Hasta la caída del director supremo Alvear ejercía el gobierno de Salta el coronel Hilarión de la Quintana dependiente del cuartel general de Rondeau
Cuando Güemes llegó a Salta, el pueblo salió a la calle y desconoció al gobernador designado por el Directorio, coronel Hilarión de la Quintana, quien se hallaba incorporado al ejército de Rondeau en el Alto Perú y por ello el Cabildo de Salta estaba a cargo del gobierno. El 6 de mayo de 1815. el Cabildo de Salta se reunió para tratar sobre las comunicaciones enviadas por el Cabildo de Buenos Aires informándole que se había hecho cargo del gobierno nacional después de haber sido derrocado el director supremo Alvear.
Se conformó una asamblea de notables en Salta que eligió gobernador de la Intendencia de Salta al coronel Martín Miguel de Güemes, quien asumió de inmediato. Era la primera vez que las autoridades de Salta eran elegidas en la propia provincia desde 1810, ya que hasta ese momento, todo se había reducido a cambiar las autoridades de España por las de Buenos Aires. El Cabildo de Jujuy se negó a reconocerlo por no habérsele dado intervención, pero Güemes negoció con cuidado y logró hacerlo cambiar de idea y en septiembre fue elegido también el pueblo de Jujuy.
El nuevo Director Supremo, cuya autoridad para imponer gobernadores había sido desconocida, era el general Rondeau. Este rechazó airado la designación de Güemes aunque, por el momento, poco podía hacer en su contra.
Carlos de Alvear fue nombrado Director Supremo con solo 25 años y su breve gobierno de solo 3 meses fue calificado por muchos como una verdadera dictadura. Alvear gobernó rodeado de su propia facción, sostenido sólo por la logia secreta a la que pertenecía y los oficiales adeptos del ejército. Duranrte su breve mandato organizó una red de espionaje y arrestó sin juicio a sus opositores e implantó una severa censura de prensa. Ante una posible conspiración, sin juicio, ordenó ejecutar a un capitán de ejército y colgarlo en la Plaza de Mayo.
Güemes fue nombrado gobernador por las nuevas autoridades elegidas por Asamblea constituyente, el Cabildo, cinco meses después fue confirmado también por el pueblo de Jujuy.
Rondeau, desde Potosí, ordenó a Güemes que devolviese el armamento tomado en el parque de Jujuy; pero un cabildo abierto convocado en Salta el 23 de julio de 1815 acordó que las armas no debían ser entregadas, pues la provincia las necesitaba para su defensa. De esa actitud surgió una agria polémica en la que Rondeau abundó en diatribas contra el caudillo de los gauchos