A fines de 1817, el Regimiento N.º 2 de infantería, con 400 hombres, fue enviado a Córdoba, al mando de Juan Bautista Bustos, para aplacar la insurrección de Juan Pablo Bulnes, situándose en la Villa de Ranchos, donde permaneció inactiva durante casi un año, antes de iniciar una ofensiva en el sur de la provincia.
El 8 de noviembre de 1818, estas tropas fueron atacadas y sitiadas en Fraile Muerto por el gobernador y caudillo federal santafesino Estanislao López.
A fines de 1818, el teniente coronel Gregorio Aráoz de Lamadrid partió desde Tucumán para reforzar a las fuerzas de Bustos con dos escuadrones de húsares y uno de dragones, este último a las órdenes del comandante José María Paz. La defensa del noroeste continuó a cargo de las fuerzas gauchas de Güemes, en forma exclusiva.
El Ejército recibió la orden de marchar hacia Buenos Aires y partió desde su campamento de Pilar (Córdoba) el 12 de diciembre de 1819. El 8 de enero de 1820, en la posta de Arequito (Provincia de Santa Fe), más de la mitad de las tropas del Ejército del Norte rechazó a su nuevo jefe, el general Francisco Fernández de la Cruz, y se negaron a dirigirse a Santa Fe para combatir a las tropas federales, que respondían a José Gervasio Artigas y se encontraban al mando directo de Estanislao López. Este Motín de Arequito significó la desintegración del Ejército del Norte y dejó la defensa del norte argentino en manos de Güemes.
Estanislao López triunfo en la batalla de Cepeda el 1º de febrero de 1820 ante la deserción del Ejército del Norte llamado por Rondeau pero que se negó continuar con la guerra civil y se amotinó en Arequito y regreso a Córdoba quedando solo las tropas del Director supremo contra las tropas federales. Estaba comenzando al Anarquía de los años XX
El Motín de Arequito fue la sublevación del Ejército del Norte de las Provincias Unidas del Río de la Plata contra la autoridad del Directorio, llevada a cabo en Arequito, Provincia de Santa Fe, Argentina, el 8 de enero de 1820, mediante la cual este se apartó de la guerra civil contra los federales e intentó retornar al frente norte para continuar el auxilio en la lucha contra los realistas del Alto Perú, y que tuvo como consecuencias la desintegración final del Directorio como resultado de su derrota en la Batalla de Cepeda, el comienzo de la Anarquía del Año XX y la extinción a largo plazo del propio Ejército del Norte.