiento. Cuando los realistas se acercaban a un pueblo o una hacienda, los habitantes huían con todos los víveres, el ganado, cualquier cosa que pudiese ser útil al enemigo. Esta clase de lucha arruinó la economía salteña, pero nadie se quejaba, al menos en las clases populares. Por cierto, jamás tuvo apoyo del gobierno del Directorio; y la ayuda que le prestó el Ejército del Norte fue muy limitada.
Güemes había solicitado a Buenos Aires que se instalara un ejército con el objetivo de frenar los avances realistas, pero el Director Supremo de las Provincias Unidas, Ignacio Álvarez Thomas, lo consideró innecesario. Por ello, Güemes creó su propio ejército en su carácter de gobernador intendente de Salta, comunicándolo en oficio del 12 de septiembre de 1815 elevado al director supremo del Estado:
No dudando del beneplácito de V. E. he organizado una división de caballería compuesta de dos escuadrones de a dos compañías, cada una de cien plazas; y he dispuesto se les instruya en todo lo necesario al desempeño del servicio de infantería, para que puedan ser ocupados así a pie como a caballo, con la denominación de División Infernal de Gauchos de Línea. A la fecha se halla con la fuerza que manifiesta el Estado que adjunto a V. E. armada por ahora con fusil y bayoneta. Su disciplina es ya regular en una y otra arma, tanto que la considero suficiente para el desempeño del servicio en campaña y en guarnición.
Los soldados de Güemes se enrolaron en su ejército, pero el gobernador aseguró su lealtad con ciertas medidas en su favor: por un lado, adquirían el fuero militar permanente, evitando ante cualquier conflicto ser sometidos a la justicia ordinaria, que era poco considerada con los pobres. Por otro lado, eran pequeños arrendatarios de terreno, en los cuales habían construido sus ranchos y tenían sus chacras y pequeños grupos de vacas, lanares y caballos; Güemes los declaró librados del pago de arrendamiento mientras durase la Guerra de independencia.
Pese a los pronósticos de los jefes realistas, los Infernales fueron de una gran efectividad militar y contuvieron los avances realistas. El gobierno central porteño se negó a su creación, expresando que: "No hay motivo que justifique la creación de un Cuerpo de Línea en esa Provincia donde no hace falta".
Güemes propone la creación de una división de caballería (con aptitud para el combate a pie como luego sucedió en todos los ejércitos del mundo, a partir de la 1era Guerra Mundial) a la que llama División Infernal de Gauchos de Línea, que el gobierno confunde, negando el permiso para constituir una división de infantería. Para comprender la negativa del gobierno nacional baste señalar que el tercer ejército auxiliar del Perú, al mando de Rondeau, sería derrotado en noviembre de ese año, en Sipe Sipe, es decir un mes después del requerimiento de Güemes que, ya para ese entonces, no dudaba de esa suerte, dada la indisciplina y escasa efectividad de aquella tropa.